みんなのひろば
ってことで、とりあえずは皆さんの一行コメントの場所です。
じゃんじゃんご意見、ご感想などをどうぞ(^^)。
質問、ご意見等
- あけましておめでとうございます！ 2010年の最初の書き込み失礼しますw 巨大データ用Scalaのrecompileの仕方、参考にさせて頂いております。 まだ途中なんですが、KPRIは素数でないといけないと書いてありましたので、10000に一番近い数字、10007などはいかがでしょうか（だから5003なんていう変な値が入っているんですね） PS くにをさんとはお知り合いのような気がしています。 -- 上西達也 2010-01-07 (木) 00:57:26
- おお、上西さんでわないですか。貴重な情報ありがとうでございます。ちゃんとコンパイルできましたか？こちらでは問題なかったですが、反射の数がさらに上西さんのが多い気がします。新しいことが分かったらこちらに書き込んでくださいね。帰ってきたらまた一声かけてください。 -- くにを 2010-01-15 (金) 14:03:05
- 何のアナウンスも無いですが、CCP4-6.1.3 が出ているんですよ。まだオフィシャルになってないのかなぁ。ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/mirror/ccp4/6.1.3/ -- た 2010-01-23 (土) 23:29:32
- 6.1.2の時もそうでしたが、まだ収録予定プログラムで揃ってないものがあるのかもしれません。しかしバージョンアップのサイクルが早いなぁ・・・ -- どぶお 2010-01-24 (日) 10:15:40
- ここ，誰でも書いていいのかな? 誰か x86_64 か i386 用の phenix-1.3-final のパッケージを持っていないでしょうか．都合でOASIS4.0をやりたいのですが，Fanさんに訊いたら新しい phenix.resolveではうまく行かないそうです．確かに 1.5-2や1.6でやってみると結果が違います．ちょっとOASIS用に古いphenixが欲しいとは，PHENIXのみなさんにはメールを書きにくい．．．でも書くかなな．．．google検索で1.3-finalをやったら，ここが出て来た． -- 渡邉 2010-02-14 (日) 22:07:14
- こんにちは。私の解析PCのディスクの古いアーカイブを見てたら1.24.1bと1.3-finalが眠ってました。どうやって渡しましょう？ -- どぶお 2010-02-15 (月) 09:55:29
- ありがとう．なんとなく気進まなかったのですが昨日 Prof. Adams にメールを書きました．古いのももらえるそうです．いや，ツールの類いは更新してもしばらくは置いておくものですねえ．SHELXC/Dも2005年版と2006年版(現行)で2005年版の方が良さそうな時もあります． -- 渡邉 2010-02-16 (火) 09:43:58
- CCP4ダウンロードページに6.1.3リリースって書いてありますね。公式リリースなのかな？ -- どぶお 2010-02-18 (木) 13:43:13
- 初投稿です。vine5でintel compilerが入りません。libstdc++.so.5がないせいですが、apt-getでlibstdc++3-develいれてもrpmとってきてもだめです。何か解決法ご存知ですか？ -- かど 2010-03-04 (木) 16:53:35
- Vine5.1で検証したところlibstdc++.so.5がないと「アクティベーション・モジュールに問題があります」と出ますね。rootになってldconfig -v | grep libstdcとしたときにlibstdc++.so.5は出てきますか？ なお、RPMパッケージのlibstdc++3とlibstdc++34は別のものなので両方インストールしておく必要があります -- どぶお 2010-03-05 (金) 10:43:04
- アドバイスありがとうございます。ldconfigはlibstdc++.so.5 -> libstdc++.so.5.0.7、libstdcは両方最新版でした。libstdc++,libstdc++5,glibc,libgccが見つかりません。rpmで入れなおしたほうがよいでしょうか？ -- かど 2010-03-08 (月) 12:19:40
- glibc, libgccが見つからない状態っていうのは考えにくいのですが、インストーラ起動時にエラーメッセージはどんな風に出ますか？ rootでldconfigをオプションなしで実行して試してみて下さい。 -- どぶお 2010-03-08 (月) 14:03:54
- 初めて投稿させていただきます。ccp4‐6.1.3で、ccp4i右下のpreferences > Default viewers > Set the default PDB viewers to の箇所でPyMOLが選択できるようになっているのですが、Pymolをccp4iから呼び出すにはどうすればよいのでしょうか？どなたかご存知ではないでしょうか。 -- maiyo 2010-03-08 (月) 18:55:15
- どうもありがとうございました。解決しました。 -- maiyo 2010-03-09 (火) 10:56:57
- 遅レスすいません。エラーメッセージはステップ4で「32 ビット・ライブラリーが見つかりません」で、前レスの4つ(libstdc++ほか)が見つかりません、と出ます。ldconfigは何も表示されませんでした。apt-cache showpkg libstdc++3を試すと、DependenciesやProvidesはすべて64bitでした。 -- かど 2010-03-10 (水) 13:46:10
- ひょっとして64bitと32bitが混在してませんか？ 64bitを使ったことがないのであまり詳しいことはわかりませんが、もし64bit環境にしているようならIntel Compilerも64bit版(32/64bit版でも)を使ってますよね？ uname -mpi とするとどう出力されるでしょうか？ -- どぶお 2010-03-10 (水) 14:51:01
- Intel CompilerはIA32/Intel64です。Intel64版でもIA32版でも同様のエラーでした。uname -mpiはx86_64 x86_64 x86_64と表示されました。 -- かど 2010-03-11 (木) 10:44:34
- 64ビットではいろいろライブラリが必要なようですが、Debianパッケージしか見あたらないですね・・・ -- どぶお 2010-03-12 (金) 10:59:53
- ldconfig -p | grep libstdcではlibstdc++.so.6 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libstdc++.so.6 libstdc++.so.6 (libc6) => /usr/lib/libstdc++.so.6 libstdc++.so.5 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libstdc++.so.5 libstdc++.so.5 (libc6) => /usr/lib/libstdc++.so.5と両方の依存関係があるのに見つけてくれません。ハマリそうなので32bitOSの再インストールですかね。。いろいろありがとうございました！ -- かど 2010-03-15 (月) 11:52:27
- i386とx86_64の両方の依存関係解決もできるんですね。libstdc++はたくさんのライブラリが依存してそうなので難しそうですね・・・お役に立てなくて申し訳ありません。m(__)m -- どぶお 2010-03-15 (月) 19:21:56
- 32bitライブラリがないというより、コンパイラが64bitだけ見つけて諦めてしまう感じがします。OS入れなおしてBiokidsの通りにやったら、あっさりマルチスレッドのCNSがはいりました。丁寧なご対応、ありがとうございました。 -- かど 2010-03-15 (月) 19:36:44
- いまさらながら64bit版Intel Compilerのインストールを確認しました。compat32-libstdc++3が必要だったみたいです。ただし、インストーラでは同じステップ4で引っかかったのでrpmで直接インストールしました。将来のために後ほどメモしておきます -- どぶお 2010-03-16 (火) 11:49:01
- そうだったんですか！apt-getではためしてだめだったのですが、rpmでいけるのですね。難しい。。 -- かど 2010-03-16 (火) 14:19:56
- あと、Vine5.1でMolscript2.1.2をインストールするため、XOrg-gl-develを入れようとすると「パッケージ XOrg-gl-devel はデータベースには存在しますが、利用可能なバージョン が存在しません。」といわれます。libXmu-develとlibXext-develを入れることでインストールできました。 -- かど 2010-03-16 (火) 14:24:36
- vine5.1でRaster3Dをtar.gzからインストールしました。gcc-g77がgcc3-g77になっていたので、make linux-gfortranでMakefile.inclを作り、MakefileとMakefile.inclの-Wtabスイッチを削除するとインストールできました。srpmのリビルドもg77のエラーで止まってしまうので、このようにしました。 -- かど 2010-03-19 (金) 10:40:06
- 情報ありがとうございます。寄せられた情報を基にspecファイルおよびパッチを作成し、Raster3D/インストールのページを更新しました。 -- どぶお 2010-03-23 (火) 13:54:04
- 初めて投稿させていただきます。RAVEのインストールをホームページのとおり行いました。MAPMANを使いたいのですが、その後の手順がわかりません。どなたかご存じでしょうか。 -- beginner 2010-04-07 (水) 13:57:59
- その後の手順というのが何を指すのかがわかりませんが、マップの変換なら構造解析クックブック/02 ファイルフォーマットを参考にしてみて下さい -- どぶお 2010-04-08 (木) 17:00:16
- RAVEのインストールをホームページのとおり行いました。MAPMANを使いたいのですが、<あとは必要に応じてパスを通すなりリンクを張るなりしましょう。>がわかりません。詳しい手順を教えてください。 -- beginner 2010-04-15 (木) 13:09:20
- RAVE/インストールのページを更新しました。パスを通すところとリンクを張る部分を追加しました
![[smile]](image/face/smile.png)
-- どぶお 2010-04-16 (金) 10:03:05
- RAVE/インストールのページを更新しました。パスを通すところとリンクを張る部分を追加しました
- ありがとうございました。問題が解決しうまく起動できました。 -- beginner 2010-04-19 (月) 08:49:16
- 初めまして。初心者、50の手習いです。解析プログラムの情報収集中で参考にさせていただいています。プログラムの名前、皆さん会話の中ではどのような「読み」をなさっておられるのでしょうか？例えば、MOSFLMは「モスフルム」？「モスエフエルエム」？素直に「エムオーエスエフエルエム」？ふりがなを振っていただけるととてもありがたいです。 -- K 2010-08-24 (火) 11:30:46
- うーん、英語名はともかく頭文字のプログラム名は案外人によって違うかも知れません。私はMOSFLMは「もすふぃるむ」と読んでますが、「もすふるむ」と読んでいる人もいると思います。どっちがメジャーかはわかりませんが
![[huh]](image/face/huh.png)
-- どぶお 2010-08-24 (火) 15:57:32 - 早速にご回答ありがとうございます。特にコンセンサスはないのですか。だからどのホームページを見ても「読み方」が書かれていないのですね。ベテランの方たちはそれでも「あぁ、あれのことね・・・」てなかんじでわかり合えてしまうのでしょうね。初心者はちょっと悩んじゃいます（本質ではないのに）。全然学術的・技術的でないことでお手数をおかけし、申し訳ありませんでした。 -- K 2010-08-25 (水) 09:27:57
- 会話の中だと、ん？って聞き返してあーあれってそう読むんですかー、っていうこともよくあります 。質問は内容にこだわらずお気楽にどうぞ！ -- どぶお 2010-08-26 (木) 10:41:13
- うーん、英語名はともかく頭文字のプログラム名は案外人によって違うかも知れません。私はMOSFLMは「もすふぃるむ」と読んでますが、「もすふるむ」と読んでいる人もいると思います。どっちがメジャーかはわかりませんが
![[worried]](image/face/worried.png)
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