構造解析プログラム一覧

Last modified: 2009-04-14 (火) 09:42:14 (510d)

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取り上げた構造解析プログラムの一覧  

ここでは、BioKidsで扱ったプログラムの一覧を掲載します。一応分類していますが適当かも・・・
プログラム名は分類によっては重複しています。

全自動プログラム  

• XIA2 -- データ処理
• MrBUMP -- 分子置換
• BALBES -- 分子置換
• ARP/wARP -- モデル構築
• BUCCANEER -- モデル構築

解析用プログラム  

データ処理(積分＋スケーリング)  

• IDIFFDISP -- 回折イメージ表示(CCP4)
• MOSFLM
• iMOSFLM -- 統合データ処理インタフェース。HKL2000キラーになるか？(CCP4)
• HKL2000(DENZO)
• XDS
• XIA2 -- 自動データ処理
• POSTREF -- ポストリファインメント(CCP4)

分子置換  

• MrBUMP -- 自動分子置換
• BALBES -- 全自動分子置換
• EPMR

位相決定  

• SHELX
• SOLVE/RESOLVE -- 位相決定、位相改良
• SnB
• SHARP -- 位相決定(SHELX,ARP/wARPを使うらしい)
• HKL2MAP

モデリング  

• ARP/wARP -- 自動モデリング
• BUCCANEER -- 自動モデリング

モデル精密化  

• CNS
• LAFIRE -- 自動精密化
• SHELXWAT

構造チェック  

• RAMPAGE -- 最近標準の構造の妥当性チェック(CCP4)
• PROCHECK -- 以前使われていた構造の妥当性チェック(CCP4)
• MolProbity -- 構造の妥当性チェックスイート
• SFCHECK
• DSSP -- 二次構造のアサイン

ユーザーインタフェース  

• CCP4i

解析用パッケージ  

• CCP4 -- 結晶構造解析統合プログラムスイート
• PHENIX

その他  

• 計算
  • CROSSEC -- 異常散乱因子の計算値を求める(CCP4)
• ファイル変換
  • FFT -- MTZから電子密度マップを作成(CCP4)
  • MAKECIF -- PDBファイルからリストレインを含むCIFファイルを作成(CCP4)
• シークエンスアライメント
  • ClustalW
  • FASTA
• いろいろ
  • EMBOSS
  • RAVE -- ユーティリティ集
  • FIT2D
  • MLFSOM -- PDBから回折イメージを出力
  • PDB_EXTRACT -- ログファイルなどから登録に必要な情報を抽出
  • PDB_EXTRACT_SF -- 構造因子ファイルをmmCIFに変換。
  • DIFF2JPEG -- 回折イメージをJPEG形式に変換(CCP4)
  • BAUBLES -- CCP4のログファイルをHTMLに整形する

ヴィジュアル系プログラム  

• COOT -- モデルビルディング(CCP4)
• PyMOL -- 高機能な可視化プログラム
• MOLSCRIPT -- 論文用お絵かきプログラム
• Raster3D -- MOLSCRIPTと組み合わせてきれいな絵をレンダリングします
• CCP4MG -- CCP4で開発されている論文用お絵かきプログラム
• XtalView -- モデルビルディング
• O -- モデルビルディング
• MIFit -- モデルビルディング
• LIGPLOT -- リガンドなどの結合情報を平面に落とし込みます

分子動力学計算用プログラム  

• AMBER -- MDではよく使われているそうです
• CHARMM -- これもよく使われているそうです

Webサービス  

• PRODRG

ライブラリなど  

• CCTBX -- Computational Crystallography Toolbox