PROCHECK -- CCP4 supported program
概要
ラマチャンドランプロットを描くのに以前から使われているプログラム。計算の基となっている情報が古いため、最近はRAMPAGEを使う方がいいらしいです。雑誌に投稿する際にそのように言われることもあるそうな。
構造の妥当性チェック
コマンドを実行すると実行したディレクトリにファイルが作成されるので、例えばcheckresultなどというディレクトリを作成してその中で行う方がいいでしょう。
% mkdir checkresult % cd checkresult % procheck ../refine.pdb 2.4
特定のChain IDのみチェックする場合
% procheck refine.pdb A 2.4
作成されるファイル
refine.pdbというファイルをチェックするとファイル名にrefineというプレフィックスが付きます。このリストでは斜体で表しておきます。
| ファイル名 | 内容 |
| anglen.log | Calculation of bond lengths and angles |
| bplot.log | Main-chain bond-lengths and angles, and planar groups(7,8,9,10プロットログ) |
| clean.log | Clean-up program |
| nb.log | Check of non-bonded contacts |
| pplot.log | Plots and residue-by-residue listing(4,5,6プロットログ) |
| procheck.prm | PROCHECKパラメータファイル(編集すると出力をカスタマイズできる) |
| secstr.log | Secndary structure assignment |
| tplot.log | Phi-psi and chi1-chi2 distributions |
| refine.lan | |
| refine.nb | |
| refine.new | |
| refine.out | |
| refine.pln | |
| refine.rin | |
| refine.sco | |
| refine.sdh | |
| refine.sum | |
| refine_01.ps | ラマチャンドランプロット |
| refine_02.ps | 残基の種類毎のラマチャンドランプロット |
| refine_03.ps | Chi1-Chi2プロット |
| refine_04.ps | 主鎖パラメータ |
| refine_05.ps | 側鎖パラメータ |
| refine_06.ps | 残基プロパティ |
| refine_07.ps | 主鎖結合距離配向(Main-chain bond length distributions) |
| refine_08.ps | 主鎖結合角配向(Main-chain bond angle distributions) |
| refine_09.ps | RMS distances from planarity |
| refine_10.ps | 幾何学的歪みプロット(Distorted geometry plots) |
