構造解析プログラム一覧

PDB_EXTRACT -- CCP4 supported program  

PDBの登録項目をログファイルなどから抽出し、mmCIF形式で出力してプログラムです。
以前からあったらしいですがCCP4 6.1.1から標準で収録されています。今のバージョンではまだGUI部分は使えないようなのでコマンドラインから使います(たぶん)。私は使ったことはありませんが、使った人の話では結構便利だということです。

インストール捕捉  

CCP4 6.1.1バイナリパッケージからインストールした場合ヘルプファイルがコピーされていないようです。そのためpdb_extract -hでヘルプを表示しようとしたときに「ヘルプファイルがない」というようなエラーが出力されます。
この問題を解決するためにはソースパッケージからファイルをコピーする必要があります。ソースパッケージのccp4-6.1.1/src/harvest_app_/pdb_extract以下を$CCP4/src/harvest_app_/pdb_extractにコピーします。

単体のインストール  

2011-08-09

ビルド  

PDB_EXTRACTはちょくちょくバージョンアップしているので単体で入れてみました。Ver.3.11のバイナリは64bit版しかないようなので、32bitな私はビルドするしかないのです。今回はVer.3.11(2011-08-03)をインストールしました。makeのみですが・・・
インストーラがないので直接/usr/local以下でビルドします。

# cd /usr/local
# tar zxvf pdb-extract-v3.11-prod-src.tar.gz
# mv pdb-extract-v3.11-prod-src pdb_extract-3.11    # この辺は好みで
# cd pdb_extract-3.11
# make

環境設定  

.cshrcに環境変数を指定しておきます。

setenv PDB_EXTRACT /usr/local/pdb_extract-3.11
setenv PATH $PDB_EXTRACT/bin:$PATH

変数PDB_EXTRACTを指定しないとヘルプが表示できません。

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