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Archive[2008/10/22]
MOLREP 10.2
- 2008.10.22 Wednesday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
最近、分子置換をしていたのですが、MOLREPについて調べてみると新しいバージョンがあることに気がつきました。REFMACもこまめにバージョンアップしてますし、CCP4に収録されているプログラムって各自で結構進化してるんですね。
CCP4 6.0.2のパッケージではバージョン9.2ですが本家にあるプログラムのバージョン10.2になってます。INSTALLATIONの説明を読むと「自動メモリ割り当てを使うことでバージョン9に比べて動作速度が約2倍になった」と書いてあります。バージョン10はFortran 90で書かれているようなのでFORTRAN 77との違いによるのだと思います。
ソースからビルドする方法をWikiにまとめましたが、実際に使ってみたところ20分ほどかかっていた計算が7分ぐらいになったので確かに効果はあるようです。興味のある方は試してみてはいかがでしょうか？
CCP4 6.0.2のパッケージではバージョン9.2ですが本家にあるプログラムのバージョン10.2になってます。INSTALLATIONの説明を読むと「自動メモリ割り当てを使うことでバージョン9に比べて動作速度が約2倍になった」と書いてあります。バージョン10はFortran 90で書かれているようなのでFORTRAN 77との違いによるのだと思います。
ソースからビルドする方法をWikiにまとめましたが、実際に使ってみたところ20分ほどかかっていた計算が7分ぐらいになったので確かに効果はあるようです。興味のある方は試してみてはいかがでしょうか？
BioKidsブログ
BioKidsシステム管理人のどぶおです。
BioKidsをまとめていて、プログラムの本家サイトなどを調べている際に、「おー、こんな情報がでてる〜」など気づくことがありますが、Wiki形式では記事にしにくいのでブログを開いてみようと思います。
もとから飽きっぽい性格なのでどれだけ続くかはわかりませんがまあやってみようと思います。
また、導入したブログツールに慣れていませんのでちょこちょこいじっていきます。とりあえずはWikiと連携できるようなプラグインを作成しなければ・・・
Wikiともどもよろしくお願いします。
BioKidsをまとめていて、プログラムの本家サイトなどを調べている際に、「おー、こんな情報がでてる〜」など気づくことがありますが、Wiki形式では記事にしにくいのでブログを開いてみようと思います。
もとから飽きっぽい性格なのでどれだけ続くかはわかりませんがまあやってみようと思います。
また、導入したブログツールに慣れていませんのでちょこちょこいじっていきます。とりあえずはWikiと連携できるようなプラグインを作成しなければ・・・
Wikiともどもよろしくお願いします。
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