構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
PDB Validation Suiteのインストール 
2010/09/07
PDB Validation Suiteをインストールします。本当に最新か？というぐらい古いですが、ともかく手に入る物をインストールしてみます。
バイナリを利用するので展開してセットアップを行うだけです。
展開
アーカイブファイルをダウンロードしたら適当なディレクトリに展開します。ここでは/usr/local/以下に展開してみます。rootで作業します。
# cd /usr/local # tar zxvf validation-v8.061-prod-bin-linux.tar.gz # export RCSBROOT=/usr/local/validation-v8.061-prod-bin-linux # export PATH=$RCSBROOT/bin:$PATH # cd $RCSBROOT/etc # ./binary.sh <-- バイナリデータを作成するようです
以上でインストールは完了です。
セットアップ
以下の設定で使用可能です。.cshrcに追加します。
setenv RCSBROOT /usr/local/validation-v8.061-prod-bin-linux setenv PATH $RCSBROOT/bin:$PATH
簡単な使い方
% validation-v8 -f foo.pdb -o 0 -adit
で検証が始まります。作業ディレクトリにファイルが作成されるので、専用のディレクトリで行いましょう
オプション
いくつかオプションがありますが、ソースから探したのでよくわからないものもあります・・・
| オプション | 説明 |
| -f foo.pdb | 検証するPDBファイル |
| -list | list_fileって何？ |
| -o {012} | フォーマット(0:PDB,1:NDB,2:mmCIF) |
| -adit | ADIT形式で出力(is_prev_check=2) |
| -path dir | たぶん出力ディレクトリ |
| -exchange | mmCIF用？ |
| -public | mmCIF用？ |
| -filename | FileIDを指定 |
| 謎のもの | |
|---|---|
| -p | is_prev_check=1(-aditと共存できない) |
| -s | is_separate=1 |
| -l | short_cut=1 |
出力されるファイル(ドキュメントより引用)
- A. <ID>.letter: a text file that contains a summary validation letter.
- B. <ID>.ps: a PostScript file that contains molecular graphics of the structure.
For crystal structures, this includes a view of the asymmetric unit and crystal packing. If the mmCIF file was validated and the biological unit of the entry is either larger or smaller than the asymmetric unit, and the struct_biol_gen category was appropriately completed in the mmCIF file, then a view of the biological unit(s) will be included.
For NMR ensemble structures, a view of the first model and the ensemble of all models is included. If the NMR entry contains one model, a view of the model will be included.
NUCHECK output: If the structure contains nucleic acids, the <ID>.ps file also includes plots describing the geometry, torsion, and base morphology of the nucleic acids generated by the program NUCHECK.
- C. PROCHECK output
- D. <ID>.html: This html file is an Atlas summary containing the following:
For all structures:
The sequence of the residues in each chain (from entity_poly for a mmCIF file, from SEQRES for a PDB file, or from the coordinates if entity_poly or SEQRES are not provided). Citation information (if provided). Refinement information (if provided).For crystal structures, additional information is listed:
Space group and cell constants. Crystallization conditions (if provided). Refinement information (if provided).
