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Archive[2009/08/10]

PDBj講習会 in 東大駒場

8/7に東大駒場キャンパスで開催されたPDBj講習会に初めて参加してみました。 正直なところPDBの検索はPDB.org(RCSBサイト)でしか行ったことがなかったので、新しく知ることが多く結構楽しめました。
  • PDBjとその利用について
  • PDBのデータとその見方・探し方
  • EM NavigatorとYorodumiで3次元構造を眺める
  • eF-site/eF-surf/sF-seekによるタンパク質分子表面構造の利用
  • ProMode/ProMode-Oligomerでタンパク質の揺らぎを観察する
  • PDBjにおける構造バイオインフォマティクスのツール
PDBデータの探し方についてはおそらくPDB.orgを普段使っているような人なら問題なく使えると思います。検索条件が一覧になっているのでおそらく好みの問題な気もします。その他、EM Navigator(電子顕微鏡のデータを扱う)、ProMode(分子のダイナミクスを扱う)は視覚的に楽しめるツールで、教育目的にはちょうどいいのかもしれません。そっち方面の専門的なことはよくわからないのでそのデータをどのように役立てるかっていうのまでは理解できずでしたが(^^;。
正直、これまでPDBjはPDBの登録ぐらいにしか使ったことはありませんでしたが、いろいろ楽しめるツールが用意されてるんだなーという印象を受けました。みなさんも積極的に使って見てはどうでしょうか？

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