RAMPAGE -- CCP4 supported program
Richardsonさんのデータを用いたラマチャンドランプロットだそうです。最近はPROCHECKよりもこちらを使うことが推奨されているようです。
使い方
CCP4 6.1
CCP4 6.1で標準インストールされるRAMPAGE(RAPPER)ではプログラム名が変わっているので6.0の追加パッケージとは異なります。
% rapper $CCP4/share/rapper/params.xml rampage --pdb target.pdb --rapper-dir $CCP4/share/rapper
CCP4 6.0への追加インストールパッケージ
CCP4に追加インストールしたパッケージでは以下のようになりました。RAMPAGEのCCP4ドキュメントとはプログラム名が異なります。
% rapper_rampage $CCP4/share/rapper_rampage/params.xml rampage --pdb target.pdb --rampage-postscript out.ps --rapper-dir $CCP4/share/rapper_rampage
コマンドラインが長いのでスクリプトを作っておくと便利かも。私はこんなのを使ってます。
- rampage (CCP4 6.1の場合)
#!/bin/sh -f rapper $CCP4/share/rapper/params.xml rampage --pdb $1 --rapper-dir $CCP4/share/rapper
- rampage (CCP4 6.0の場合)
#!/bin/sh -f rapper_rampage $CCP4/share/rapper_rampage/params.xml rampage --pdb $1 --rapper-dir $CCP4/share/rapper_rampage
このスクリプトをパスが通っているディレクトリに置いて、
% rampage refine.pdb
で実行され、実行したディレクトリにramplot.psというファイルができます。あと、一時ディレクトリのような物も。
説明
CCP4ドキュメントによると、
RAMPAGE is an offshoot of RAPPER which generates a Ramachandran plot using data derived by the Richardsons and coworkers. It is recommended that it be used for this purpose in preference to PROCHECK, which is based on much older data.
だそうです。PROCHECKよりもこっちを使えと。そういうわけです。
リファレンス
- S.C. Lovell, I.W. Davis, W.B. Arendall III, P.I.W. de Bakker, J.M. Word, M.G. Prisant, J.S. Richardson, D.C. Richardson, Structure validation by Calpha geometry: phi,psi and Cbeta deviation. Proteins: Struct. Funct. Genet. 50 437-450 (2003).
