お試し下さい(^^)。]]>Twitterはじめてみましたhttp://biokids.org/blog/log/eid48.html2010-01-25T11:58:48+09:002010-01-25T02:58:48Z以前から少し気になってたのですが、ようやくTwitterを始めてみました。アカウントは少し前に作成してたのですが、職場からアクセスするとゲートウェイで蹴られていたので使ってませんでした。しかし、いつの間に...どぶおお知らせ
アカウントは少し前に作成してたのですが、職場からアクセスするとゲートウェイで蹴られていたので使ってませんでした。しかし、いつの間にやら繋がるようになったので始めてみようかなーと。アカウントはdobuoですので気が向いたらフォローしてください(^^)。
まだまだ使い道などがよくわからないのでよちよち歩きですが、構造解析プログラム情報などを中心につぶやいてみようと思います。ついでに日本語でのタンパク質結晶解析のつぶやきはハッシュタグ#jpxtalを付けてみる予定。ついったーで日本語タンパク質結晶構造解析コミュニティが広がれば面白いですね！]]>CCP4 Study Weekend Live!!http://biokids.org/blog/log/eid47.html2010-01-06T20:02:13+09:002010-01-06T11:02:13ZCCP4BBによるとCCP4 Study Weekendをストリーム映像で配信するそうです。ライブなので時差があると眠いかもzzz。セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。http://extrplay.dl.ac.uk/興...どぶお構造解析
ライブなので時差があると眠いかもzzz。
セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。
]]>ARP/wARP 7.1http://biokids.org/blog/log/eid45.html2009-12-25T09:13:10+09:002009-12-25T00:13:10ZARP/wARP 7.1がリリースされたようです。主なCCP4BBによると変更点は以下の通り。 A prototype of the molecular graphics ARP/wARP front-end, allowing the display of molecules and electron densities. A ...どぶお構造解析 > プログラム
A prototype of the molecular graphics ARP/wARP front-end, allowing the display of molecules and electron densities.
A prototype version of the new module for building poly-nucleotides (DNA or RNA).
Improved and faster protein chain tracing with higher performance at lower resolution.
The loop building as well as helix/strand building are now also inherent parts of protein model building, resulting in enhanced model completeness.
Refinement procedures during automated model building have been enhanced in the new versions of our preferred refinement engine, REFMAC, notably including the implementation of 'conditional restraints'.
Direct use of experimental single-wavelength anomalous diffraction data (SAD) during model building is now also possible.
Improved performance of automated ligand building.
Supported computer platforms are Mac powerpc, Mac Intel and Linux (including 32 and 64-bit versions and itanium).
]]>SheevaPlugであそぶhttp://biokids.org/blog/log/eid44.html2009-12-15T00:02:54+09:002009-12-14T15:02:54Z最近話題のGlobalScale社SheevaPlugを買ってみました。11/16に注文して12/9発送だったのでちょうど3週間かかりました(サイトには"Orders for this product will be delivered 2-3 weeks from the date of order."...どぶおPC環境
Development Kitの割には箱もなかなかいい感じで、普通に売ってそうな状態です(^^)。付属品はデバッグポート用USBケーブル(mini-B)、LANケーブル、電源ケーブル、ユーティリティCD、保証書です。紙のドキュメントがないところがDevKitっぽい。
写真は内容物を並べてみた物です。右のハードディスクは大きさ比較のため並べてみた2.5インチUSBハードディスク。
とりあえず、U-Bootとカーネルをアップデートしたところです。まだパワーは未知数ですがCPUが1.2GHzなのでいろいろ遊べるかも。浮動小数点演算ユニットがないらしいので計算は遅いと思いますが、恒例のCNSベンチぐらいしてみたいところです(^^;。
何かあればWikiにまとめるかも。役に立つ内容ではないと思いますが・・・]]>Coot 0.6 RELEASE!!http://biokids.org/blog/log/eid43.html2009-12-08T11:26:06+09:002009-12-08T02:26:06Z長らく0.6pre1だったCootですが、0.5.2からほぼ一年経ちようやく0.6がリリースされたようです。インストール方法は以前と変わらず、Vine 5.0にはCentOS4用のバイナリが使用可能でした。新機能は以下のようです。 ...どぶお構造解析 > プログラム
インストール方法は以前と変わらず、Vine 5.0にはCentOS4用のバイナリが使用可能でした。新機能は以下のようです。
User-defined clicks
SHELXL interfaces allows the user to modify the input before running the SHELXL executable
Now compatible with Zalman M220W (註：ウワサの立体視液晶画面)
Post-manipulation function hook added
"Sphere" (residue selection) refinement
function to (re-)calculate probe dots around a give point
monomer and residue selection dipoles
Interactive map sharpening
LINK bonds are are now represented
"Backrub rotamers" at low (2.7 or worse) resolution
Baton build parameters (e.g. "backwards") now have a GUI
Move waters to surround protein
rotate/translate zone by residue ranges
Rigid-body fit by residue ranges
Multi-select on reading coordinates is enabled
Immediate access to coordinates from CIF dictionaries that contain coordinates (no need for LIBCHECK in such cases)
