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Archive[2008/10]
ラマチャンドランプロット
先日、職場の先輩から「PROCHECKとは違う最近のラマチャンドランプロットを描くプログラムを知らないか」というような内容の質問を受けました。ラマチャンドランプロットって理論で一意に決まると思ってたのでびっくり。
何でも、知り合いが構造の論文を出したところ、PROCHECKは古いから別のプログラムを使えと言われたそうな。それが先日紹介したMolProbityなんですが、これがまたよくわからない。
Google先生に聞いて検索してジャンプして開いたページはMolProbityポータルで、適当にPDB IDを入れれば使えるのですが、さすがに新規構造をサーバにアップするのはめんどくさい。そういえば、最近はWebサービスの形態で提供されているプログラムが多いですが、新規構造をアップするのってどうなんでしょう？ 情報流出とかちょっと気になる・・・サービス提供側もその辺は考えてるんでしょうけど。
それはともかく、もう少しお気軽に使えるプログラムがないかと思っていたら、たまたまCCP4のダウンロードページを見た時にRAMPAGEってのに気づきました。そのときはPhaserのバージョンアップをするつもりだったので気にせずインストールして、RAMPAGEって何かなぁ・・・ぐらいに思っただけだったのですが(一応インストールはしてました)、CCP4iのStructure validationを見たらPROCHECHK、SFCHECKの他にRAMPAGEのチェックボックスが。早速使ってみるとこれぞ求めていた新型ラマチャンドランプロットだったのでした。
ま、そんなこんなで新型ラマチャンドランプロット。もはや無視できない存在みたいですが、よー知らんので詳しいことは論文を引いて下され・・・
何でも、知り合いが構造の論文を出したところ、PROCHECKは古いから別のプログラムを使えと言われたそうな。それが先日紹介したMolProbityなんですが、これがまたよくわからない。
Google先生に聞いて検索してジャンプして開いたページはMolProbityポータルで、適当にPDB IDを入れれば使えるのですが、さすがに新規構造をサーバにアップするのはめんどくさい。そういえば、最近はWebサービスの形態で提供されているプログラムが多いですが、新規構造をアップするのってどうなんでしょう？ 情報流出とかちょっと気になる・・・サービス提供側もその辺は考えてるんでしょうけど。
それはともかく、もう少しお気軽に使えるプログラムがないかと思っていたら、たまたまCCP4のダウンロードページを見た時にRAMPAGEってのに気づきました。そのときはPhaserのバージョンアップをするつもりだったので気にせずインストールして、RAMPAGEって何かなぁ・・・ぐらいに思っただけだったのですが(一応インストールはしてました)、CCP4iのStructure validationを見たらPROCHECHK、SFCHECKの他にRAMPAGEのチェックボックスが。早速使ってみるとこれぞ求めていた新型ラマチャンドランプロットだったのでした。
ま、そんなこんなで新型ラマチャンドランプロット。もはや無視できない存在みたいですが、よー知らんので詳しいことは論文を引いて下され・・・
OpenMP版CNS
- 2008.10.24 Friday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
すでにCNS/インストールにまとめてありますが、OpenMP版CNS 1.21を試してみました。
OpenMPとは並列コンピューティング環境を利用するための標準化された基盤らしいのですが、もちろんIntel Compilerでも使用することができます。ただ、コンパイル時にOpenMPオプションを付けないとOpenMPタグが有効にならないようなので、そのままでは効果は得られません。
その他、使用時に重要だと思われるのはスタックサイズ(まあ、プログラム実行時に必要なメモリ領域だと考えて下さい)の設定。この設定が小さいままだとSegmentation faultまたはエラーでの停止を引き起こすようです。私は4コアの時は32MBにしてますが、果たしてそれが正しいかもよくわかりません・・・
まあ、とりあえず速く動いているからよしとしています(^^;。
OpenMPとは並列コンピューティング環境を利用するための標準化された基盤らしいのですが、もちろんIntel Compilerでも使用することができます。ただ、コンパイル時にOpenMPオプションを付けないとOpenMPタグが有効にならないようなので、そのままでは効果は得られません。
その他、使用時に重要だと思われるのはスタックサイズ(まあ、プログラム実行時に必要なメモリ領域だと考えて下さい)の設定。この設定が小さいままだとSegmentation faultまたはエラーでの停止を引き起こすようです。私は4コアの時は32MBにしてますが、果たしてそれが正しいかもよくわかりません・・・
まあ、とりあえず速く動いているからよしとしています(^^;。
結晶格子軸の長さとオーバーラップ
みなさん、こんにちわ。
タンパク結晶ビームラインを運転する側として実際の放射光ユーザさんに聞いてみたいことがあります。
結晶格子が長すぎてCCD検出器上のスポット間隔が詰まりすぎ、データにならなかった/データにするのに苦労した、と言う方がいらっしゃいますか。
ビームラインのスタディで準備する結晶はサーモライシンなどの標準試料であるため、実際に200Åを越える格子を持つ結晶などでスタディをしておりません。
という理由で、ユーザの皆様の「本当に困った！」をはっきりと認識できていないのではないかと心配しております。
例えば、高感度X線CCD検出器などを導入しても、検出面積などが足りないなどの場合、施設側としてどのように対応をするか、ということについてユーザさんを交えて議論をしたいと考え、記事を書かせていただきました。
過去の経験、現在の状況など、可能でしたらご意見寄せていただければと思います。
タンパク結晶ビームラインを運転する側として実際の放射光ユーザさんに聞いてみたいことがあります。
結晶格子が長すぎてCCD検出器上のスポット間隔が詰まりすぎ、データにならなかった/データにするのに苦労した、と言う方がいらっしゃいますか。
ビームラインのスタディで準備する結晶はサーモライシンなどの標準試料であるため、実際に200Åを越える格子を持つ結晶などでスタディをしておりません。
という理由で、ユーザの皆様の「本当に困った！」をはっきりと認識できていないのではないかと心配しております。
例えば、高感度X線CCD検出器などを導入しても、検出面積などが足りないなどの場合、施設側としてどのように対応をするか、ということについてユーザさんを交えて議論をしたいと考え、記事を書かせていただきました。
過去の経験、現在の状況など、可能でしたらご意見寄せていただければと思います。
MOLREP 10.2
- 2008.10.22 Wednesday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
最近、分子置換をしていたのですが、MOLREPについて調べてみると新しいバージョンがあることに気がつきました。REFMACもこまめにバージョンアップしてますし、CCP4に収録されているプログラムって各自で結構進化してるんですね。
CCP4 6.0.2のパッケージではバージョン9.2ですが本家にあるプログラムのバージョン10.2になってます。INSTALLATIONの説明を読むと「自動メモリ割り当てを使うことでバージョン9に比べて動作速度が約2倍になった」と書いてあります。バージョン10はFortran 90で書かれているようなのでFORTRAN 77との違いによるのだと思います。
ソースからビルドする方法をWikiにまとめましたが、実際に使ってみたところ20分ほどかかっていた計算が7分ぐらいになったので確かに効果はあるようです。興味のある方は試してみてはいかがでしょうか？
CCP4 6.0.2のパッケージではバージョン9.2ですが本家にあるプログラムのバージョン10.2になってます。INSTALLATIONの説明を読むと「自動メモリ割り当てを使うことでバージョン9に比べて動作速度が約2倍になった」と書いてあります。バージョン10はFortran 90で書かれているようなのでFORTRAN 77との違いによるのだと思います。
ソースからビルドする方法をWikiにまとめましたが、実際に使ってみたところ20分ほどかかっていた計算が7分ぐらいになったので確かに効果はあるようです。興味のある方は試してみてはいかがでしょうか？
BioKidsブログ
BioKidsシステム管理人のどぶおです。
BioKidsをまとめていて、プログラムの本家サイトなどを調べている際に、「おー、こんな情報がでてる〜」など気づくことがありますが、Wiki形式では記事にしにくいのでブログを開いてみようと思います。
もとから飽きっぽい性格なのでどれだけ続くかはわかりませんがまあやってみようと思います。
また、導入したブログツールに慣れていませんのでちょこちょこいじっていきます。とりあえずはWikiと連携できるようなプラグインを作成しなければ・・・
Wikiともどもよろしくお願いします。
BioKidsをまとめていて、プログラムの本家サイトなどを調べている際に、「おー、こんな情報がでてる〜」など気づくことがありますが、Wiki形式では記事にしにくいのでブログを開いてみようと思います。
もとから飽きっぽい性格なのでどれだけ続くかはわかりませんがまあやってみようと思います。
また、導入したブログツールに慣れていませんのでちょこちょこいじっていきます。とりあえずはWikiと連携できるようなプラグインを作成しなければ・・・
Wikiともどもよろしくお願いします。
過去の情報
あまり役に立たない過去の「新着情報」を一応記録として残しておきます。
■ 2008-03-09 -- プラグインでいろいろ豪勢に
トップページで使えるようなプラグインを作って結構派手な作りになってきました。プラグインを作って組み合わせれば簡単に作れますね。
■ 2008-03-10 -- BioKids.org構築
クニオプロジェクトフレームワークの作成ってことで。どんなんがいいかな？
■ 2008-03-27 -- BioKids構築開始
無事にBioKids.orgのドメインを取得しました。今後はこのドメインで作成していきたいと思います。
レイアウトをちょっとだけ整理中。
■ 2008-04-09 -- インストールメモを大量に作成
以前書きためていたインストールメモの大部分を作成しました。なんかすごい(^^)v。
■ 2008-06-03 -- BioKids公開
ということで、ようやくこのサイトを一般公開します。現状では編集に制限をかけていますが、今後環境を整えていく予定です。よろしくお願いします。
■ 2008-06-05 -- はっぴ〜☆Scripting!ページを作成
ちょっとしたスクリプトを紹介する「はっぴ〜☆Scripting!」のページを作成しました。効率よく作業を行いたい方はどうぞ！！
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