みんなのひろば
ってことで、とりあえずは皆さんの一行コメントの場所です。
じゃんじゃんご意見、ご感想などをどうぞ(^^)。
質問、ご意見等
- あけましておめでとうございます！ 2010年の最初の書き込み失礼しますw 巨大データ用Scalaのrecompileの仕方、参考にさせて頂いております。 まだ途中なんですが、KPRIは素数でないといけないと書いてありましたので、10000に一番近い数字、10007などはいかがでしょうか（だから5003なんていう変な値が入っているんですね） PS くにをさんとはお知り合いのような気がしています。 -- 上西達也 2010-01-07 (木) 00:57:26
- おお、上西さんでわないですか。貴重な情報ありがとうでございます。ちゃんとコンパイルできましたか？こちらでは問題なかったですが、反射の数がさらに上西さんのが多い気がします。新しいことが分かったらこちらに書き込んでくださいね。帰ってきたらまた一声かけてください。 -- くにを 2010-01-15 (金) 14:03:05
- 何のアナウンスも無いですが、CCP4-6.1.3 が出ているんですよ。まだオフィシャルになってないのかなぁ。ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/mirror/ccp4/6.1.3/ -- た 2010-01-23 (土) 23:29:32
- 6.1.2の時もそうでしたが、まだ収録予定プログラムで揃ってないものがあるのかもしれません。しかしバージョンアップのサイクルが早いなぁ・・・ -- どぶお 2010-01-24 (日) 10:15:40
- ここ，誰でも書いていいのかな? 誰か x86_64 か i386 用の phenix-1.3-final のパッケージを持っていないでしょうか．都合でOASIS4.0をやりたいのですが，Fanさんに訊いたら新しい phenix.resolveではうまく行かないそうです．確かに 1.5-2や1.6でやってみると結果が違います．ちょっとOASIS用に古いphenixが欲しいとは，PHENIXのみなさんにはメールを書きにくい．．．でも書くかなな．．．google検索で1.3-finalをやったら，ここが出て来た． -- 渡邉 2010-02-14 (日) 22:07:14
- こんにちは。私の解析PCのディスクの古いアーカイブを見てたら1.24.1bと1.3-finalが眠ってました。どうやって渡しましょう？ -- どぶお 2010-02-15 (月) 09:55:29
- ありがとう．なんとなく気進まなかったのですが昨日 Prof. Adams にメールを書きました．古いのももらえるそうです．いや，ツールの類いは更新してもしばらくは置いておくものですねえ．SHELXC/Dも2005年版と2006年版(現行)で2005年版の方が良さそうな時もあります． -- 渡邉 2010-02-16 (火) 09:43:58
- CCP4ダウンロードページに6.1.3リリースって書いてありますね。公式リリースなのかな？ -- どぶお 2010-02-18 (木) 13:43:13
- 初投稿です。vine5でintel compilerが入りません。libstdc++.so.5がないせいですが、apt-getでlibstdc++3-develいれてもrpmとってきてもだめです。何か解決法ご存知ですか？ -- かど 2010-03-04 (木) 16:53:35
- Vine5.1で検証したところlibstdc++.so.5がないと「アクティベーション・モジュールに問題があります」と出ますね。rootになってldconfig -v | grep libstdcとしたときにlibstdc++.so.5は出てきますか？ なお、RPMパッケージのlibstdc++3とlibstdc++34は別のものなので両方インストールしておく必要があります -- どぶお 2010-03-05 (金) 10:43:04
- アドバイスありがとうございます。ldconfigはlibstdc++.so.5 -> libstdc++.so.5.0.7、libstdcは両方最新版でした。libstdc++,libstdc++5,glibc,libgccが見つかりません。rpmで入れなおしたほうがよいでしょうか？ -- かど 2010-03-08 (月) 12:19:40
- glibc, libgccが見つからない状態っていうのは考えにくいのですが、インストーラ起動時にエラーメッセージはどんな風に出ますか？ rootでldconfigをオプションなしで実行して試してみて下さい。 -- どぶお 2010-03-08 (月) 14:03:54
- 初めて投稿させていただきます。ccp4‐6.1.3で、ccp4i右下のpreferences > Default viewers > Set the default PDB viewers to の箇所でPyMOLが選択できるようになっているのですが、Pymolをccp4iから呼び出すにはどうすればよいのでしょうか？どなたかご存知ではないでしょうか。 -- maiyo 2010-03-08 (月) 18:55:15
- どうもありがとうございました。解決しました。 -- maiyo 2010-03-09 (火) 10:56:57
- 遅レスすいません。エラーメッセージはステップ4で「32 ビット・ライブラリーが見つかりません」で、前レスの4つ(libstdc++ほか)が見つかりません、と出ます。ldconfigは何も表示されませんでした。apt-cache showpkg libstdc++3を試すと、DependenciesやProvidesはすべて64bitでした。 -- かど 2010-03-10 (水) 13:46:10
- ひょっとして64bitと32bitが混在してませんか？ 64bitを使ったことがないのであまり詳しいことはわかりませんが、もし64bit環境にしているようならIntel Compilerも64bit版(32/64bit版でも)を使ってますよね？ uname -mpi とするとどう出力されるでしょうか？ -- どぶお 2010-03-10 (水) 14:51:01
- Intel CompilerはIA32/Intel64です。Intel64版でもIA32版でも同様のエラーでした。uname -mpiはx86_64 x86_64 x86_64と表示されました。 -- かど 2010-03-11 (木) 10:44:34
- 64ビットではいろいろライブラリが必要なようですが、Debianパッケージしか見あたらないですね・・・ -- どぶお 2010-03-12 (金) 10:59:53
- ldconfig -p | grep libstdcではlibstdc++.so.6 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libstdc++.so.6 libstdc++.so.6 (libc6) => /usr/lib/libstdc++.so.6 libstdc++.so.5 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libstdc++.so.5 libstdc++.so.5 (libc6) => /usr/lib/libstdc++.so.5と両方の依存関係があるのに見つけてくれません。ハマリそうなので32bitOSの再インストールですかね。。いろいろありがとうございました！ -- かど 2010-03-15 (月) 11:52:27
- i386とx86_64の両方の依存関係解決もできるんですね。libstdc++はたくさんのライブラリが依存してそうなので難しそうですね・・・お役に立てなくて申し訳ありません。m(__)m -- どぶお 2010-03-15 (月) 19:21:56
- 32bitライブラリがないというより、コンパイラが64bitだけ見つけて諦めてしまう感じがします。OS入れなおしてBiokidsの通りにやったら、あっさりマルチスレッドのCNSがはいりました。丁寧なご対応、ありがとうございました。 -- かど 2010-03-15 (月) 19:36:44
- いまさらながら64bit版Intel Compilerのインストールを確認しました。compat32-libstdc++3が必要だったみたいです。ただし、インストーラでは同じステップ4で引っかかったのでrpmで直接インストールしました。将来のために後ほどメモしておきます -- どぶお 2010-03-16 (火) 11:49:01
- そうだったんですか！apt-getではためしてだめだったのですが、rpmでいけるのですね。難しい。。 -- かど 2010-03-16 (火) 14:19:56
- あと、Vine5.1でMolscript2.1.2をインストールするため、XOrg-gl-develを入れようとすると「パッケージ XOrg-gl-devel はデータベースには存在しますが、利用可能なバージョン が存在しません。」といわれます。libXmu-develとlibXext-develを入れることでインストールできました。 -- かど 2010-03-16 (火) 14:24:36
- vine5.1でRaster3Dをtar.gzからインストールしました。gcc-g77がgcc3-g77になっていたので、make linux-gfortranでMakefile.inclを作り、MakefileとMakefile.inclの-Wtabスイッチを削除するとインストールできました。srpmのリビルドもg77のエラーで止まってしまうので、このようにしました。 -- かど 2010-03-19 (金) 10:40:06
- 情報ありがとうございます。寄せられた情報を基にspecファイルおよびパッチを作成し、Raster3D/インストールのページを更新しました。 -- どぶお 2010-03-23 (火) 13:54:04
- 初めて投稿させていただきます。RAVEのインストールをホームページのとおり行いました。MAPMANを使いたいのですが、その後の手順がわかりません。どなたかご存じでしょうか。 -- beginner 2010-04-07 (水) 13:57:59
- その後の手順というのが何を指すのかがわかりませんが、マップの変換なら構造解析クックブック/02 ファイルフォーマットを参考にしてみて下さい -- どぶお 2010-04-08 (木) 17:00:16
- RAVEのインストールをホームページのとおり行いました。MAPMANを使いたいのですが、<あとは必要に応じてパスを通すなりリンクを張るなりしましょう。>がわかりません。詳しい手順を教えてください。 -- beginner 2010-04-15 (木) 13:09:20
- RAVE/インストールのページを更新しました。パスを通すところとリンクを張る部分を追加しました
![[smile]](image/face/smile.png)
-- どぶお 2010-04-16 (金) 10:03:05
- RAVE/インストールのページを更新しました。パスを通すところとリンクを張る部分を追加しました
- ありがとうございました。問題が解決しうまく起動できました。 -- beginner 2010-04-19 (月) 08:49:16
- 初めまして。初心者、50の手習いです。解析プログラムの情報収集中で参考にさせていただいています。プログラムの名前、皆さん会話の中ではどのような「読み」をなさっておられるのでしょうか？例えば、MOSFLMは「モスフルム」？「モスエフエルエム」？素直に「エムオーエスエフエルエム」？ふりがなを振っていただけるととてもありがたいです。 -- K 2010-08-24 (火) 11:30:46
- うーん、英語名はともかく頭文字のプログラム名は案外人によって違うかも知れません。私はMOSFLMは「もすふぃるむ」と読んでますが、「もすふるむ」と読んでいる人もいると思います。どっちがメジャーかはわかりませんが
![[huh]](image/face/huh.png)
-- どぶお 2010-08-24 (火) 15:57:32 - 早速にご回答ありがとうございます。特にコンセンサスはないのですか。だからどのホームページを見ても「読み方」が書かれていないのですね。ベテランの方たちはそれでも「あぁ、あれのことね・・・」てなかんじでわかり合えてしまうのでしょうね。初心者はちょっと悩んじゃいます（本質ではないのに）。全然学術的・技術的でないことでお手数をおかけし、申し訳ありませんでした。 -- K 2010-08-25 (水) 09:27:57
- 会話の中だと、ん？って聞き返してあーあれってそう読むんですかー、っていうこともよくあります 。質問は内容にこだわらずお気楽にどうぞ！ -- どぶお 2010-08-26 (木) 10:41:13
- うーん、英語名はともかく頭文字のプログラム名は案外人によって違うかも知れません。私はMOSFLMは「もすふぃるむ」と読んでますが、「もすふるむ」と読んでいる人もいると思います。どっちがメジャーかはわかりませんが
- 旅先で、壊れたバックアップ用にPyMOLを探していたら、Regacy PyMOLのダウンロードサイトに行きつきました。http://sourceforge.net/projects/pymol/です。PyMOLもオリジナルの開発者、Dr. DeLenoが突然亡くなってからたいへんだったように思う。 -- hamamatsunohito 2010-12-08 (水) 07:25:33
- 情報ありがとうございます。Win環境の人は結構助かるかも(^^)。PyMOL/インストールを更新しました。 -- どぶお 2010-12-09 (木) 08:34:39
- MacOS10.6 で、ccp4 6.1.13にarpwarp7.1のインストールで ccp4-6.1.13/share/ccp4i/etc/UNIX/modules.defをテキストエディットで開いて、 TASK_MODULE,206 programlist という行をTASK_MODULE,205の下に書き込まないとccp4iのGUIで正常にインストールされない。 http://www.ccp4.ac.uk/problems.php#ccp4-6.1.3 3日悩んだ。 -- とも 2011-01-10 (月) 07:20:31
- Twinの簡単な同定法？Refmacのtwinリファイメントする。ログに赤文字でtwin possibleと出てRが下がる。そして、ヂゴクが始まった。皆様、twinの解消法ご存知ないでしょうか？ -- とも 2011-02-26 (土) 16:16:35
- iMoslfm（Win版）インストールして、設定何もイジらないでいきなりA200のイメージ読ませてみたらちゃんと処理できた。すげぇ。 -- 河本 2011-03-08 (火) 23:52:39
- 情報ありがとうございます(^^)。最近iMosflmいじってないです。ちょっと試してみよかな・・・ -- どぶお 2011-03-09 (水) 00:04:25
- くにを様、遅くなって申し訳ありません。貴重な情報ありがとうございました。試してみようと思います。 -- とも 2011-03-19 (土) 12:59:03
- PDBEditor、PDBファイルのちょっとした編集に便利。Javaちゃんで動きます。 http://www.bioinformatics.org/pdbeditor/wiki/ -- とも 2011-03-19 (土) 13:10:01
- Anomalous Scattering Coefficientsのページ。MADの時とか、ちょっと調べるのに使える？ http://skuld.bmsc.washington.edu/scatter/AS_form.html -- とも 2011-03-19 (土) 14:41:23
- ありがとうございます(^^)。便利アプリ、どこかにまとめたいところ -- とぶお 2011-03-20 (日) 22:57:50
- 現在のJPXTALの管理者は松垣さんのようです。山田さんに確認しました。 -- くた 2011-07-14 (木) 12:14:05
- 確認ありがとうございます。変更しておきました -- どぶお 2011-07-14 (木) 16:29:36
- 確認ありがとうございます。変更しておきました
- JPXTALの件、確認したところやはり五十嵐さんとのことでした。ごめんなさい。 -- くた 2011-07-19 (火) 09:41:56
- わざわざありがとうございます。修正しておきました -- どぶお 2011-07-19 (火) 13:21:27
- わざわざありがとうございます。修正しておきました
- いつもお世話になっています。pymolのisomeshのところスペルミスです。carveがcurveになってます。修正お願いします。 -- M 2011-09-15 (木) 09:28:38
- ありがとうございます。ずっと気付きませんでした。修正しました -- どぶお 2011-09-15 (木) 11:31:11
- ありがとうございます。ずっと気付きませんでした。修正しました
- どなたか、BnPをmacにインストールする方法ご存じないですか？ OSは10.6です。 -- とも 2011-10-27 (木) 19:18:28
- どなたか、BnPをmacにインストールする方法ご存じないですか？ OSは10.6です。 -- とも 2011-10-27 (木) 20:04:12
- はじめまして、こちらの記事を参考にwindows版のPyMOL1.5.0.1をインストールしてみました。それでhttp://www.youtube.com/watch?v=tuAo_8-_HIcを再現しようと思ったのですが、volumeがうまく動作していないようです。皆さんの環境では正常に動くのでしょうか（当方、windows XPです）? 原因の心当たりがありましたらお願いします。 -- sato 2012-02-17 (金) 09:31:55
- フリー版ではvolumeが使えないと聞いたことがある気がしますが・・・スミマセン正確じゃないです。 -- どぶお 2012-02-24 (金) 17:40:49
- いつも参考にさせていただいております。さて，Ligplotでリガンドが認識されないのですが，やはり.pdbファイルの作成方法に問題があるのでしょうか？残基番号を順に振り直したり，Chain IDを揃えてみたりしてもうまくいきません。何か対処法があればおしえていただけますでしょうか。よろしくお願いします。 -- ダースベーダー２ 2012-05-14 (月) 20:03:35
- 遅くなりました。最近使っていないのであまり自信がないのですが、認識されないとは表示されないということでしょうか？ -- どぶお 2012-05-22 (火) 17:54:41
- MrBUMP、ccp4-6.3.0に入っているverでは、fastaは34, 35, 36のどれでもよいようです。EBIからfasta-36.3.5c-macosのexecutableをダウンロードしてきてbinの中身をゴッソリccp4のbinの中にコピーしたら動きました。 -- sugargroove 2012-11-27 (火) 20:02:16
- いつも参考にさせていただいております。分子置換の後で Refmac で精密化しても電子密度がノイズが多くて、途方にくれております。溶媒平滑化等で状況が好転するかなと思っておりますが、分子置換で solomon を使うのはありでしょうか？ccp4 のdocument ですと MAD,MIR等に使用するというように書いてあったと思うのですが。分子置換で決めた位相の改良に solomon を使っていらっしゃる方いらっしゃいますか？上のふたつ、すいません。途中でリターン押してしまいました。 -- だめお 2012-12-26 (水) 19:38:34
- 回答有難うごいます。みんなのテクニックのページで、テクニックの一つとしてSolomon を使うという記述がありましたので、質問してみました。どぶお様が書かれていたと思いますが。 -- だめお 2012-12-30 (日) 16:29:11
- 確かに書いてますね(汗)、すみません。多分当時試そうと思ったんだと思いますが、結局試してなかったようです。申し訳ないです… -- どぶお 2013-01-04 (金) 23:29:46
- 初めまして。どなたかNCSを調べる方法はご存じないでしょうか。よろしくお願いします。 -- ゆきお 2014-05-12 (月) 16:01:25
- 初めて書き込みます。shelx で twin の分率を決めているパラメータの BASF を自分で入力した値で固定して精密化したいのですがそのようなことはできるでしょうか。ご存知の方おられましたらアドバイスをお願いします。 -- しげ 2014-05-19 (月) 11:47:41
- Gitクックブックのページで「# ln -s DigiCertHighAssuranceEVCA-1.pem `openssl x509 -hash -noout -in DighCertHighAssuranceEVCA-1.pem`.0」のところ誤字がありましたよー、正しくはDigiかと -- 通りすがり 2014-07-03 (木) 00:03:27
- ご指摘ありがとうございます。修正しました！ -- どぶお 2014-07-03 (木) 18:26:30
- 初めて投稿いたします：WinGX (PLATON)で二面角が理論値とどのくらいずれているか計算する方法を教えていただけますか。 -- Acta大好き 2022-07-22 (金) 15:47:00
![[worried]](image/face/worried.png)
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