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Archive[2009/07/12]

PyMOLで遊ぼう！

発表用のポスターのお絵かきをするために久しぶりにPyMOLをいじっていたら、水素結合ネットワークの図を描くのに楽がしたくなりました。まあ、40個ほどの結合なので自力で描けないことはないのですが、今後のためにもPyMOLのスクリプトをちょっとかじっておこうとポチポチと調べてみました。とりあえずはLIGPLOTのhhb(水素結合リスト)ファイルを読み込んでdistanceコマンドで線を結ぶというような単純なものですが、結構簡単に作れました。私はまだまだPython初心者なのでしょーもないところで時間をとりましたが、Pythonを使える方なら余裕だと思います。
すでにバリバリ使っている方もいらっしゃるかもしれませんが、世の中には便利なPyMOL用Pythonスクリプトも公開されていますし、ちょっとしたルーチンなら簡単に作れると思います。時間があるときにスクリプティングの基本をPyMOLコーナーで解説したいと思いますのでお楽しみに！

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