The Dundee PRODRG2 Server
PRODRG Webページより
This WWW PRODRG server will convert coordinates for small molecules in PDB format to the following topology formats: GROMOS, GROMACS, WHAT IF, REFMAC5, CNS, O, SHELX, HEX and MOL2. In addition, coordinates for hydrogen atoms are generated.
PDBファイルから様々な形式のトポロジーファイルを生成してくれるWebサービスです。対応しているすべての形式のファイルを一括して出力するので、欲しいものだけ取り出すのが少々面倒ですが・・・
スケッチコマンドで分子のスケッチを元に生成してくれるモードもあるようです。
ベータ版のPRODRG 2.5 Serverも稼働しているようです。
関連ページ
引用文献
Schüttelkopf AW, van Aalten DM.
PRODRG: a tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Aug;60(Pt 8):1355-63. Epub 2004 Jul 21.
screen.png
