MolProbity  

最新版3.15 / 2008年3月7日
対応OSLinux, MacOS
種別Structure validation
公式サイトhttp://molprobity.biochem.duke.edu/
molprobity_mini.png

(ちゃんとドキュメントを読んでませんが・・・)MolProbityはいくつかのコマンドラインプログラムとWebインタフェースを合わせたプログラムパッケージです。基本的にはPDBファイルなどをアップロードして、構造の妥当性を評価するプログラムの集合だと理解しています。なお、このパッケージに含まれているprobeコマンドはCOOTも利用しているようで、probeコマンドにパスを通しておくと、COOT 0.5の[Validate]->[Probe crashes]が使えるようになります。

 

公式サイトはプログラムの説明ではなく、いきなりMolProbityのユーザーMainページなので何かよくわからないと思います [sad]。一通り使って試したい場合は「PDB/NDB code」にPDB IDを入力してFetchをクリックすれば自動的にPDBからファイルを取得し、使うことができるようです。私はラマチャンドランプロットぐらいしか見てませんが・・・
また、ブラウザ上で構造を表示することもできますが、Javaが必要です。

 

MolProbity自体はオープンソースらしいのでダウンロードしてインストールすればサーバを構築することも可能です。ただ、PHPとApacheの設定が多少必要なので少し知識が必要かもしれません(サーバの設定はほぼディフォルトで動くと思いますが)。

関連ページ  

引用文献  

Davis IW, Leaver-Fay A, Chen VB, Block JN, Kapral GJ, Wang X, Murray LW, Arendall WB 3rd, Snoeyink J, Richardson JS, Richardson DC.
MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.
Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W375-83. Epub 2007 Apr 22.

外部リンク  

ディスカッション  

添付ファイル: filemolprobity_mini.png 633件 [詳細]