3 プログラムのインストール

Last modified: 2013-12-09 (月) 18:54:43 (3783d)

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構造解析プログラムのインストール  

以下のものはインストールして起動を確認したプログラムたちです。
ここに書いてあるもの全てが必要というわけではなく、必要に応じてインストールしていくのがよいでしょう。
対応ディストリビューション

• Vine 5.x(主にVine 5.2)
• Vine 4.x(主にVine 4.2)
• -- CentOS 5.x(主にCentOS 5.5)

基本の確認はVine 5.2で行っていますので、時間があるときにCentOSの確認を追加していく予定です。

標準的なプログラム  

• Intel Compiler -- CNSやAMBERなどをコンパイルするときに使用します

データ処理  

• XDS -- 玄人ごのみのデータ処理プログラム

解析用プログラム  

• CNS -- Intel Compilerを使ってコンパイル
• CCP4 -- バイナリインストール(以下のものも入ります)/Intel Compilerを使ってコンパイル
  • Phaser and CCTBX
  • CHOOCH
  • CCP4 Molecular Graphics(CCP4MG)
  • COOT
  • RasMol -- CCP4と一緒に入るって知らなかった
• CCP4その他
  • Advanced CCP4 6.0.2 -- 極上のCCP4を目指そう(準備中)
  • COOT -- CCP4インストール後にインストール
  • ARP/wARP -- バイナリインストール
  • MrBUMP -- CCP4iにインストール
  • XIA2 -- CCP4の追加パッケージ
  • BALBES -- 新バージョンをインストール(1.0.0)
• SnB -- Java環境と共にセットアップ
• SOLVE/RESOLVE -- バイナリインストール
• EMBOSS -- Intel Compilerを使ってインストール
• HKL2000 -- バイナリインストール
• PHENIX -- Phaser/RESOLVEなどの統合環境
• RAVE -- バイナリインストール
• ClustalW -- Intel Compilerを使ってインストール
• FASTA -- Intel Compilerを使ってインストール
• LAFIRE -- バイナリインストールと設定
• SHARP -- バイナリインストール
• SHELX-97 -- Intel Compilerおよびバイナリインストール

ヴィジュアル系プログラム  

• MOLSCRIPT GL版 -- MOLSCRIPTをGL機能付きでコンパイル
• Raster3D -- SRPMを使ってさくっとインストール
• XtalView -- バイナリインストール
• O -- バイナリインストール
• PyMOL -- Open Source版。Ver.1.0以降は自分でコンパイルが必要になりました
• MIFit -- バイナリインストール
• LIGPLOT -- ソースファイル取得方法とインストール
• MOLMOL -- ソースからインストール

分子動力学シミュレーション  

• AMBER 8 -- MPI版もインストール(Intel Compiler 11)
• CHARMM -- c32b2をインストール(Intel Compiler 11)

解析関係のライブラリなど  

• CCTBX

準備中  

• HKL2MAP

趣味のツール類  

aptでインストールしたもの  

• ftp -- 最近はftpが標準で入ってないですね
• telnet -- 同上
• bind-utils -- たまにnslookupが欲しくなるから
• firefox -- やっぱこれでしょう
• task-xfce -- 軽いWindow Manager。最近使いはじめました
• WindowMaker -- 好きだから(今やout of dateの感がありますが。2006/06現在でwindowmaker.orgに接続できない・・・と思ったらwindowmaker.infoってのができてた(2006/12))
• wget -- リモート環境でファイル取得する際に必要だから
• imlib2 -- Etermをインストールするのに必要

取ってきたrpmをインストールしたもの  

• libast http://www.eterm.org/ -- Etermをインストールするのに必要
• Eterm http://www.eterm.org/ -- WindowMakerにはEtermでしょ！

Linuxに構造解析プログラムインストール記録  

• povscriptのインストール
• XDSのインストール

その他困っていること  

インストールや環境設定関連で困っていることがあればどうぞ。可能ならまとめていきたいと思います。Vine Linux以外でもOKです

• HKL2000をCentOS6.3 64bit上で使用するために必要なライブラリーのインストール方法は？ -- すー 2013-04-09 (火) 15:14:33
• yum install glibc.i686 libX11.i686 mesa-libGLU.i686 libXmu.i686 xorg-x11-fonts-75dpi　それでもHKL2000がコアダンプするなら最新no -- すー 2013-04-10 (水) 18:21:17
  • HKL2000ってプログラム自体は32bit? それなら32bit版のライブラリを一通り入れれば動くのかも。使ったことないのでよくわかりませんが(^^; -- どぶお 2013-04-10 (水) 21:37:27
• 大変有益なサイトです。感謝します。molmolをCentOS6.4 32bitにインストールしたいですが、なかなか難しいです。mesa-libGLw-6.5.1-10el6.i686です。 -- かめ 2013-07-25 (木) 16:44:52
• ソースmesa-libGL-6.5.1-10.el6のSPEC(mesa-with-motif.spec)ファイルの作り方を教えていただけませんか -- かめ 2013-07-26 (金) 19:12:05
  • 回答が遅くなりました。Motif関連は自分でビルドしなくても標準パッケージでOKなようです。インストール情報を更新しました -- どぶお 2013-08-19 (月) 09:53:16
• お忙しい所、インストール情報を更新して頂いて、有り難う御座います。うまくインストールできました。お礼を遅れて、申し訳ございません。感謝します。 -- かめ 2013-12-09 (月) 18:54:43