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Archive[2009/07]
RasMol 2.7.5
- 2009.07.27 Monday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
最近では使ってる人をあまり見かけなくなりましたがRasMol 2.7.5がリリースされたとCCP4BBに流れました。
2.7.4.2が2.7.4シリーズでは最終リリースらしいです。なお、CCP4 6.1.1に含まれているのは2.7.2.1です。
2.7.5での変更点は以下の通りです。
久しぶりに試してみようかな？
2.7.4.2が2.7.4シリーズでは最終リリースらしいです。なお、CCP4 6.1.1に含まれているのは2.7.2.1です。
2.7.5での変更点は以下の通りです。
- SBEVSLムービーコマンドのサポート
- Le-Richards surface approximationってのがpseudo-Gaussian電子密度で作成できるようになった？
- 原子の選択がマップ近傍で行えるようになった
- マップの色分けを近くの原子によって行えるようになった
- GTK版の大幅な性能向上
久しぶりに試してみようかな？
告知スペース
おかげさまでBioKidsもそれなりにアクセス数が増えてきましたので、告知スペースを作ってみようと画策中。告知スペースといっても有料で掲載するわけではなく、ただ単にこんな情報あるからよろしくー、というようなノリです(たまにJPXTALに流れるような情報を掲載できるといいですね)。
自由に編集ができると管理が大変なので、送信フォームか何かで管理者に連絡してもらい、それを掲載しようかと考えています。現段階での基本姿勢は、
情報へのリンク、とは告知したい情報が掲載されているWebページへのリンクという意味で、細かい解説等の掲載ではないということです。つまり、告知タイトル、一行程度の説明、担当者(最低限、所属)を載せようかと思っています。情報へのリンクということなので公式に公開された情報であることが条件です。また、とりあえずは営利、非営利を問わずに載せようと思ってますが、これは例えば新しい便利なキットや有用な講習会などは広く通知された方が構造生物界にとってプラスであると考えるためです。
とりあえずは様子を見ながら徐々に始めると思いますのでご意見よろしくお願いします。あまり需要がなさそうなら無理には続けません(^^;。
もしすでに構造生物業界用のそういうサイトをご存じの方がいれば教えて下さい。すでにあるなら用意する必要もないですし・・・
自由に編集ができると管理が大変なので、送信フォームか何かで管理者に連絡してもらい、それを掲載しようかと考えています。現段階での基本姿勢は、
- 情報へのリンク
- 公式公開情報であること(公開されているホームページが存在すること)
- 営利、非営利問わず(掲載は管理人判断)
情報へのリンク、とは告知したい情報が掲載されているWebページへのリンクという意味で、細かい解説等の掲載ではないということです。つまり、告知タイトル、一行程度の説明、担当者(最低限、所属)を載せようかと思っています。情報へのリンクということなので公式に公開された情報であることが条件です。また、とりあえずは営利、非営利を問わずに載せようと思ってますが、これは例えば新しい便利なキットや有用な講習会などは広く通知された方が構造生物界にとってプラスであると考えるためです。
とりあえずは様子を見ながら徐々に始めると思いますのでご意見よろしくお願いします。あまり需要がなさそうなら無理には続けません(^^;。
もしすでに構造生物業界用のそういうサイトをご存じの方がいれば教えて下さい。すでにあるなら用意する必要もないですし・・・
Vine 5.0 beta-1
- 2009.07.14 Tuesday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
Project VineよりVine Linuxの最新版に当たる5.0のbeta-1がリリースされましたので、VirtualBox環境にて試してみました(^^)。まあこの期に及んでVineにこだわる必要があるかは議論の余地がありますが・・・
x86版(32bit)のCDイメージでクライアントPCのセットアップでインストール後、構造解析プログラムがインストール可能かを試してみました。
今のところCCP4-6.1.1(Generic x86)およびCoot 0.6pre1-2131(Fedora4,GTK2)をインストールしてみましたがとりあえずは問題なさそうです。なお、Ubuntu版Cootは動作しませんでした。
CCP4
CCP4i起動時にlibstdc++.so.5がないと怒られました。これはCCP4iが使用するPythonプログラムが古いためだと考えられます。この問題を解決するために環境変数PATHの先頭に/usr/binが来るようにして/usr/bin/pythonが使用されるようにしたところ無事に起動しました。なお、CCP4iで使用されるフォントがVine4の時と変わっていました。xorg.confのFontPath設定を行うことで元に戻りました。
Coot
Cootは座標の読み込みとMTZの表示まで確認済みです。ただ、VirtualBoxの3Dアクセラレーションとの相性か、ダイアログボックスの表示でボタンが表示されないなどの不具合が見られました。解決方法は今のところ不明です。
とりあえずVine5はβ版ですので実機でのテストはしないつもりです。今後リリース版に期待です。
x86版(32bit)のCDイメージでクライアントPCのセットアップでインストール後、構造解析プログラムがインストール可能かを試してみました。
今のところCCP4-6.1.1(Generic x86)およびCoot 0.6pre1-2131(Fedora4,GTK2)をインストールしてみましたがとりあえずは問題なさそうです。なお、Ubuntu版Cootは動作しませんでした。
CCP4
CCP4i起動時にlibstdc++.so.5がないと怒られました。これはCCP4iが使用するPythonプログラムが古いためだと考えられます。この問題を解決するために環境変数PATHの先頭に/usr/binが来るようにして/usr/bin/pythonが使用されるようにしたところ無事に起動しました。なお、CCP4iで使用されるフォントがVine4の時と変わっていました。xorg.confのFontPath設定を行うことで元に戻りました。
Coot
Cootは座標の読み込みとMTZの表示まで確認済みです。ただ、VirtualBoxの3Dアクセラレーションとの相性か、ダイアログボックスの表示でボタンが表示されないなどの不具合が見られました。解決方法は今のところ不明です。
とりあえずVine5はβ版ですので実機でのテストはしないつもりです。今後リリース版に期待です。
PyMOLで遊ぼう！
- 2009.07.12 Sunday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
発表用のポスターのお絵かきをするために久しぶりにPyMOLをいじっていたら、水素結合ネットワークの図を描くのに楽がしたくなりました。まあ、40個ほどの結合なので自力で描けないことはないのですが、今後のためにもPyMOLのスクリプトをちょっとかじっておこうとポチポチと調べてみました。とりあえずはLIGPLOTのhhb(水素結合リスト)ファイルを読み込んでdistanceコマンドで線を結ぶというような単純なものですが、結構簡単に作れました。私はまだまだPython初心者なのでしょーもないところで時間をとりましたが、Pythonを使える方なら余裕だと思います。
すでにバリバリ使っている方もいらっしゃるかもしれませんが、世の中には便利なPyMOL用Pythonスクリプトも公開されていますし、ちょっとしたルーチンなら簡単に作れると思います。時間があるときにスクリプティングの基本をPyMOLコーナーで解説したいと思いますのでお楽しみに！
すでにバリバリ使っている方もいらっしゃるかもしれませんが、世の中には便利なPyMOL用Pythonスクリプトも公開されていますし、ちょっとしたルーチンなら簡単に作れると思います。時間があるときにスクリプティングの基本をPyMOLコーナーで解説したいと思いますのでお楽しみに！
Firefox 3.5
Mozilla Firefoxの新版Ver.3.5がリリースされました。
早速ダウンロードして使って見ましたが、3.0よりもサクサク動作するような気がします。何よりも画面描画が速くなっているようです。
その他、Webページの表示などは特に変わってないように見えました。
機会があれば試してみてはどうでしょうか？
早速ダウンロードして使って見ましたが、3.0よりもサクサク動作するような気がします。何よりも画面描画が速くなっているようです。
その他、Webページの表示などは特に変わってないように見えました。
機会があれば試してみてはどうでしょうか？
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