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Archive[2009/12]

ARP/wARP 7.1

ARP/wARP 7.1がリリースされたようです。主なCCP4BBによると変更点は以下の通り。
  • A prototype of the molecular graphics ARP/wARP front-end, allowing the display of molecules and electron densities.
  • A prototype version of the new module for building poly-nucleotides (DNA or RNA).
  • Improved and faster protein chain tracing with higher performance at lower resolution.
  • The loop building as well as helix/strand building are now also inherent parts of protein model building, resulting in enhanced model completeness.
  • Refinement procedures during automated model building have been enhanced in the new versions of our preferred refinement engine, REFMAC, notably including the implementation of 'conditional restraints'.
  • Direct use of experimental single-wavelength anomalous diffraction data (SAD) during model building is now also possible.
  • Improved performance of automated ligand building.
  • Supported computer platforms are Mac powerpc, Mac Intel and Linux (including 32 and 64-bit versions and itanium).
手元にモデルビルディング中のネタがある方は試してみてはどうでしょうか？
Merry Xmas!!

SheevaPlugであそぶ

最近話題のGlobalScale社SheevaPlugを買ってみました。11/16に注文して12/9発送だったのでちょうど3週間かかりました(サイトには"Orders for this product will be delivered 2-3 weeks from the date of order."って書いてあります)。本体が$99で送料が$43.53の合計$142.53。1ドル=90円としたら12800円ってとこですね。
Development Kitの割には箱もなかなかいい感じで、普通に売ってそうな状態です(^^)。付属品はデバッグポート用USBケーブル(mini-B)、LANケーブル、電源ケーブル、ユーティリティCD、保証書です。紙のドキュメントがないところがDevKitっぽい。
SheevaPlug
写真は内容物を並べてみた物です。右のハードディスクは大きさ比較のため並べてみた2.5インチUSBハードディスク。
とりあえず、U-Bootとカーネルをアップデートしたところです。まだパワーは未知数ですがCPUが1.2GHzなのでいろいろ遊べるかも。浮動小数点演算ユニットがないらしいので計算は遅いと思いますが、恒例のCNSベンチぐらいしてみたいところです(^^;。
何かあればWikiにまとめるかも。役に立つ内容ではないと思いますが・・・

Coot 0.6 RELEASE!!

長らく0.6pre1だったCootですが、0.5.2からほぼ一年経ちようやく0.6がリリースされたようです。
インストール方法は以前と変わらず、Vine 5.0にはCentOS4用のバイナリが使用可能でした。新機能は以下のようです。
  • User-defined clicks
  • SHELXL interfaces allows the user to modify the input before running the SHELXL executable
  • Now compatible with Zalman M220W (註：ウワサの立体視液晶画面)
  • Post-manipulation function hook added
  • "Sphere" (residue selection) refinement
  • function to (re-)calculate probe dots around a give point
  • monomer and residue selection dipoles
  • Interactive map sharpening
  • LINK bonds are are now represented
  • "Backrub rotamers" at low (2.7 or worse) resolution
  • Baton build parameters (e.g. "backwards") now have a GUI
  • Move waters to surround protein
  • rotate/translate zone by residue ranges
  • Rigid-body fit by residue ranges
  • Multi-select on reading coordinates is enabled
  • Immediate access to coordinates from CIF dictionaries that contain coordinates (no need for LIBCHECK in such cases)
  • Nudge-residue (bound to Ctrl-arrow keys)
  • A dialog has been added from map averaging
  • Rename residue
  • その他、改良点多数・・・
・・・もはやモデリングツールと言うより精密化モデリングツールって感じですね。私は0.6pre1を使ってましたが0.5.2からアップグレードする方は激変ぶりに驚くかも(^^)。

年会終了

関西学院大学で開催された結晶学会2009年年会が無事に終了しました。今年は通常より若干多めの300人ほどの参加ということで盛況だったようです。
運営に関わった方々も参加された方々もお疲れ様でした(^^)。来年は60周年記念で大阪大学で開催されるそうです。
学会とは関係ありませんが、関学、キレイでしたねー。芝生がなんかハイソな感じがしました。夜はライトアップされてたし。

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