SOLVE/RESOLVE
重原子異常分散を用いた位相決定を非常に簡単に使えるプログラムです。通常は重原子位置の決定および初期位相決定を行うSOLVEとその位相を元に位相改良をしつつモデルを組むRESOLVEという2つのプログラムがセットとして扱われることが多いようです(まあ、同じパッケージですしね)。
SOLVE/RESOLVE単体での配布もありますが(有料)、自動構造決定プログラムスイートPHENIX中に含まれているものも同じものとして利用できます(こっちはアカデミックフリー)。
要するに？
- SOLVEは異常分散を利用した重原子サイトの決定および初期位相の計算（電子密度が見える）
- RESOLVEはいわゆるDensity Modificationを行ない、それに沿ってモデル構築を行う
公式サイトより
SOLVE -- Automated crystallographic structure solution for MIR, SAD, and MAD
RESOLVE -- Statistical density modification, local pattern matching, automated model-building, automated ligand-fitting, and prime-and-switch minimum bias phasing
ってことらしい。
対応プラットフォーム
Unix系
- Alpha running Digital (Tru-64) Unix
- SGI (R5000 or higher, most Octanes)
- linux (Red Hat 7.3 or Fedora 3 or higher on Pentium III or highe)
- linux (64 bit)
- Mac OSX (Tiger)
PHENIXのSOLVE/RESOLVEを使う
PHENIXに収録されているSOLVE/RESOLVEを単体で使用することができます。
PHENIXのセットアップをして、コマンド名がphenix.solve、phenix.resolveで使えます。なお、単体のSOLVEのライブラリディレクトリに対応するのは/usr/local/phenix-1.3-final/solve_resolve/ext_ref_filesになります。SYMOPやSYMINFOファイルの指定の時、変更して下さい。スクリプト中では以下のように指定します(cshのとき)。
set symdir="/usr/local/phenix-1.3-final/solve_resolve/ext_ref_files" setenv SYMOP "$symdir/symop.lib" setenv SYMINFO "$symdir/syminfo.lib"
PHENIXのバージョンによってはphenix-1.3-finalの部分が変わりますので環境にあわせて下さい。
引用文献
- SOLVE
- Terwilliger, T.C. and J. Berendzen. (1999)
"Automated MAD and MIR structure solution".
Acta Crystallographica D55, 849-861.
- RESOLVE
- Terwilliger, T. C. (2000)
"Maximum likelihood density modification."
Acta Cryst. D56, 965-972.
- RESOLVE model-building
- Terwilliger, T. C. (2003)
"Automated main-chain model building by template matching and iterative fragment extension"
Acta Cryst. D59, 38-44.
関連ページ
公式サイト
- SOLVE/RESOLVE -- http://solve.lanl.gov/
