みちしるべ

Last modified: 2008-10-20 (月) 09:29:57 (5665d)

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BioKids：みちしるべ  

• 構造解析ことはじめ
  • まずは構造解析環境を整備しなければ始まりません。PCのセットアップからプログラムのインストールまでの情報を扱います。
• 各種プログラム使用方法
  • 構造解析で使用するプログラムの使い方メモ。まだ充実度はイマイチかも・・・
• Webサービスを使いこなす
  • 構造解析で必要な情報を収集するためのWebサービスを集めてみました。まだまだ発展途上。
• 構造解析クックブック
• もっと！構造解析
• はっぴ〜☆Scripting!
  • 計算を行う際などにフォーマット変換などの前処理を手軽に便利にするためのスクリプトを考えていきます。
    CNSのマップファイルをCCP4用に変換するときにいちいちMAPMANを起動してファイルを読み込んで・・・こんな処理を１行で実行できるようにしたりします。
• ばいおProgramming
  • どぶおがプログラミングで調べたときの結果などをまとめています。構造解析用のプログラミングTips。

基本的に気がついたことをちょろちょろと文書化しているので、重点的に更新される項目は現在の仕事の内容に影響されます 。つまり、精密化がらみのページが更新されていれば精密化中、インストール関係は新しいプログラムが出たとき、Linuxまわりは仕事が行き詰まっているとき・・・
充実させる内容のリクエストなどはコメント欄があるページにお願いします。

取り上げた構造解析プログラムの一覧  

ここでは、BioKidsで扱ったプログラムの一覧を掲載します。一応分類していますが適当かも・・・
プログラム名は分類によっては重複しています。

自動化プログラム  

大部分を自動で処理してくれるプログラムたち。

• XIA2 -- データ処理
• MrBUMP -- 分子置換
• BALBES -- 分子置換
• ARP/wARP -- モデル構築
• BUCCANEER -- モデル構築
• PHENIX -- 統合環境

解析用プログラム  

データ処理(積分＋スケーリング)  

• IDIFFDISP -- 回折イメージ表示(CCP4)
• MOSFLM
• iMOSFLM -- 統合データ処理インタフェース。HKL2000キラーになるか？(CCP4)
• HKL2000(DENZO)
• XDS
• XIA2 -- 自動データ処理
• POSTREF -- ポストリファインメント(CCP4)

分子置換  

• MrBUMP -- 自動分子置換
• BALBES -- 全自動分子置換
• EPMR

位相決定  

• SHELX
• SOLVE/RESOLVE -- 位相決定、位相改良
• SnB
• SHARP -- 位相決定(SHELX,ARP/wARPを使うらしい)
• HKL2MAP

モデリング  

• ARP/wARP -- 自動モデリング
• BUCCANEER -- 自動モデリング

モデル精密化  

• CNS
• LAFIRE -- 自動精密化
• SHELXL
• SHELXWAT

構造チェック  

• RAMPAGE -- 最近標準の構造の妥当性チェック(CCP4)
• PROCHECK -- 以前使われていた構造の妥当性チェック(CCP4)
• MolProbity -- 構造の妥当性チェックスイート
• SFCHECK
• DSSP -- 二次構造のアサイン
• WHAT_CHECK -- 構造の検証
• PDB Validation Suite -- 構造の検証

ユーザーインタフェース  

• CCP4i
• PHENIX

解析用パッケージ  

• CCP4 -- 結晶構造解析統合プログラムスイート
• PHENIX -- 統合プログラムスイート(PHASER, RESOLVEを含む)

その他  

• 計算
  • CROSSEC -- 異常散乱因子の計算値を求める(CCP4)
• ファイル変換
  • FFT -- MTZから電子密度マップを作成(CCP4)
  • MAKECIF -- PDBファイルからリストレインを含むCIFファイルを作成(CCP4)
• シークエンスアライメント
  • ClustalW
  • FASTA
• いろいろ
  • EMBOSS
  • RAVE -- ユーティリティ集
  • FIT2D
  • MLFSOM -- PDBから回折イメージを出力
  • PDB_EXTRACT -- ログファイルなどから登録に必要な情報を抽出
  • PDB_EXTRACT_SF -- 構造因子ファイルをmmCIFに変換。
  • DIFF2JPEG -- 回折イメージをJPEG形式に変換(CCP4)
  • BAUBLES -- CCP4のログファイルをHTMLに整形する
  • ROSETTA -- 強力な構造予測ライブラリ等

ヴィジュアル系プログラム  

• COOT -- モデルビルディング(CCP4)
• PyMOL -- 高機能な可視化プログラム
  • CAVER -- キャビティ表示
• MOLSCRIPT -- 論文用お絵かきプログラム
• Raster3D -- MOLSCRIPTと組み合わせてきれいな絵をレンダリングします
• CCP4MG -- CCP4で開発されている論文用お絵かきプログラム
• XtalView -- モデルビルディング
• O -- モデルビルディング
• MIFit -- モデルビルディング
• LIGPLOT -- リガンドなどの結合情報を平面に落とし込みます
• MOLMOL -- ちょっと古いお絵描きプログラム
• CueMol -- 国産の構造ビュアー

分子動力学計算用プログラム  

• AMBER -- MDではよく使われているそうです
• CHARMM -- これもよく使われているそうです
• GLOMACS -- フリーのMD用プログラム

Webサービス  

• PRODRG

ライブラリなど  

• CCTBX -- Computational Crystallography Toolbox