構造解析
Intel64版Intel Compiler on Vine
みんなのひろばで質問のあったIntel64版のIntel CompilerをVine5にインストールしてみました。
世界的に見ると、もちろんVineはローカルなディストリビューションなわけで、Intel Compilerは正式対応はしてません。そんな理由もあり、インストーラではRPMパッケージの検索で引っかかり、標準状態ではうまくインストールできなかったようです。
しかも、さすがに製品だけあってインストールスクリプトはバイナリなので中身の変更などはできず、インストール時のログとその時に作成されるスクリプトを頼りに引っかかってる点を特定し何とか解決することができました。
i386とx86_64アーキテクチャでプログラムの挙動が変わらないことが確かめられたらx86_64に移行してもいいと思うのですが、ちょうどよい実機が余ってなくてなかなか・・・
x86_64でバリバリ使ってる人、情報をお寄せ下さいm(__)m。
世界的に見ると、もちろんVineはローカルなディストリビューションなわけで、Intel Compilerは正式対応はしてません。そんな理由もあり、インストーラではRPMパッケージの検索で引っかかり、標準状態ではうまくインストールできなかったようです。
しかも、さすがに製品だけあってインストールスクリプトはバイナリなので中身の変更などはできず、インストール時のログとその時に作成されるスクリプトを頼りに引っかかってる点を特定し何とか解決することができました。
i386とx86_64アーキテクチャでプログラムの挙動が変わらないことが確かめられたらx86_64に移行してもいいと思うのですが、ちょうどよい実機が余ってなくてなかなか・・・
x86_64でバリバリ使ってる人、情報をお寄せ下さいm(__)m。
CCP4 Study Weekend Live!!
CCP4BBによるとCCP4 Study Weekendをストリーム映像で配信するそうです。
ライブなので時差があると眠いかもzzz。
セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。 興味のある方は覗いてみてはどうでしょうか。ついでに新しいことを報告していただけるとうれしいです(^^;。
ライブなので時差があると眠いかもzzz。
セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。 興味のある方は覗いてみてはどうでしょうか。ついでに新しいことを報告していただけるとうれしいです(^^;。
PDBj講習会 in 東大駒場
8/7に東大駒場キャンパスで開催されたPDBj講習会に初めて参加してみました。
正直なところPDBの検索はPDB.org(RCSBサイト)でしか行ったことがなかったので、新しく知ることが多く結構楽しめました。
正直、これまでPDBjはPDBの登録ぐらいにしか使ったことはありませんでしたが、いろいろ楽しめるツールが用意されてるんだなーという印象を受けました。みなさんも積極的に使って見てはどうでしょうか？
- PDBjとその利用について
- PDBのデータとその見方・探し方
- EM NavigatorとYorodumiで3次元構造を眺める
- eF-site/eF-surf/sF-seekによるタンパク質分子表面構造の利用
- ProMode/ProMode-Oligomerでタンパク質の揺らぎを観察する
- PDBjにおける構造バイオインフォマティクスのツール
正直、これまでPDBjはPDBの登録ぐらいにしか使ったことはありませんでしたが、いろいろ楽しめるツールが用意されてるんだなーという印象を受けました。みなさんも積極的に使って見てはどうでしょうか？
- PDBjのホームページ -- http://www.pdbj.org/index_j.html
- PDBj講習会 in 東大駒場 -- http://www.pdbj.org/pdbj_workshop_j.html
Core2Quadへ換装
いまさらながらという感もありますが、私の解析用PCのCPUをPentium Dual-Core 1.8GHz(E2160)からCore2Quad 2.4GHz(Q6600)に交換しました(^^)。私が使っているEZ965はFSB 1333MHzのにもBIOSレベルで対応しているということなのですが、無難なところにしておきました。
早速CNSでベンチマークをしてみたところE2160で6分ほどかかっていた処理がQ6600では3分15秒だったので効果はありそうです。ただし、マルチスレッド対応ではないREFMACなどではどのぐらいの効果があるかはわかりませんが・・・マザーが45nmに対応していないようなので(さすがに買ってみて動かないとショックなので)これ以上のアップグレードは望めません。
以上、あまり解析には関係ないネタでした。
早速CNSでベンチマークをしてみたところE2160で6分ほどかかっていた処理がQ6600では3分15秒だったので効果はありそうです。ただし、マルチスレッド対応ではないREFMACなどではどのぐらいの効果があるかはわかりませんが・・・マザーが45nmに対応していないようなので(さすがに買ってみて動かないとショックなので)これ以上のアップグレードは望めません。
以上、あまり解析には関係ないネタでした。
SP8ロボットを使おう！(2)
SPACEを使うためのツール群が揃ったところでサンプルを凍結させてSPring-8に発送します。
サンプルを凍結しながら測定用のWebインタフェースであるD-Chaにデータを入力するので結晶を詰める作業スペースの近くにネットワークにつながったPCがあった方が便利でしょう。また、D-ChaをSPring-8外から使うためには接続用ユーザーアカウントとクライアント証明書が必要なのでスタッフに申請して取得しておきます。
その他必要なものとして、SPACE専用ピンを作成するためのサンプルループ、凍結用の液体窒素などが必要になります。また、凍結作業前日にドライシッパーへの液体窒素吸着作業が必要になります。作業といっても液体窒素をドライシッパーに満たしておくだけですが、ドライシッパーの吸着材に液体窒素が染み込むのに半日〜1日の余裕をみた方がいいでしょう。冷えていない状態ではまず10Lほど液体窒素をいれておきます。
以上の準備が整ったらいよいよサンプルを凍結させ、SPACE専用トレイに詰めます。
詰めるための手順はここ(http://bioxtal.spring8.or.jp/manuals/preparation_sp_ja.html)にあるので参考にしてください。新型治具(いわゆる液体窒素ジャボ漬け)を使えば慣れれば1個あたり1-2分で可能だと思います。トレイには結晶を51個詰めることが可能です。
なお、液体窒素は結構必要ですのですぐに汲めない環境の場合は余裕を持って用意しておくことをおすすめします。ドライシッパー用に10-15L、凍結作業用にも同じぐらいの量は最低限用意しておきたいところです。
以上の準備が全て整ったらSPring-8に送付します。送付する場合、気を付けることは宅配便の宛先に担当者の内線番号を書いておいた方がよいということです。また、到着時間は午後にしておくとよいでしょう(午前中はスタッフの方がビームタイム切り替えですぐ受け取れない場合があるため)。
サンプルを凍結しながら測定用のWebインタフェースであるD-Chaにデータを入力するので結晶を詰める作業スペースの近くにネットワークにつながったPCがあった方が便利でしょう。また、D-ChaをSPring-8外から使うためには接続用ユーザーアカウントとクライアント証明書が必要なのでスタッフに申請して取得しておきます。
その他必要なものとして、SPACE専用ピンを作成するためのサンプルループ、凍結用の液体窒素などが必要になります。また、凍結作業前日にドライシッパーへの液体窒素吸着作業が必要になります。作業といっても液体窒素をドライシッパーに満たしておくだけですが、ドライシッパーの吸着材に液体窒素が染み込むのに半日〜1日の余裕をみた方がいいでしょう。冷えていない状態ではまず10Lほど液体窒素をいれておきます。
以上の準備が整ったらいよいよサンプルを凍結させ、SPACE専用トレイに詰めます。
詰めるための手順はここ(http://bioxtal.spring8.or.jp/manuals/preparation_sp_ja.html)にあるので参考にしてください。新型治具(いわゆる液体窒素ジャボ漬け)を使えば慣れれば1個あたり1-2分で可能だと思います。トレイには結晶を51個詰めることが可能です。
なお、液体窒素は結構必要ですのですぐに汲めない環境の場合は余裕を持って用意しておくことをおすすめします。ドライシッパー用に10-15L、凍結作業用にも同じぐらいの量は最低限用意しておきたいところです。
以上の準備が全て整ったらSPring-8に送付します。送付する場合、気を付けることは宅配便の宛先に担当者の内線番号を書いておいた方がよいということです。また、到着時間は午後にしておくとよいでしょう(午前中はスタッフの方がビームタイム切り替えですぐ受け取れない場合があるため)。
J. Failed Crystallization Experiments
CCP4BBによるとついに"Journal of Failed Crystallization Experiments"が創刊されるそうです。
隔月刊で失敗した結晶化プロジェクトやトライアルというエキサイティングな分野を取り上げます。
[ccp4bb] [ANNOUNCE] Journal of Failed Crystallization Experiments
長いので文章は読んでませんが・・・こういうのがさらりと流れるところがいーですねCCP4BB(^^)。懐の深さを感じます。
隔月刊で失敗した結晶化プロジェクトやトライアルというエキサイティングな分野を取り上げます。
[ccp4bb] [ANNOUNCE] Journal of Failed Crystallization Experiments
長いので文章は読んでませんが・・・こういうのがさらりと流れるところがいーですねCCP4BB(^^)。懐の深さを感じます。
Core i7を試す
隣のチームにIntel Core i7のサーバ(Core i7 940 2.93GHz + DX58SOマザー)が入ったので少々遊ばせてもらってます。
今回のインストールディストリビューションはCentOS 5.2(i386)です。64ビットにしなかったのは古い解析プログラムなどを動作させるのに苦労するのを避けたかったからです(^^;。
Wikiにも書きましたが、ネットワーク以外はすんなりとインストールできました。そんなわけで早速CNSで簡単なベンチマークをしてみましたが、Core2 Quad 2.4GHzよりも30%程度速度が向上し、Pentium Dual-Core 1.8GHzよりも50%程度速度が向上したようです。
まあ、本体の価格も20-25万円程度なのでバリバリ解析用PCとしてはほどよいのではないかと思いました。
今回のインストールディストリビューションはCentOS 5.2(i386)です。64ビットにしなかったのは古い解析プログラムなどを動作させるのに苦労するのを避けたかったからです(^^;。
Wikiにも書きましたが、ネットワーク以外はすんなりとインストールできました。そんなわけで早速CNSで簡単なベンチマークをしてみましたが、Core2 Quad 2.4GHzよりも30%程度速度が向上し、Pentium Dual-Core 1.8GHzよりも50%程度速度が向上したようです。
まあ、本体の価格も20-25万円程度なのでバリバリ解析用PCとしてはほどよいのではないかと思いました。
CCP4 6.0.99って
CCP4の.99番台ってご存じでしょうか？
リリース版が出る前のプレリリース版という扱いだと思っていますが、現在の最新バージョンは6.0.99eで、CCP4BBによると
Re: [ccp4bb] 6.1 release date
だそうです。
ただ、FTPサイトを探してもバイナリが見あたらなかったので自分でビルドする必要がありそうです。2週間後ぐらいには6.1がリリースされそうなのでもう少し待ちますか・・・
リリース版が出る前のプレリリース版という扱いだと思っていますが、現在の最新バージョンは6.0.99eで、CCP4BBによると
Re: [ccp4bb] 6.1 release date
At a recent developers' meeting we predicted a release date 2 weeks
from now.
Meanwhile, the previously announced test release series is pretty stable,
and much better than 6.0.2, so it is worth a try.
だそうです。
ただ、FTPサイトを探してもバイナリが見あたらなかったので自分でビルドする必要がありそうです。2週間後ぐらいには6.1がリリースされそうなのでもう少し待ちますか・・・
ラマチャンドランプロット
先日、職場の先輩から「PROCHECKとは違う最近のラマチャンドランプロットを描くプログラムを知らないか」というような内容の質問を受けました。ラマチャンドランプロットって理論で一意に決まると思ってたのでびっくり。
何でも、知り合いが構造の論文を出したところ、PROCHECKは古いから別のプログラムを使えと言われたそうな。それが先日紹介したMolProbityなんですが、これがまたよくわからない。
Google先生に聞いて検索してジャンプして開いたページはMolProbityポータルで、適当にPDB IDを入れれば使えるのですが、さすがに新規構造をサーバにアップするのはめんどくさい。そういえば、最近はWebサービスの形態で提供されているプログラムが多いですが、新規構造をアップするのってどうなんでしょう？ 情報流出とかちょっと気になる・・・サービス提供側もその辺は考えてるんでしょうけど。
それはともかく、もう少しお気軽に使えるプログラムがないかと思っていたら、たまたまCCP4のダウンロードページを見た時にRAMPAGEってのに気づきました。そのときはPhaserのバージョンアップをするつもりだったので気にせずインストールして、RAMPAGEって何かなぁ・・・ぐらいに思っただけだったのですが(一応インストールはしてました)、CCP4iのStructure validationを見たらPROCHECHK、SFCHECKの他にRAMPAGEのチェックボックスが。早速使ってみるとこれぞ求めていた新型ラマチャンドランプロットだったのでした。
ま、そんなこんなで新型ラマチャンドランプロット。もはや無視できない存在みたいですが、よー知らんので詳しいことは論文を引いて下され・・・
何でも、知り合いが構造の論文を出したところ、PROCHECKは古いから別のプログラムを使えと言われたそうな。それが先日紹介したMolProbityなんですが、これがまたよくわからない。
Google先生に聞いて検索してジャンプして開いたページはMolProbityポータルで、適当にPDB IDを入れれば使えるのですが、さすがに新規構造をサーバにアップするのはめんどくさい。そういえば、最近はWebサービスの形態で提供されているプログラムが多いですが、新規構造をアップするのってどうなんでしょう？ 情報流出とかちょっと気になる・・・サービス提供側もその辺は考えてるんでしょうけど。
それはともかく、もう少しお気軽に使えるプログラムがないかと思っていたら、たまたまCCP4のダウンロードページを見た時にRAMPAGEってのに気づきました。そのときはPhaserのバージョンアップをするつもりだったので気にせずインストールして、RAMPAGEって何かなぁ・・・ぐらいに思っただけだったのですが(一応インストールはしてました)、CCP4iのStructure validationを見たらPROCHECHK、SFCHECKの他にRAMPAGEのチェックボックスが。早速使ってみるとこれぞ求めていた新型ラマチャンドランプロットだったのでした。
ま、そんなこんなで新型ラマチャンドランプロット。もはや無視できない存在みたいですが、よー知らんので詳しいことは論文を引いて下され・・・
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