ARP/wARP v7をインストール -- 
最新版は7.1+7.1.1パッチで、インストールの基本的な手順はVer.6と同様です。
必要なパッケージ
- curl -- aptでインストール
ARP/wARP 7.1のインストール
2010-07-22 : 追加
インストールが随分楽になりました。
インストール手順
インストーラはtclshを使って自動でCCP4i用GUIをインストールするのでCCP4とCCP4-others両方のセットアップファイルを読み込んでおきます。
なお、UNIXおよびMacOSではインストール時にTASK_MODULE,206の不具合によりインストールが失敗するので下記を参考にあらかじめmodules.defを修正してください。
# source /usr/local/ccp4-6.1.13/setup-scripts/sh/ccp4.setup # source /usr/local/ccp4-6.1.13/setup-scripts/sh/ccp4-others.setup # cd $CCP4/.. # tar zxvf arp_warp_7.1.tar.gz # cd arp_warp_7.1 # ./install.sh (省略) *** INSTALLATION OF ARP/wARP 7.1 GUI HAS BEEN SUCCESSFUL ***
こんな感じでインストールが完了します。
7.1.1パッチの適用
Ver.7.1.1パッチがリリースされていますのでインストール後にファイルをコピーします。
% tar zxvf arp_warp_7.1.1-patch.tar.gz % cd patch_7.1.1
この中のREADMEファイルに書かれている通りファイルをコピーします。
# source /usr/local/ccp4-6.1.13/setup-scripts/sh/ccp4.setup # source /usr/local/ccp4-6.1.13/setup-scripts/sh/ccp4-others.setup # cp arp_solvent.script $CCP4I_TOP/scripts/. # cp arp_solvent.tcl $CCP4I_TOP/tasks/. # cp warp_solvent.sh $warpbin/../../share/. # cp warp_refmac_restraints.sh $warpbin/../../share/. # cp warp_tracing.sh $warpbin/../../share/.
$CCP4I_TOP/tasks以下のdefとtclに実行属性を付けます。
# cd $CCP4I_TOP/tasks # chmod +x *.def *.tcl
以上で完了です。
GUIがインストールされなかった
tclshにパスが通っていないと以下のエラーが出ます。
An attempt will be made to install the graphical user interface automatically. Checking availability of tclsh command - *** ERROR *** "tclsh" command is not available - cannot install ARP/wARP CCP4I GUI The GUI automatic installation *** FAILED *** Please contact your local administrator and/or install the GUI through the CCP4I interface procedure.
これはccp4-others.setupを読み込んでいないかCCP4のTcl/Tk++パッケージがインストールされていない時に起こるようです。その際は設定を確認してください。
CCP4 6.1.13へのARP/wARP 7.1のインストール
2010-01-11：追加
CCP4 6.1.13の環境で、ARP/wARPが正常にインストールされない現象が発生するようです(みんなのひろばのともさん情報ではMacOS 10.6)。CCP4のProblemsのページにはbinaries and source on OS X and Linuxと書いてあるので結構広範囲に影響があるかもしれません。
2011-02-22追記 -- 上記の不具合がCentOS 5.5 + CCP4 6.1.13の環境で発生しました。インストールしたときに以下のようなメッセージが出力されます。
Installing GUI for ARP/wARP 7.1
can't read "getcontentlist_array(TASK_MODULE,206)": no such element in array
Created a directory for help files:
/usr/local/ccp4-6.1.13/ccp4-6.1.13/ccp4i/help/extra
*** INSTALLATION OF ARP/wARP 7.1 GUI HAS BEEN SUCCESSFUL ***
解消の方法は以下の通り。
- $CCP4I_TOP/etc/UNIX/modules.def
511 TASK_MODULE,194 datred 512 TASK_MODULE,205 build 513 TASK_MODULE,195 maputils
このあたりのTASK_MODULE,205(この例では512行目)の後にTASK_MODULE,206 programlist
を追加する修正されるようです。
ARP/wARP 7.0のインストール
展開する
展開したディレクトリがインストールディレクトリになるので、CCP4をインストールしたディレクトリで展開しました。refmacが使えない状態だとインストールできないので注意！
# cd /usr/local/ccp4 # tar zxvf arp_warp_7.0.1.tar.gz # cd arp_warp_7.0.1 # source /usr/local/ccp4/setup-scripts/sh/ccp4.setup # ./install.sh (省略) An attempt will be made to install the graphical user interface automatically. Checking availability of tclsh command - OK There is no previous installation of ARP/wARP GUI at the CCP4 GUI directory ($CCP4I_TOP). The $CCP4I_TOP dir is not owned by you. The GUI could not be installed automatically. Please contact your local administrator and/or install the GUI through the CCP4I interface procedure. *** INSTALLATION OF ARP/wARP 7.0.1 GUI FAILED ***
たぶんこんな感じになります。CCP4I_TOPがあなたの所有ではないからCCP4i用のGUI自動でインストールしない、っていうメッセージが出ますのでCCP4iには手動でインストールします。
またこのメッセージの上に、REFMACの5.4.45以上を使えというメッセージが出ますので後からインストールします。
CCP4iへのインストール
- 続いて、CCP4iにプログラムを登録します。CCP4iを起動してメインのウィンドウの右下、System Administration -> Install/Uninstall Tasksを開きます。
- システム管理者で実行している場合は2行目のPerform...の部分は[main CCP4i] areaでいいのですが、一般ユーザーで行う場合は[user's local CCP4i] areaを選択します。
- Install Package InformationのTask archiveに/usr/local/ccp4/arp_warp_7.0.1/ARP_wARP_CCP4I6.tar.gzを指定します。
- [Apply]をクリックすれば登録が完了します。
この手順はCCP4i対応プログラムをインストールする際には共通なので覚えておきましょう。でもARP/wARP以外で登録したことありませんが・・・
スタートアップファイルの登録
.cshrcに追加するスタートアップファイルがVer.6とは異なります。追加するコマンド行は以下になります。
# for ARP/wARP source /usr/local/ccp4/arp_warp_7.0.1/arpwarp_setup.csh
REFMACのバージョンアップ
ARP/wARP Ver.7ではREFMAC Ver.5.4.45以降が要求されます(CCP4パッケージに収録されているのはVer.5.2)。Garibさんのページから最新版のREFMACを取得します。リリースバージョンは結構頻繁にあがるようですがCurrent stable versionを使用すればいいと思います。本稿執筆時点(2008年4月)ではv5.4.66でした。
取得したファイル(refmac 5.4 for linux)では以下のファイルが入っていました。
- refmac_linintel
- libcheck_linintel
- makecif_linintel
これをCCP4のプログラムディレクトリ($CCP4/bin)にコピーします。CCP4のオリジナルと区別が付くように名前を変更しました。
- refmac_linintel -> refmac-5.4.66
- libcheck_linintel -> libcheck-refmac-5.4.66
- makecif_linintel -> makecif-refmac-5.4.66
すでに存在するファイルは名前を変えて念のため保存しておきます。
- refmac5 -> refmac5.org
- libcheck -> libcheck.org
makecifは存在しませんでした。最後にシンボリックリンクを張って終了です。
# ln -s refmac-5.4.66 refmac5 # ln -s libcheck-refmac-5.4.66 libcheck # ln -s makecif-refmac-5.4.66 makecif
ちょっとした問題に出会いました
Ver.7.0.1では修正されているようです。意識しなくても使えました。
ARP/wARPのスタートアップスクリプトを.cshrc末尾などに書くと、
WARNING while setting up ARP/wARP
ARP/wARP does not have executables for python-2.4
flex-warp ("ARP/wARP Expert System" in the GUI) will not be installed
Please re-install ARP/wARP, this will create required executables
というメッセージが出力されました。困ったのでarpwarp_setup.cshファイルの内容を見てみるとlsでPythonのバージョンを比較していました。この時、.cshrc内ではlsコマンドにエイリアスが作成されていたため、Python-2.4/とPython-2.4という文字列を比較してエラーが出ていたようです。
ARP/wARPのスタートアップスクリプトをlsコマンドのエイリアスより前に実行することで回避しました。
ARP/wARP v6をインストール -- Vine 3.2
必要なパッケージ
- curl -- aptでインストール
展開する
展開したディレクトリがインストールディレクトリになるので、CCP4をインストールしたディレクトリで展開しました。refmacが使えない状態だとインストールできないので注意！
# cd /usr/local/ccp4 # tar zxvf arp_warp_6.1.1.tar.gz # cd arp_warp_6.1.1 # ./install.sh
インストールが完了したら設定を.cshrcなどに追加します。
set path = ( /usr/local/ccp4-6.0.1/arp_warp_6.1.1/bin/`uname` $path ) setenv warpbin /usr/local/ccp4-6.0.1/arp_warp_6.1.1/bin/`uname`
