CCP4BBトピックス
このページではCCP4BB(CCP4のメーリングリスト）にあった面白いトピックスを気の向くままにまとめていきます！
原文はCCP4BBのアーカイブを参照してください。意訳なので ![[huh]](image/face/huh.png)
構造精密化について
- 格子定数が変わる -- 2007/02/20
X線実験について
- MADデータ測定 -- 2007/02/15
- ツインってどうなの？ -- 2007/02/22
データについて
- 回折イメージをJPEGにしたい -- 2009/10/23
たまたま気づいたこと
Superpose structures SSM or LSQ which is better -- 2008/12/17
- 質問
- COOTでいくつかの構造を重ね合わせたいんだけどSSMとLSQが使えるよね？ でも結果をみても明らかな違いがわからなかった。私はSSMは二次構造用でLSQはすべての原子、つまり主鎖とかCAに適用できると思ってるんだけど・・・どうなの？
- 回答
- キミがやりたいことによるね。つまり、低い相同性の分子のように原子や残基を対応づけるのが難しいものを重ねるならSSMを使えばいいし、同じなら(例えばNCSで関連づけられてるとか)、残基範囲を指定してLSQを使えばいいよ。
REFMAC 5.5 vs 5.2 -- 2008/12/18
- おいらは新しいCCP4パッケージを入れたんだけど(Windows版)、6.0.2で精密化した構造の統計値が明らかに悪くなったんだ。同じインプットファイルで。
Where Refmac 5.2 gives: Ncyc Rfact Rfree FOM LLG rmsBOND rmsANGLE rmsCHIRAL $$ 0 0.150 0.189 0.886 481182.9 0.011 1.208 0.147 1 0.147 0.188 0.887 480211.9 0.010 1.170 0.147 2 0.147 0.188 0.887 480049.6 0.010 1.152 0.147 3 0.147 0.188 0.887 479927.9 0.010 1.147 0.147 4 0.147 0.188 0.887 479847.2 0.010 1.144 0.147 5 0.147 0.188 0.887 479805.5 0.010 1.143 0.148 Where Refmac 5.5 gives: Ncyc Rfact Rfree FOM -LL -LLfree rmsBOND zBOND rmsANGL zANGL rmsCHIRAL $$ 0 0.1738 0.2163 0.874 465814. 25317.2 0.0106 0.439 1.208 0.519 0.147 1 0.1723 0.2158 0.875 465007. 25296.4 0.0102 0.410 1.178 0.510 0.147 2 0.1716 0.2155 0.875 464584. 25285.4 0.0102 0.403 1.158 0.506 0.147 3 0.1711 0.2155 0.875 464297. 25278.2 0.0101 0.401 1.145 0.503 0.146 4 0.1708 0.2155 0.875 464090. 25271.8 0.0101 0.399 1.137 0.501 0.146 5 0.1706 0.2155 0.876 463961. 25269.1 0.0101 0.398 1.131 0.500 0.146
セッティングが同じことは確認済み。一つ気になるのはEstimated number of reflectionsが(REFMAC 5.5では)111,528なのに対して、5.2では101,968になってるってこと。まあ、それが関係あるかはわからんがね。 - For exactly the same run, I get the best results with an old version Refmac_5.2.0019!
For my structure, exactly the same run gives the R-factors 0.218, 0.268 with 5.2.0019 (compare 0.2326 R-free 0.2915 for latest Refmac version 3.0068) and the also the best MOLPROBITY scores for (clashscore 9.03 for, compared with 22.0 for 3.0068). And the map is actually noticeably better after refining with Refmac_5.2.0019. - 5.5.0066は0063のバグフィックス版だったんだけど、0066では新たなバグがあったようだね。最新版(今は5.5.0070だ)ではフィックスしたよ。
- 直ってるね。
- バグフィックス版はCCP4 6.1.1に収録するよ。
- Windows版をCCP4のprereleaseディレクトリに入れといたぞ。
looking for a program -- 2008/11/20
- 質問
- ダイマーインタフェースのすべての相互作用をリストしてくれるプログラムってない？
- 答え
- CCP4のCONTACTSかウェブサイトのPISAはどう？
- EBI PISAを試してみろよ！ -- http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html
- http://i.moltalk.org 好きだなぁ。簡単に使えるぞ。
- MolProbityもできるよ。PROBEを使えばOfflineで大丈夫！-- http://kinemage.biochem.duke.edu/software/probe.php
- どぶ註：PROBE使えばできるならCOOTからでも使えるのかな？
- へい！これも追加しておいてくれよ！ おいら達はこれらで表面領域への極性、非極性のコントリビューションを計算したんだぜ。
- PSAIA -- http://complex.zesoi.fer.hr/tools/PSAIA.html
- GETAREA -- http://curie.utmb.edu/getarea.html
- NACCESS -- http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/
