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Archive[2009/02]
CCP4 6.1.1
- 2009.02.27 Friday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
気がつけば23日にCCP4 6.1.1がリリースされているようですね。(http://www.ccp4.ac.uk/)
相変わらずのダウンロードサイズ1Gbytes。ダウンロード予測時間が1時間ってことで現在ダウンロードしています。
ドキュメントによると今回の変更点は
原文 -- http://www.ccp4.ac.uk/html/CHANGESinV6_1.html
インストールなどで変更点があればまたWikiのほうにまとめようと思います。
相変わらずのダウンロードサイズ1Gbytes。ダウンロード予測時間が1時間ってことで現在ダウンロードしています。
ドキュメントによると今回の変更点は
- ビルド
- Intel Compiler 11 -- ほぼサポート(mostlyって何だ・・・)
- プログラム変更
- PDB_EXTRACT -- 3.004
- REFMAC5 -- 5.5.0071
- POINTLESS -- 1.3.1
- MMDB -- 1.19
- Monomer dictionariesのアップデート
- REFMAC55 -- SAD精密化のよりよい統合環境
- BP3 -- インタフェース追加
原文 -- http://www.ccp4.ac.uk/html/CHANGESinV6_1.html
インストールなどで変更点があればまたWikiのほうにまとめようと思います。
Core i7を試す
隣のチームにIntel Core i7のサーバ(Core i7 940 2.93GHz + DX58SOマザー)が入ったので少々遊ばせてもらってます。
今回のインストールディストリビューションはCentOS 5.2(i386)です。64ビットにしなかったのは古い解析プログラムなどを動作させるのに苦労するのを避けたかったからです(^^;。
Wikiにも書きましたが、ネットワーク以外はすんなりとインストールできました。そんなわけで早速CNSで簡単なベンチマークをしてみましたが、Core2 Quad 2.4GHzよりも30%程度速度が向上し、Pentium Dual-Core 1.8GHzよりも50%程度速度が向上したようです。
まあ、本体の価格も20-25万円程度なのでバリバリ解析用PCとしてはほどよいのではないかと思いました。
今回のインストールディストリビューションはCentOS 5.2(i386)です。64ビットにしなかったのは古い解析プログラムなどを動作させるのに苦労するのを避けたかったからです(^^;。
Wikiにも書きましたが、ネットワーク以外はすんなりとインストールできました。そんなわけで早速CNSで簡単なベンチマークをしてみましたが、Core2 Quad 2.4GHzよりも30%程度速度が向上し、Pentium Dual-Core 1.8GHzよりも50%程度速度が向上したようです。
まあ、本体の価格も20-25万円程度なのでバリバリ解析用PCとしてはほどよいのではないかと思いました。
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