構造解析プログラム一覧 - BioKids Wiki

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取り上げた構造解析プログラムの一覧

ここでは、BioKidsで扱ったプログラムの一覧を掲載します。一応分類していますが適当かも・・・
プログラム名は分類によっては重複しています。

自動化プログラム

大部分を自動で処理してくれるプログラムたち。

XIA2 -- データ処理
MrBUMP -- 分子置換
BALBES -- 分子置換
ARP/wARP -- モデル構築
BUCCANEER -- モデル構築
PHENIX -- 統合環境

解析用プログラム

データ処理(積分＋スケーリング)

IDIFFDISP -- 回折イメージ表示(CCP4)
MOSFLM
iMOSFLM -- 統合データ処理インタフェース。HKL2000キラーになるか？(CCP4)
HKL2000(DENZO)
XDS
XIA2 -- 自動データ処理
POSTREF -- ポストリファインメント(CCP4)

分子置換

MrBUMP -- 自動分子置換
BALBES -- 全自動分子置換
EPMR

位相決定

SHELX
SOLVE/RESOLVE -- 位相決定、位相改良
SnB
SHARP -- 位相決定(SHELX,ARP/wARPを使うらしい)
HKL2MAP

モデリング

ARP/wARP -- 自動モデリング
BUCCANEER -- 自動モデリング

モデル精密化

CNS
LAFIRE -- 自動精密化
SHELXL
SHELXWAT

構造チェック

RAMPAGE -- 最近標準の構造の妥当性チェック(CCP4)
PROCHECK -- 以前使われていた構造の妥当性チェック(CCP4)
MolProbity -- 構造の妥当性チェックスイート
SFCHECK
DSSP -- 二次構造のアサイン
WHAT_CHECK -- 構造の検証
PDB Validation Suite -- 構造の検証

ユーザーインタフェース

CCP4i
PHENIX

解析用パッケージ

CCP4 -- 結晶構造解析統合プログラムスイート
PHENIX -- 統合プログラムスイート(PHASER, RESOLVEを含む)

その他

計算
- CROSSEC -- 異常散乱因子の計算値を求める(CCP4)
ファイル変換
- FFT -- MTZから電子密度マップを作成(CCP4)
- MAKECIF -- PDBファイルからリストレインを含むCIFファイルを作成(CCP4)
シークエンスアライメント
- ClustalW
- FASTA
いろいろ
- EMBOSS
- RAVE -- ユーティリティ集
- FIT2D
- MLFSOM -- PDBから回折イメージを出力
- PDB_EXTRACT -- ログファイルなどから登録に必要な情報を抽出
- PDB_EXTRACT_SF -- 構造因子ファイルをmmCIFに変換。
- DIFF2JPEG -- 回折イメージをJPEG形式に変換(CCP4)
- BAUBLES -- CCP4のログファイルをHTMLに整形する
- ROSETTA -- 強力な構造予測ライブラリ等

ヴィジュアル系プログラム

COOT -- モデルビルディング(CCP4)
PyMOL -- 高機能な可視化プログラム
- CAVER -- キャビティ表示
MOLSCRIPT -- 論文用お絵かきプログラム
Raster3D -- MOLSCRIPTと組み合わせてきれいな絵をレンダリングします
CCP4MG -- CCP4で開発されている論文用お絵かきプログラム
XtalView -- モデルビルディング
O -- モデルビルディング
MIFit -- モデルビルディング
LIGPLOT -- リガンドなどの結合情報を平面に落とし込みます
MOLMOL -- ちょっと古いお絵描きプログラム
CueMol -- 国産の構造ビュアー

分子動力学計算用プログラム

AMBER -- MDではよく使われているそうです
CHARMM -- これもよく使われているそうです
GLOMACS -- フリーのMD用プログラム

Webサービス

PRODRG

ライブラリなど

CCTBX -- Computational Crystallography Toolbox