The Dundee PRODRG2 Server  

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PRODRG Webページより

This WWW PRODRG server will convert coordinates for small molecules in PDB format to the following topology formats: GROMOS, GROMACS, WHAT IF, REFMAC5, CNS, O, SHELX, HEX and MOL2. In addition, coordinates for hydrogen atoms are generated.

PDBファイルから様々な形式のトポロジーファイルを生成してくれるWebサービスです。対応しているすべての形式のファイルを一括して出力するので、欲しいものだけ取り出すのが少々面倒ですが・・・
スケッチコマンドで分子のスケッチを元に生成してくれるモードもあるようです。
ベータ版のPRODRG 2.5 Serverも稼働しているようです。

関連ページ  

引用文献  

Schüttelkopf AW, van Aalten DM.
PRODRG: a tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Aug;60(Pt 8):1355-63. Epub 2004 Jul 21.

外部リンク  

添付ファイル: filescreen.png 636件 [詳細]