PC環境

課室の人のPC環境が古かったので再セットアップ。例によってVine5.2でセットアップしました(^^;。
自分の書いた記事とはいえ、BioKidsのインストール記録はなかなか役に立つ、と自画自賛。ついでだったので、内容的に古くなったところや不足している部分を補完しました。今回はIntel Compiler 12(Parallel Studio XE 2011)を使ってみましたが特に問題はなさそうでした。
今回は時間の都合で追究できませんでしたが、NumPyで最近のIntel MKL使えるのかな？
インストール等で不足などありましたらご指摘お願いしますね。

最近話題のGlobalScale社SheevaPlugを買ってみました。11/16に注文して12/9発送だったのでちょうど3週間かかりました(サイトには"Orders for this product will be delivered 2-3 weeks from the date of order."って書いてあります)。本体が$99で送料が$43.53の合計$142.53。1ドル=90円としたら12800円ってとこですね。
Development Kitの割には箱もなかなかいい感じで、普通に売ってそうな状態です(^^)。付属品はデバッグポート用USBケーブル(mini-B)、LANケーブル、電源ケーブル、ユーティリティCD、保証書です。紙のドキュメントがないところがDevKitっぽい。

写真は内容物を並べてみた物です。右のハードディスクは大きさ比較のため並べてみた2.5インチUSBハードディスク。
とりあえず、U-Bootとカーネルをアップデートしたところです。まだパワーは未知数ですがCPUが1.2GHzなのでいろいろ遊べるかも。浮動小数点演算ユニットがないらしいので計算は遅いと思いますが、恒例のCNSベンチぐらいしてみたいところです(^^;。
何かあればWikiにまとめるかも。役に立つ内容ではないと思いますが・・・

ちょっとUSBメモリが欲しいなと思って調べたら、今や32GBが1万円を切る値段で買えるんですね。
驚きました・・・
CCP4も巨大化してUSBメモリ上に環境構築など出来ないのかなと思ってましたが、余裕ですね(^^;。いやはや。
いや、それだけなんですが。

自宅用に買ったSSDのIntel X25-Mの性能が驚くべきモノだったので、職場用のWinXP PCにも導入してみました。
職場で使っているPCはE8400なのにディスクアクセスでもたつくことが多かったので、ディスク周りの性能アップを狙いました。結果は予想以上の性能。あと、今まで使っていたHDDの遅さに愕然・・・
参考までにCrystalDiskMark2.2(100MB)の結果を載せておきます。
環境：
CPU: Core2 Duo E8400 3GHz
RAM: 4GB DDR2 800
M/B: Shuttle SG31G2

Intel X25-M 80GB (34nm; 不具合修正済みファーム)
   Sequential Read :  249.582 MB/s
  Sequential Write :   90.564 MB/s
 Random Read 512KB :  186.778 MB/s
Random Write 512KB :   90.710 MB/s
   Random Read 4KB :   22.554 MB/s
  Random Write 4KB :   66.421 MB/s

参考：HGST 160GB HDD
   Sequential Read :   55.444 MB/s
  Sequential Write :   49.352 MB/s
 Random Read 512KB :   21.930 MB/s
Random Write 512KB :   23.060 MB/s
   Random Read 4KB :    0.283 MB/s
  Random Write 4KB :    0.888 MB/s

こんな感じでした。いやー素晴らしい(^^)。
実際、これまでXPが起動してからディスクアクセスが落ち着いて使用可能になるまで2-3分(もっとかも)ぐらいかかっていたのですが、換装してから待ち時間はほとんどなし。Visual Studioの起動も短縮されて、体感速度も大幅アップしました。
いやはや。

gzipよりも圧縮効率が大きく向上した「xz」というフォーマットが正式に使われはじめているようです。
このフォーマットはLZMAという圧縮フォーマットを正式にXZとして公開されたものらしくこのXZフォーマットはtar 1.22からサポートされているようです(Vine 5のtarは1.22なので使えるはず)。
詳しくはこのへん。
そんなわけで、イメージファイルをXZ UtilsのXZコマンド(4.999.9beta)で圧縮してみました。今のところまだβ版なので使用に注意してください(サイトによると4.999.9betaが最終βリリースのようで、まもなく5.0.0をリリースするとのこと)。使い方はgzipと同じです。

 % xz *.img

で圧縮されます。
圧縮テストは以下の環境で行いました。

• SPring-8 MarCCD 225HE オリジナルサイズ18MB(18878464bytes)
• CPU:Core2 Quad Q6600(3GHz;OC)/RAM DDR2 4GB
• Vine Linux 5.0
• XZ Utils 4.999.9beta

圧縮は結構時間がかかり、上記の環境で1枚あたり12-15秒ほどかかりました。4枚圧縮でXZ,BZIP2,GZIPで行った結果は以下の通り。

• XZ: 9.3MB, 8.7MB, 10.1MB, 9.4MB; Ave. 9.4MB
  (圧縮:12.5sec/frame; 展開:1sec/frame)
• BZIP2: 8.5MB, 7.8MB, 9.4MB, 8.6MB; Ave. 8.6MB
  (圧縮:2.5sec/frame; 展開:1sec/frame)
• GZIP: 13.0MB, 12.0MB, 14.3MB, 13.2MB; Ave. 13.1MB
  (圧縮:1.4sec/frame; 展開:0.3sec/frame)

「おぉ、XZって素晴らしい！」って結果になると思ってましたが、BZIP2の方が圧縮率が高い上に圧縮時間も短いですね(^^;。イメージファイルはBZIP2の方が適してるのかなぁ？
これはあくまで私の結果ですので、もっと違う結果になる！というデータがありましたらコメントお寄せ下さい。

以前自宅用に買ったCFDのSSDの性能があまりにあんまりだったので、トウキョウに出たついでにIntel MLC SSD 80GBのX25-M Mainstream SSDSA2MH080G2C1(34nmのほう)を買ってしまいました。ドスパラで25800えん。
家でこれまでのシステム(WinXP SP3)をそのままコピーして起動。
まだ使い始めて数日ですが、SSDにありがちなプリフリーズ(いわゆるプチフリ)も起こることもなく快適になりました(^^)。以前のSSDではアクセスが遅かったのでHDDに待避していた個人フォルダもSSDに移してみましたが、XPログオン後などの待ち時間が激減し、体感速度が相当向上しました。
残念ながら私のPCはSATA(2じゃない)なので完全にパフォーマンスを使っているとは言えませんがそれでも十分な性能が出てる気がします。単純に比較はできないもののベンチマークでは現在使っているHDDを上回ってます。
参考までにCrystalDiskMark2.2(100MB)の結果を載せておきます。
環境：
CPU: Pentium4 3.2GHz(northwood)
RAM: 1GB DDR400
M/B: AOpen EZ65

CFD CSSD-SM60NJ 60GB (半年ほど前10000えんほどで購入)
   Sequential Read :  119.002 MB/s
  Sequential Write :   80.449 MB/s
 Random Read 512KB :  114.447 MB/s
Random Write 512KB :   46.412 MB/s
   Random Read 4KB :   15.226 MB/s
  Random Write 4KB :    1.885 MB/s

Intel X25-M 80GB (34nm; 不具合修正済みファーム)
   Sequential Read :  135.475 MB/s
  Sequential Write :   80.896 MB/s
 Random Read 512KB :  117.169 MB/s
Random Write 512KB :   79.674 MB/s
   Random Read 4KB :   20.881 MB/s
  Random Write 4KB :   46.180 MB/s

参考：HGST 500GB HDD
   Sequential Read :   71.507 MB/s
  Sequential Write :   52.985 MB/s
 Random Read 512KB :   27.690 MB/s
Random Write 512KB :   35.148 MB/s
   Random Read 4KB :    0.343 MB/s
  Random Write 4KB :    1.046 MB/s

こんな感じでした。ランダム書き込みが爆速！
こんだけ性能が出るなら職場のWinPCも載せ替えたい気分・・・

Vine 4.2がちょっと調子が悪くなってきたのでこの機会にVine 5.0に乗り換えました。
アップグレードではなくて新規インストールです。手順は以下の通り。

1. とりあえずKNOPPIXで起動
2. システムまるごと別のハードディスクにコピー
3. 現行システムの消去およびVine 5.0のインストール
4. 設定しつつデータを戻す

こんな感じです。
今使っている感じでは特に問題は感じません。システムの起動が速くなったことと、追加パッケージをインストールするときにFedora10のソースRPMなら結構すんなりビルドできてしまうところが目についたところでしょうか。
今のところ、Intel Compiler 11.1.046、CCP4 6.1.2、CNS 1.21、PyMOL 1.2r1、Coot 0.6-pre1 rev.2234をインストールしてみましたがいずれも問題なく動作しそうです。ただ、フォントの設定などが変わったらしく、フォントが変わって違和感が。
後、個人的な趣味としてfluxboxとrxvt-unicodeをインストールしました。今まで愛用していたEtermはUTF-8に対応していないので使えなくなってしまいました・・・
今後はこの環境でレポートしたいと思います。Vine 4.2よりは最近のディストリビューションに近い設定ができるのではないでしょうか(^^)。

ようやくVine Linux 5.0がリリースされました。
今回のバージョンからx86_64版が追加されています。構造解析にどの程度役に立つかは不明です(さすがにメインマシンをx86_64に移行するのはためらわれますな・・・)
カーネルもLTS(長期サポートカーネル)の2.6.27.xになってようやく最近の環境に追いついてきたかなといったところです。
その他GLIBCなどももちろんアップされているのでそろそろ旧バージョンのサポートが怪しくなってきたCOOTも追っかけることができそうです(^^)。
あとロケールがEUCからUTF-8に変更されたのでCentOSなどとの混在環境でも文字化けせずに済むとか、そんなところとか使って試してみようと思います。とりあえずはCDイメージ版からスタートしてみようかな・・・

Project Vine

Mozilla Firefoxの新版Ver.3.5がリリースされました。
早速ダウンロードして使って見ましたが、3.0よりもサクサク動作するような気がします。何よりも画面描画が速くなっているようです。
その他、Webページの表示などは特に変わってないように見えました。
機会があれば試してみてはどうでしょうか？

ようやく注文していたShuttle SG31G2が届きました。
マザーが死んだとき、CPUとかメモリを道連れにしてないかと心配してましたが、無事に稼働(^^)。
とりあえずは慣らし運転と言うことでシステムバスを300MHzで稼働中。333MHzでは問題なく動いたので慣らしが終わったらそのあたりで。
いやはや、とりあえずめでたしめでたし(実は若干電源容量に不安がありますが)。

• Shuttle SG31G2
• Core2Quad Q6600 (3.0GHz O.C.)
• Trascend TX1066QLU-4GK (2GBx2;DDR2-1066 O.C.)
• HDD HGST Deskstar 500GB x 2
• ASUS EN8400GS SILENT/HTP/512M