最初の手続き
このプログラムを走らせるまでに、一通りL.S./C.G.L.Sリファインメントは終了していますね。
SHELXのリファインメンとでは、Fo-Fcマップで見付かったピーク位置の座標が.resファイルに出力されています。
その座標のひとつをコピーして最初の水をアサインしてあげなければ、SHELXWATは走りません。
やりかた
- 直前のリファインメントの.resファイルを開く
- ファイルの最後の方にある'END'行を探します
- その下に'REM Highest reference peak'という文字列以下の行に座標がないですか？
- 一番上の差フーリェ合成マップ上で高いピークを示している座標をコピーします
- ペーストする場所は、残基(RESI)情報がある、すぐ下です。以下、具体的に。
どこに？
私の.resファイル上では、最後の残+直前のリファインメントの.resファイルを開く
- ファイルの最後の方にある'END'行を探します
- その下に'REM Highest reference peak'という文字列以下の行に座標がないですか？
- 一番上の差フーリェ合成マップ上で高いピークを示している座標をコピーします
- ペーストする場所は、残基(RESI)情報がある、すぐ下です。
RESI 83 SUL S 5 0.816770 0.630398 -0.538336 10.50000 0.16376 O1 4 0.810732 0.643205 -0.508706 10.50000 0.30460 O2 4 0.829075 0.605603 -0.520266 10.50000 0.19137 O3 4 0.812083 0.622992 -0.577146 10.50000 0.24380 O4 4 0.823296 0.647890 -0.542033 10.50000 0.27939 HKLF 4
最後の残基情報は '83番目のS'(not アミノ酸)でした。 よく見れば'HKLF 4'という行が下に入っています。残基情報の終了はこの行を目安にするってことですね。
入れるのは最後の残基、RESI 83 と 'HKLF 4' の間
RESI 83 SUL S 5 0.816770 0.630398 -0.538336 10.50000 0.16376 O1 4 0.810732 0.643205 -0.508706 10.50000 0.30460 O2 4 0.829075 0.605603 -0.520266 10.50000 0.19137 O3 4 0.812083 0.622992 -0.577146 10.50000 0.24380 O4 4 0.823296 0.647890 -0.542033 10.50000 0.27939 RESI 2001 HOH O 4 0.57400 0.48818 -0.28249 11.00000 0.06137 HKLF 4
わかりますか？
書式
座標はコピーするだけではだめで、そのピークが水だよ、ということがわかるように上記のように編集してください。 残基番号は任意ですが、他の残基とかぶらないようにだけ、注意しましょう。
Mini techniques
My options
-n10 -s4 -u0.5 -r0.6 -m50
-n
Number of overall cycles
-s
Scattering factor number for oxygen
-u
Starting isotropic U for new waters
-r
Water rejected if U refines to greater than this value
-m
Maximum number of waters to be added in one cycle
-h
Half/full occupancies
-f
Full occupancies only
