BioKids Blog (beta)

Preタグ内の処理

2010.04.08 Thursday
by どぶお
お知らせ

BioKids WikiのPreタグ内のPukiWki記法も解釈されるようにしてみました。
影響が広範なのでページによってはおかしな事になってるかもしれません。何か発見したら「みんなのひろば」で教えて下さい(^^)。

いよいよ今日から新学期ということで、心機一転頑張ろうと思う今日この頃(^^;。
Twitterに流すときなどにWikiページのURLを直接貼り付けるとそれだけで文字数を超えてしまうのでURLのパス部分を短縮するためのプラグインを作ってみました。
URLを短縮してくれるサービスはいくつかありますが、ドメインが別のものになってしまう上、リンクスパムと怪しまれるのも何なのでPukiWiki用のプラグインとして作成してみました。原理は単純で内部DBにページと短縮IDを結びつけているだけです。数字とアルファベットを組み合わせれば2桁でも十分なのでhttp://biokids.org/??の形式でアクセスできるようになります。例えばhttp://bit.ly/??????と比較してもbiokids.orgの場合、一文字多いだけ！
今のところプラグイン自体を一般公開するレベルではありませんがご要望があれば頑張るかも。

Intel64版Intel Compiler on Vine

2010.03.17 Wednesday
by どぶお
構造解析

みんなのひろばで質問のあったIntel64版のIntel CompilerをVine5にインストールしてみました。
世界的に見ると、もちろんVineはローカルなディストリビューションなわけで、Intel Compilerは正式対応はしてません。そんな理由もあり、インストーラではRPMパッケージの検索で引っかかり、標準状態ではうまくインストールできなかったようです。
しかも、さすがに製品だけあってインストールスクリプトはバイナリなので中身の変更などはできず、インストール時のログとその時に作成されるスクリプトを頼りに引っかかってる点を特定し何とか解決することができました。
i386とx86_64アーキテクチャでプログラムの挙動が変わらないことが確かめられたらx86_64に移行してもいいと思うのですが、ちょうどよい実機が余ってなくてなかなか・・・
x86_64でバリバリ使ってる人、情報をお寄せ下さいm(__)m。

CCP4 6.1.3

みんなのひろばにも情報が寄せられましたが、CCP4の6.1.3がリリースされています。
何となく、6.1.2のマイナーアップデートな感じがしますのでどの辺が変わったのかはよくわかりません・・・オススメ事項は以下です。

2010-02-22時点の情報
- XIA2は同梱されていないようです。最新版の0.3.1.0をインストールしましょう
- COOTは0.6.0が同梱されています。0.6.1へのアップデートをオススメします
- BALBESは0.0.1が同梱されています。分子置換の成功率(私の主観 [huh])を考えると1.0.0がいいと思います
- Customize downloadの場合、COOT、BALBES、Graphvizは不要だと思われます。特にBALBES 1.0.0を持っている場合はBALBESを外した方がダウンロードが早いです(パッケージ容量のほとんどがBALBES DBのため)

お試し下さい(^^)。

Twitterはじめてみました

2010.01.25 Monday
by どぶお
お知らせ

以前から少し気になってたのですが、ようやくTwitterを始めてみました。
アカウントは少し前に作成してたのですが、職場からアクセスするとゲートウェイで蹴られていたので使ってませんでした。しかし、いつの間にやら繋がるようになったので始めてみようかなーと。アカウントはdobuoですので気が向いたらフォローしてください(^^)。
まだまだ使い道などがよくわからないのでよちよち歩きですが、構造解析プログラム情報などを中心につぶやいてみようと思います。ついでに日本語でのタンパク質結晶解析のつぶやきはハッシュタグ#jpxtalを付けてみる予定。ついったーで日本語タンパク質結晶構造解析コミュニティが広がれば面白いですね！

CCP4 Study Weekend Live!!

2010.01.06 Wednesday
by どぶお
構造解析

CCP4BBによるとCCP4 Study Weekendをストリーム映像で配信するそうです。
ライブなので時差があると眠いかもzzz。
セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。

http://extrplay.dl.ac.uk/

興味のある方は覗いてみてはどうでしょうか。ついでに新しいことを報告していただけるとうれしいです(^^;。

LafireとXDS

新年あけましておめでとうございます。今年もBioKidsをよろしくお願いいたします。
早速ですが、Lafire 3.02およびXDSの2010年版がリリースされたようです。
共に年末で利用可能期限が切れていると思いますので使っている方はアップデートが必要になります。

ARP/wARP 7.1

ARP/wARP 7.1がリリースされたようです。主なCCP4BBによると変更点は以下の通り。

A prototype of the molecular graphics ARP/wARP front-end, allowing the display of molecules and electron densities.
A prototype version of the new module for building poly-nucleotides (DNA or RNA).
Improved and faster protein chain tracing with higher performance at lower resolution.
The loop building as well as helix/strand building are now also inherent parts of protein model building, resulting in enhanced model completeness.
Refinement procedures during automated model building have been enhanced in the new versions of our preferred refinement engine, REFMAC, notably including the implementation of 'conditional restraints'.
Direct use of experimental single-wavelength anomalous diffraction data (SAD) during model building is now also possible.
Improved performance of automated ligand building.
Supported computer platforms are Mac powerpc, Mac Intel and Linux (including 32 and 64-bit versions and itanium).

手元にモデルビルディング中のネタがある方は試してみてはどうでしょうか？
Merry Xmas!!

ARP/wARP -- http://www.arp-warp.org/

SheevaPlugであそぶ

2009.12.15 Tuesday
by どぶお
PC環境

最近話題のGlobalScale社SheevaPlugを買ってみました。11/16に注文して12/9発送だったのでちょうど3週間かかりました(サイトには"Orders for this product will be delivered 2-3 weeks from the date of order."って書いてあります)。本体が$99で送料が$43.53の合計$142.53。1ドル=90円としたら12800円ってとこですね。
Development Kitの割には箱もなかなかいい感じで、普通に売ってそうな状態です(^^)。付属品はデバッグポート用USBケーブル(mini-B)、LANケーブル、電源ケーブル、ユーティリティCD、保証書です。紙のドキュメントがないところがDevKitっぽい。

写真は内容物を並べてみた物です。右のハードディスクは大きさ比較のため並べてみた2.5インチUSBハードディスク。
とりあえず、U-Bootとカーネルをアップデートしたところです。まだパワーは未知数ですがCPUが1.2GHzなのでいろいろ遊べるかも。浮動小数点演算ユニットがないらしいので計算は遅いと思いますが、恒例のCNSベンチぐらいしてみたいところです(^^;。
何かあればWikiにまとめるかも。役に立つ内容ではないと思いますが・・・

Coot 0.6 RELEASE!!

長らく0.6pre1だったCootですが、0.5.2からほぼ一年経ちようやく0.6がリリースされたようです。
インストール方法は以前と変わらず、Vine 5.0にはCentOS4用のバイナリが使用可能でした。新機能は以下のようです。

User-defined clicks
SHELXL interfaces allows the user to modify the input before running the SHELXL executable
Now compatible with Zalman M220W (註：ウワサの立体視液晶画面)
Post-manipulation function hook added
"Sphere" (residue selection) refinement
function to (re-)calculate probe dots around a give point
monomer and residue selection dipoles
Interactive map sharpening
LINK bonds are are now represented
"Backrub rotamers" at low (2.7 or worse) resolution
Baton build parameters (e.g. "backwards") now have a GUI
Move waters to surround protein
rotate/translate zone by residue ranges
Rigid-body fit by residue ranges
Multi-select on reading coordinates is enabled
Immediate access to coordinates from CIF dictionaries that contain coordinates (no need for LIBCHECK in such cases)
Nudge-residue (bound to Ctrl-arrow keys)
A dialog has been added from map averaging
Rename residue
その他、改良点多数・・・