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Archive[2008/10/30]
ラマチャンドランプロット
先日、職場の先輩から「PROCHECKとは違う最近のラマチャンドランプロットを描くプログラムを知らないか」というような内容の質問を受けました。ラマチャンドランプロットって理論で一意に決まると思ってたのでびっくり。
何でも、知り合いが構造の論文を出したところ、PROCHECKは古いから別のプログラムを使えと言われたそうな。それが先日紹介したMolProbityなんですが、これがまたよくわからない。
Google先生に聞いて検索してジャンプして開いたページはMolProbityポータルで、適当にPDB IDを入れれば使えるのですが、さすがに新規構造をサーバにアップするのはめんどくさい。そういえば、最近はWebサービスの形態で提供されているプログラムが多いですが、新規構造をアップするのってどうなんでしょう？ 情報流出とかちょっと気になる・・・サービス提供側もその辺は考えてるんでしょうけど。
それはともかく、もう少しお気軽に使えるプログラムがないかと思っていたら、たまたまCCP4のダウンロードページを見た時にRAMPAGEってのに気づきました。そのときはPhaserのバージョンアップをするつもりだったので気にせずインストールして、RAMPAGEって何かなぁ・・・ぐらいに思っただけだったのですが(一応インストールはしてました)、CCP4iのStructure validationを見たらPROCHECHK、SFCHECKの他にRAMPAGEのチェックボックスが。早速使ってみるとこれぞ求めていた新型ラマチャンドランプロットだったのでした。
ま、そんなこんなで新型ラマチャンドランプロット。もはや無視できない存在みたいですが、よー知らんので詳しいことは論文を引いて下され・・・
何でも、知り合いが構造の論文を出したところ、PROCHECKは古いから別のプログラムを使えと言われたそうな。それが先日紹介したMolProbityなんですが、これがまたよくわからない。
Google先生に聞いて検索してジャンプして開いたページはMolProbityポータルで、適当にPDB IDを入れれば使えるのですが、さすがに新規構造をサーバにアップするのはめんどくさい。そういえば、最近はWebサービスの形態で提供されているプログラムが多いですが、新規構造をアップするのってどうなんでしょう？ 情報流出とかちょっと気になる・・・サービス提供側もその辺は考えてるんでしょうけど。
それはともかく、もう少しお気軽に使えるプログラムがないかと思っていたら、たまたまCCP4のダウンロードページを見た時にRAMPAGEってのに気づきました。そのときはPhaserのバージョンアップをするつもりだったので気にせずインストールして、RAMPAGEって何かなぁ・・・ぐらいに思っただけだったのですが(一応インストールはしてました)、CCP4iのStructure validationを見たらPROCHECHK、SFCHECKの他にRAMPAGEのチェックボックスが。早速使ってみるとこれぞ求めていた新型ラマチャンドランプロットだったのでした。
ま、そんなこんなで新型ラマチャンドランプロット。もはや無視できない存在みたいですが、よー知らんので詳しいことは論文を引いて下され・・・
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