2009年分

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みんなのひろばアーカイブ 2009年分  

• Lafireが終わったら、Buccaneerも試してみたら？ -- ふ 2009-01-07 (水) 23:06:07
  • Buccaneerも試してみたいのですが、手元にデータがなくて。お試し情報ぐらいはアップしたいですが -- どぶお 2009-01-07 (水) 23:39:53
• CCP4ってインテルのMKLのlapackつかうことできないですか？install.shつかうとまったくだめみたいで。よごしてすみません↑ -- がっちゃん 2009-01-19 (月) 17:21:58
  • configureスクリプトを修正しなければならないのでinstall.shで一発OKというわけには行かないです -- どぶお 2009-01-20 (火) 15:30:55
  • 11.0のMKLで現在ビルド中です。手順が確立したらまた載せてみます -- どぶお 2009-01-20 (火) 15:32:14
  • configureのXLAPACK_LIBの設定がポイントかも。 -- どぶお 2009-01-20 (火) 15:33:13
  • ありがとうございます。-lguide -lpthread あたりもいれなきゃいけないかとか、-Iでインクルードしていしなきゃいけないかとか、混乱してきました。どぶおさんの結果を楽しみにしています -- がっちゃん 2009-01-20 (火) 17:32:08
    • configureを修正しなくても行けそうです。環境変数XLDFLAGSに"-lmkl -liomp5 -lguide"で通ります。glibcはTLS対応の必要がありますね -- どぶお 2009-01-20 (火) 19:43:54
    • まとめてみましたCCP4/Advancedインストールを参考にしてみてください -- どぶお 2009-01-20 (火) 21:04:37
  • おぉー、明日チャレンジしてみます。ありがとうございます。 -- がっちゃん 2009-01-20 (火) 22:56:42
  • CentOS5.2 x86_64、インテルコンパイラでコンパイル中です。link OKがでました。その前にX86_64ではbltのコンパイルがこけます。http://bioscreencastwiki.com/Crystallography_Howtos/Installing_ccp4-6.0.99e_on_64_bit_Ubuntu　にあるパッチで対処可能です。patchがうまくあたらず、手で直してしまいました。 -- がっちゃん 2009-01-21 (水) 17:36:49
    • レポートありがとうございます。x86_64はまだ全然手を出したことがありません(^^;。IntelMKL Fedora8およびVine4.2でOKっぽいです 環境変数COPTIMがポイントでした-- どぶお 2009-01-21 (水) 17:51:20
  • まだコンパイル中です。昨日の今日でなんなのですが、もうひとつ、FFTWをインテルコンパイラ付属のmklのライブラリにできるかもしれませんね。FFTWはver2.xのをつかえばいいらしいです。x86_64は今月導入しました。とりあえず解析ソフト関係は対応されている場合が多く、それほど困らないと思いますが、遊び系は苦労しそうです。mplayerとかcompiz fusionとかあきらめてます。（笑） -- がっちゃん 2009-01-21 (水) 19:03:35
  • MKLはFFTWインタフェースのラッパーがあるようなので使えそうですね。x86_64もいずれ移行する必要がありますねー。 -- どぶお 2009-01-21 (水) 21:09:42
  • どぶおさんのCOPTIMに関する注意の意味がわかりました。私もまってました。というか、普通にlinux_intel_compilersを指定するとリンクミスしてコンパイルが一見正常終了するようにみえますが、いくつかのプログラムは動きませんね。インテルコンパイラでは-ipは必須のようです。FFTWまで進んでいませんが、さすがどぶおさん早いですね。大変参考になります。 -- がっちゃん 2009-01-22 (木) 21:58:53
  • まってました→はまってしまいました -- がっちゃん 2009-01-22 (木) 21:59:40
  • FFTWはcbuccaneer.exam以外のテスト(Phaser/CCTBX含む)は通るのですが・・・BUCCANEERってブキャナーって思ってたのですが、バカニーアなんですね(^^;。 -- どぶお 2009-01-22 (木) 23:08:13
  • 僕の環境ではcbuccaneer.examとおっているみたいです。ただmake runtestの時間はほとんどかわっていないです。-parallel オプションが悪いかな？ -- がっちゃん 2009-01-23 (金) 10:12:14
  • COPTIM=-O -ipのみでビルドしてみましたがやはりcbuccaneerが落ちます。BBに投げてみました -- どぶお 2009-01-23 (金) 16:09:14
  • 僕のもちょっとあやしいみたいです。すみません。-parallelはずしてみたらcbuccaneer以外にもビルドできないものが。-parallelつけてみたら今度はcbuccaneerがビルドされるもののCycle:1 でこけるみたいです。 -- がっちゃん 2009-01-23 (金) 16:22:05
• 私の環境ではCOPTIMに-ipが入っていれば-O3でプロセッサレベルの最適化してもcbuccaneerテスト以外は全てうまく行きます。うーむ。 -- どぶお 2009-01-23 (金) 18:34:37
  • Intel MKLのFFTWを使用するとcpirate.examの結果から異なるようです。FFTWの互換性の問題かもしれないので、少なくともIntel FFTWは使わない方が良さそうです。 -- どぶお 2009-01-26 (月) 10:23:50
  • どぶおさん、貴重な情報ありがとうございました。当面はオリジナルのバージョンを使います。話はちがいますが、shelx97のshelxlはopenMPバージョンはかなりはやくなりました。リゾチームのチュートリアルにある例をそのまま行ったらreal timeで1/10近い時間で終わってしまいました。openMPとx86→x86_64とsse4.2への最適化の恩恵をうけたものと思われます。openMPの威力が一番のようです。 -- がっちゃん 2009-01-27 (火) 14:39:26
    • OpenMPすごいですねー。SSE4.2はまだ試せるCPU持ってないです(XX)・・・また何か情報があればお待ちしております -- どぶお 2009-01-27 (火) 16:09:39
• MIFit が open source に ( http://code.google.com/p/mifit/ ) なりましたね。どのくらいのシェアを持っているのかな。Coot と比べたらどうだろう。 -- ふ 2009-02-09 (月) 23:36:35
  • 情報ありがとうございます。私は使ったことないですが、COOTに脅威を感じてOpen sourceにしたのでしょうか・・・ -- どぶお 2009-02-12 (木) 08:56:33
  • MIFitはLinux binaryを単純に展開すれば実行可能ですね -- どぶお 2009-02-12 (木) 10:03:54
• すばらしいホームページですね。データの解析についてではなく、回折データの収集の際のコツ等を解説したサイト等をご存知でしょうか？　軸が立つとか、よくわかりませんので。 -- たくま 2009-02-12 (木) 20:03:56
  • データ収集もいずれはまとめたいとは思っていますが・・・最近はだーっととってしまうので軸立てとか考えてません(--;。解説サイトに関してはわかりません・・・ -- どぶお 2009-02-16 (月) 09:36:10
• いつも参考にさせていただいております。さて、HKL2000で処理した後にlogファイルで「最外殻のI/Sigmaの値」を確認したいのですが、どこを見たらよろしいでしょうか？　HKL2000での処理は初めてなのでよろしくお願いします。 -- ダースベーダー 2009-02-19 (木) 16:58:53
  • <I>/<sigmaI>なら私はいつもscale.logの最後、Average IをAverage errorで割ってます。<I/sigmaI>なら正確なところはよく知りません 詳しい人教えて下さい -- どぶお 2009-02-19 (木) 17:49:11
  • どぶおが書いた方法でHKL2000を利用して<I>/<sigI>は出ますが、ちゃんと<I/sigI>を知ろうとすると、SCALAを利用するしか手が無いように思います。というわけで、論文に書いてあるHKL2000の<I/sigI>もどこまで正しく計算しているかは分からないですね（苦笑） -- くにを 2009-02-19 (木) 18:02:56
  • ありがとうございます！　早速それで計算してみます。 -- ダースベーダー 2009-02-19 (木) 18:10:55
• logファイルの I/Sigma in resolution shellsから0は0, 1以下は0.5, 1-2は1.5みたいな感じで決め打ちして平均値を手で計算している方が多いようです。それぞれのカラムにある数字はless than ..ですのでとなりのカラムとの引き算をおわすれなく！ -- がっちゃん 2009-02-28 (土) 14:12:01
• ccp4mgのインストールですがccp46.1.0ではccp4mgは別途サイトからダウンロード＆インストールする必要があるのでしょうか？全部インストールしたつもりなのにはいっていませんでした。別途インストールするとpython2.3のライブラリがないとかで起動しないのです。(うちのが2.4だからか？)ご存じでしたらよろしくおねがいします。 -- がっちゃん 2009-02-28 (土) 14:16:17
• がっちゃんさま。一度、先輩にI/Sigma in resolution shellsから<I/sigI>を計算するスクリプトをもらったことがあったのですが、20以上の値の計算はそれで良いのか分からず、使わなかった記憶があります。 -- くにを 2009-02-28 (土) 15:55:23
• 私も正確な方法はわかりませんが、Highest Shellならいいのかな(20以上があったことがない)という感じでそうしています。アメリカで２、３のラボの方に聞いたらそうしている人が多いらしいということだったので。あと、全体のということであればログファイルの上流のほうでSummary of reflection intensities and R-factors by batch number というところの最後にAll filmsという場所があってそのI/sigmaが全体の平均値だと思います。いずれにしても、各シェルでの値は正確にはでないと思っていました。ラボでライセンスをお持ちの方に是非HKLのほうへ直接質問していただけるとうれしいです。 -- がっちゃん 2009-02-28 (土) 16:34:00
• なるほど。確かにHighest shellの確認だけなら問題ないかも知れないですね。 -- くにを 2009-03-01 (日) 01:27:19
• CCP4MG、標準では入らないみたいですね。Vine4.2ではCCP4MGのRedHat9用バイナリが問題なく動きました。 -- どぶお 2009-03-02 (月) 11:49:01
• CentOS5.2で確認したところ同様にRedHat9用バイナリが動作しました。libsslの問題がありましたが、CCP4MGのページに解決方法がありました。http://www.ysbl.york.ac.uk/~ccp4mg/linux_diagnostic.html -- どぶお 2009-03-02 (月) 12:03:34
• CCP4BBにCCP4mgについての記事がありました -- http://www.mail-archive.com/ccp4bb@jiscmail.ac.uk/msg08752.html -- どぶお 2009-03-03 (火) 11:00:33
• くにおさん、どぶおさん、こんにちわ。お返事遅くなり申し訳ありません。プレゼン資料をつくるためccp4mgをと考えていたのですがこちらの記事を参考にpymol 1.1をインストールしてアニメを作ることができました。ありがとうございます。記事のやりかたからちょっと自分流にしたのは、shelxからcootでよんだ電子密度マップだったので、cootでmaskしてそのままr3dファイルに出力してそれをpymolに読ませてみました。あとは、アニメーションをquicktime proでつくりました。フリーのでは作れませんがproバージョンを購入すればpymol出力のpngからmovファイルを作ることができました。このとき読み込ませてそのまま保存するとえらいサイズになりますので、エクスポートで圧縮率なんかをちょこっと調整するだけでファイルサイズが激減します。 -- がっちゃん 2009-03-06 (金) 11:59:28
• がっちゃんさま。マニアックな動画を作ってますね。ぼかぁ、あれですよ、molscriptとか使って動画とか作ってたんですが、最近はとんとそういう仕事がなくなったので、うといです。電子密度出すならbobscriptが好きやったなぁ・・・。なつかしい。-- くにを 2009-03-07 (土) 04:12:46
• くにをくん。名乗るのも恐れ多い遠い存在になってしまいましたが、同期(?)のうっちーです。覚えているかな？すばらしいサイトですね。僕もここで勉強させていただきたいと思います。蔭ながらご活躍をお祈りしています（もちろんどぶおさんも！）。 -- うっちー 2009-03-12 (木) 01:20:21
• うっちー、おっす。恐れ多くはないぞ。もち、覚えています。うっちーは書く側に回ってもらった方がよいのでは？陰ながらじゃなくてもいいよ（笑）。今後ともよろしくです。 -- くにを 2009-03-13 (金) 13:51:31
• Sharpをインストールしてみました。fiarFoxでhttp://server:8080/　と入力すると使えると思ったのですが、使えません。serverのところに何か名前をいれなくてはいけないのでしょうか？どこかで設定する必要があるのでしょうか？ -- ポ 2009-03-31 (火) 06:00:16
• Single user on a single machineのつもりでインストールしたのですが。http://www.globalphasing.com/sharp/installation/scenarios.html#oneone -- ポ 2009-03-31 (火) 06:01:06
• adm/bin/check_server SHARPをタイプするときちんと動いているようにみえます。どなたかご存知の方いたら、よろしくおねがいします。 -- ポ 2009-03-31 (火) 06:01:50
• すいません。長くて、四回に分けて書き込みしてしまいました。 -- ポ 2009-03-31 (火) 06:02:44
• SHARPは使ってないのでよくわかりませんが、serverのところにlocalhostと入れるかIPアドレスを直接または127.0.0.1あたりで接続できないでしょうか？ -- どぶお 2009-03-31 (火) 09:49:44
• どぶおが書いている通り、serverの部分を編集すれば大丈夫だと思います＞ポ様 -- くにを 2009-03-31 (火) 19:26:37
• ありがとうございます。つながりました。 -- ポ 2009-03-31 (火) 20:54:38
• xdsi ありますよ。fine tuneモードまでありました。でもbash de -- utudesu 2009-09-09 (水) 20:03:50
• bashでGNUPLOTグラフ書くのと大して変わりません。 -- utudesu 2009-09-09 (水) 20:04:24
• 情報ありがとうございます。XDSi確認しました。論文は2004年ですが、現在も更新されているようですね(最新版 0.9-2009-07-24の日付)。ちゃんと使えるのかな？ -- どぶお 2009-09-10 (木) 11:45:17
• XDSiの論文は読んだことあるけれど、作者にメールしたら「アドレス不明」でメールが返ってきてそのままでした。今はどこぞからＤＬ出来るのですね。-- くにを 2009-09-14 (月) 11:48:16
• Xia2にはCCP4のCCTBXは使えないってさ。http://xia2.blogspot.com/2009/11/broken-xia2-cure-all.html -- た 2009-11-18 (水) 23:58:30
• 情報＆確認ありがとうございます(^^)。いろいろやってみましたが、PHENIX 1.5-2あたりかCCTBX 2009_02_15_2320が必要みたいですね。最新版のCCTBX(2009-11ぐらい)で動作確認はとれました -- どぶお 2009-11-19 (木) 08:21:25

• u-bootのビルド、クロスコンパイルの設定の説明をもう少し詳しく記載していただけませんか？ｒｄ88f16281云々のコンフィグをmakeするルールがないと怒られています！ -- ふじウサギ 2009-12-27 (日) 10:56:22
  • 1.1.4を展開して、その上に3.4.23を追加しますか？ makeのターゲットはrd88f6281Sheevaplug_configですが間違っていませんか？ > ふじウサギさん -- どぶお 2009-12-27 (日) 21:20:39
  • どぶおさん、ありがとうございます。セルフコンパイルをSHEEVAPLUG上に構築したのですが、同じ結果でした。ターゲットのCONFIGはタイプミスもないです。何か基本的な所が間違っているのでは？ -- ふじウサギ 2009-12-28 (月) 00:39:23
  • 手順通り確認してみましたが、問題ありませんでした。3.4.23はplugcomputer.orgからですよね？ おかしいなぁ・・・Makefileファイルの1427行目付近にあると思うのですが・・・ -- どぶお 2009-12-28 (月) 09:16:45
  • なお、目的のU-BootはGCCのファイル名などがクロスコンパイル用になってるのでセルフだと環境変数などが必要になるのでクロスの方がいいと思います。make自体には関係ないのですが。 -- どぶお 2009-12-28 (月) 09:18:35
  • どぶおさん、ヒントいろいろありがとうございます。どうも３．４．２３がおかしいような気がします。というのは元の１．１．４に上書きする時、MAKEFILEのディレクトリに行くまで3回くらい階層があるから。恐れ入りますがどこかに３．４．２３をアップしていただけませんか？ -- ふじウサギ 2009-12-29 (火) 15:19:11
  • 3.4.23はplugcomputer.orgのリポジトリからは消されていますが、フォーラムメッセージに再アップされていますのでそちらからどうぞ。http://plugcomputer.org/plugforum/index.php?topic=1134.msg6941#msg6941 です。Vine 5.0でビルド確認しました。 -- どぶお 2009-12-29 (火) 22:01:11
  • 最近3.4.27での大容量(メッセージ中では2GB以上だろうと推測されています)SDカードのバグの指摘があり、バイナリおよびパッチも同スレッドで提供されていますね。近いうちに統合されそうです。 -- どぶお 2009-12-29 (火) 22:02:55