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MOLREP 10.2

最近、分子置換をしていたのですが、MOLREPについて調べてみると新しいバージョンがあることに気がつきました。REFMACもこまめにバージョンアップしてますし、CCP4に収録されているプログラムって各自で結構進化してるんですね。
CCP4 6.0.2のパッケージではバージョン9.2ですが本家にあるプログラムのバージョン10.2になってます。INSTALLATIONの説明を読むと「自動メモリ割り当てを使うことでバージョン9に比べて動作速度が約2倍になった」と書いてあります。バージョン10はFortran 90で書かれているようなのでFORTRAN 77との違いによるのだと思います。
ソースからビルドする方法をWikiにまとめましたが、実際に使ってみたところ20分ほどかかっていた計算が7分ぐらいになったので確かに効果はあるようです。興味のある方は試してみてはいかがでしょうか？

Comments:2

どぶお 2008/10/31 04:32 PM
MOLREP10は確かに速い。
私がやってた構造は750残基が3分子だったので体感速度がだいぶ変わったよ。
くにを 2008/10/31 12:21 AM
そういえばＭＯＬＲＥＰは格子が大きい、あるいは対称が高い、結晶の分子置換でめっぽう時間がかかっていましたね。
1時間はゆうにかかっていたので、短縮時間ファクターが0.5は大きいですな。試す価値ありかも。
最近はめっきりPHASERで手抜きですが・・・。
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