SHELX  

最新版97-2 / 1998年03月24日
対応OSLinux, Microsoft Windows
種別Structure determination
公式サイトhttp://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/

ドイツのSheldrickが開発した解析プログラム。

インストール  

2010-06-21 追加

インストールは全く難しくなく、Linuxバイナリ形式で入手できるはずなので、適当な場所に展開してパスを通すだけです。

# tar zxvf shelx_linux.tgz
# cp linux/* /usr/local/bin

Intel Compiler 11によるビルド -- Vine5  

バイナリファイルをインストールは簡単なのですが、Intel Compilerを使って高速化を試してみます。OpenMP対応版があるようですが、私の持ってるアーカイブには含まれていません。最近のは含まれてるのかな？
SHELXLはIntel Compiler 11.1を用いて以下のようにビルドしました。

% ifort -O3 -xsse4.1 -parallel -no-prec-div -ipo shelxl.f shelxlv.f -o shelxl.intel

-xsse4.1などの拡張命令セットの指定はCPUにあわせて下さい。(Intel Compiler/コンパイルオプション)
生成されたshelxl.intelを適当な場所(例えば/usr/local/binにコピーして使って下さい)。ここではオリジナルのバイナリと区別するためにshelxl.intelという名前にしていますが、動作確認後、shelxlを置き換えてしまってもいいと思います。

ベンチマーク  

75残基 x 2分子および200個ほどの水分子、0.95Å(水素原子なし)で確認したところ以下の結果になりました。

Intel版4分09秒(249秒)
オリジナル6分25秒(385秒)

もともと短時間で終わる計算ですが、35%ほど計算時間が短縮されました。大きい分子の場合にはメリットがあるかもしれません。

関連ページ  

引用文献  

Sheldrick G.M.
A short history of SHELX.
Acta Crystallogr A. 2008 Jan;64(Pt 1):112-22. Epub 2007 Dec 21.

外部リンク  

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