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Archive[2009/08]
Vine 5.0をインストール
Vine 4.2がちょっと調子が悪くなってきたのでこの機会にVine 5.0に乗り換えました。
アップグレードではなくて新規インストールです。手順は以下の通り。
今使っている感じでは特に問題は感じません。システムの起動が速くなったことと、追加パッケージをインストールするときにFedora10のソースRPMなら結構すんなりビルドできてしまうところが目についたところでしょうか。
今のところ、Intel Compiler 11.1.046、CCP4 6.1.2、CNS 1.21、PyMOL 1.2r1、Coot 0.6-pre1 rev.2234をインストールしてみましたがいずれも問題なく動作しそうです。ただ、フォントの設定などが変わったらしく、フォントが変わって違和感が。
後、個人的な趣味としてfluxboxとrxvt-unicodeをインストールしました。今まで愛用していたEtermはUTF-8に対応していないので使えなくなってしまいました・・・
今後はこの環境でレポートしたいと思います。Vine 4.2よりは最近のディストリビューションに近い設定ができるのではないでしょうか(^^)。
アップグレードではなくて新規インストールです。手順は以下の通り。
- とりあえずKNOPPIXで起動
- システムまるごと別のハードディスクにコピー
- 現行システムの消去およびVine 5.0のインストール
- 設定しつつデータを戻す
今使っている感じでは特に問題は感じません。システムの起動が速くなったことと、追加パッケージをインストールするときにFedora10のソースRPMなら結構すんなりビルドできてしまうところが目についたところでしょうか。
今のところ、Intel Compiler 11.1.046、CCP4 6.1.2、CNS 1.21、PyMOL 1.2r1、Coot 0.6-pre1 rev.2234をインストールしてみましたがいずれも問題なく動作しそうです。ただ、フォントの設定などが変わったらしく、フォントが変わって違和感が。
後、個人的な趣味としてfluxboxとrxvt-unicodeをインストールしました。今まで愛用していたEtermはUTF-8に対応していないので使えなくなってしまいました・・・
今後はこの環境でレポートしたいと思います。Vine 4.2よりは最近のディストリビューションに近い設定ができるのではないでしょうか(^^)。
Vine Linux 5.0
ようやくVine Linux 5.0がリリースされました。
今回のバージョンからx86_64版が追加されています。構造解析にどの程度役に立つかは不明です(さすがにメインマシンをx86_64に移行するのはためらわれますな・・・)
カーネルもLTS(長期サポートカーネル)の2.6.27.xになってようやく最近の環境に追いついてきたかなといったところです。
その他GLIBCなどももちろんアップされているのでそろそろ旧バージョンのサポートが怪しくなってきたCOOTも追っかけることができそうです(^^)。
あとロケールがEUCからUTF-8に変更されたのでCentOSなどとの混在環境でも文字化けせずに済むとか、そんなところとか使って試してみようと思います。とりあえずはCDイメージ版からスタートしてみようかな・・・
Project Vine
今回のバージョンからx86_64版が追加されています。構造解析にどの程度役に立つかは不明です(さすがにメインマシンをx86_64に移行するのはためらわれますな・・・)
カーネルもLTS(長期サポートカーネル)の2.6.27.xになってようやく最近の環境に追いついてきたかなといったところです。
その他GLIBCなどももちろんアップされているのでそろそろ旧バージョンのサポートが怪しくなってきたCOOTも追っかけることができそうです(^^)。
あとロケールがEUCからUTF-8に変更されたのでCentOSなどとの混在環境でも文字化けせずに済むとか、そんなところとか使って試してみようと思います。とりあえずはCDイメージ版からスタートしてみようかな・・・
Project Vine
CCP4 6.1.2
- 2009.08.24 Monday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
休暇で情報が少々遅れましたがCCP4 6.1.2がリリースされています。主な変更点は以下のようです。
- インストール
- ccp4.setup-distの名前をccp4.setup-cshに変更
- ccp4i, crank, imosflm起動スクリプトをbinディレクトリにコピー
- インストール時においてcshを使わない。shに変更されたようです
- プログラム
- POINTLESS 1.3.9
- SCALA 3.3.15
- REFMAC5 5.5.0101 (PHOUTコマンドがBUCCANEER用に追加された)
- MOLREP 10.2.31
- SFCHECK 7.3.13
- SIGMAA Ian Tickle氏による新版
- OASIS マイナーアップデート
- GUI関係
- CRUNCH2 実験位相決定の新規インタフェース
- CRANK 1.3
- CCP4iデータベースバックエンドを標準でOFF(開発者以外にはたぶん関係なし)
- その他バグフィックス
- IMOSFLM, POINTLESS, REFMAC5, CTRUNCATE, MOLREP, TLSANL, その他
- 既知の問題
- IMOSFLM インタフェースのバッチジョブ(?)で起動しない
- SCALEPACK2MTZ インプットファイルから対象を読み込まない(致命的と違うのか？)
- DBhandlesはPython 3.0で使用できない(開発者以外関係なし)
PDBj講習会 in 東大駒場
8/7に東大駒場キャンパスで開催されたPDBj講習会に初めて参加してみました。
正直なところPDBの検索はPDB.org(RCSBサイト)でしか行ったことがなかったので、新しく知ることが多く結構楽しめました。
正直、これまでPDBjはPDBの登録ぐらいにしか使ったことはありませんでしたが、いろいろ楽しめるツールが用意されてるんだなーという印象を受けました。みなさんも積極的に使って見てはどうでしょうか？
- PDBjとその利用について
- PDBのデータとその見方・探し方
- EM NavigatorとYorodumiで3次元構造を眺める
- eF-site/eF-surf/sF-seekによるタンパク質分子表面構造の利用
- ProMode/ProMode-Oligomerでタンパク質の揺らぎを観察する
- PDBjにおける構造バイオインフォマティクスのツール
正直、これまでPDBjはPDBの登録ぐらいにしか使ったことはありませんでしたが、いろいろ楽しめるツールが用意されてるんだなーという印象を受けました。みなさんも積極的に使って見てはどうでしょうか？
- PDBjのホームページ -- http://www.pdbj.org/index_j.html
- PDBj講習会 in 東大駒場 -- http://www.pdbj.org/pdbj_workshop_j.html
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