XIA2のインストール 
2009-11-13 : この記事はXIA2 0.3.0.6について記述されています
- CCP4 6.1.0から標準パッケージとして収録されました。
CCP4 6.1.2に収録されている0.2.7.2は2009年度版のXDSに対応していないため、最新版を追加インストールしてみます。
2009年12月現在の最新版は0.3.1.0です。
環境によってはCCTBXの問題があるため、そちらを解決しておく必要があるかもしれません。私の環境であるVine 5.0では発生しましたが発生しない環境もあるかもしれません。
- 2009-11-16追記
- CCTBXの問題を解決してもXIA2 0.3.0.6は動作しませんでした。解決するためにはCCTBX 2009_02_15_2320以上が必要になります。CCTBXを更新せずに使用する場合は0.3.0.0を使用します(0.3.0.3〜0.3.0.5は試していませんがひょっとしたら動くのもあるかも)。なお、CCP4 6.1.2に収録されているCCTBXは2008_02_08_1610です。0.3.0.3以上を使いたい場合はまず、CCTBXをインストールします。
- 参考：CCP4のインストール
2010年版XDSとXIA2
2010-01-21
毎年恒例のXDSのアップデートがあり、そのままではXIA2でXDSが使えなくなってます。
しかし、XIA2ブログによると新版のXDSも使えそうだ、とのこと( http://xia2.blogspot.com/2010/01/happy-new-xds.html )
この記事に書かれているファイルを修正すれば使えるようになります。デモデータで流してみましたが最後まで流れました。
- $XIA2_ROOT/Wrappers/XDS/XDS.py
77: supported_versions = ['January 30, 2009']
この部分を77: supported_versions = ['December 28, 2009']
とすれば使えるようになります。次のバージョンでは修正されるでしょう。
インストール
インストール方法は0.3.0.0以降、同様です。
ファイルの配置
CCP4ディレクトリに展開します。
# cd $CCP4/share # mv XIAROOT xia2-0.2.7.2 <-- 旧バージョンを移動(削除してもよい) # tar zxvf xia2-0.3.0.6.tar.gz # ln -s xia2-0.3.0.6 XIAROOT <-- リンクを張る
セットアップファイルの修正
セットアップスクリプトを修正します
# cd $CCP4/share/XIAROOT
- setup.csh
5: setenv XIA2_HOME $CCP4/share/XIAROOT <-- このように変更
- setup.sh
5: export XIA2_HOME=$CCP4/share/XIAROOT <-- このように変更
以上でインストールは完了です。
動作確認
XIA2は回折イメージを処理するというプログラムのため、内部的に問題があってエラーがでてるのか、データが悪いためエラーがでてるのかがわかりにくいかと思います。その場合はXIA2のサイトからサンプルデータとしてインスリンのイメージがダウンロードできるようになっているので、処理ができるか試してみるといいかもしれません。なお、処理するためのxinfoファイルはDemonstration Data: Cubic Insulinのすぐ上のものが使用可能ですのでコピーしてファイルを作成して下さい(その上のNative Data...などはxinfoファイルの書き方のサンプルです)。
- http://www.ccp4.ac.uk/xia/ -- Demonstration Data: Cubic Insulinというところからダウンロード可能
(旧)0.2.6.4のインストール
次期CCP4パッケージに追加予定のXIA2をインストールしてみました。
XIA2はCCP4iにはまだ対応していないのでインストールは簡単でした。展開してパスを通すだけです。
今回使ったパッケージは2008年5月26日現在で最新版のxia2-0.2.6.4.tar.gzです。割と頻繁にバージョンアップが行われているようなのですぐ古くなるかもしれません。
インストール
パッケージを展開するだけです。今回は/usr/local/ccp4の下に配置しました。
# cd /usr/local/ccp4 # tar zxvf xia2-0.2.6.4.tar.gz
以上です ![[huh]](image/face/huh.png)
。簡単です。
スタートアップスクリプトの編集
インストールしたらスタートアップスクリプトを編集します。共に/usr/local/ccp4/xia2-0.2.6.4にあります。
- setup.csh
5 setenv XIA2_HOME /usr/local/ccp4/xia2-0.2.6.4
- setup.sh
5 export XIA2_HOME=/usr/local/ccp4/xia2-0.2.6.4
この部分だけです。Windows環境で使用する場合はsetup.batを編集することになりますが、Windows環境では試していないので省略します。
スタートアップスクリプトを編集したら、Cシェルなら.cshrc、Bashなら.bashrcにsourceコマンドを追加します。- Cシェル
source /usr/local/ccp4/xia2-0.2.6.4/setup.csh
- Bash
source /usr/local/ccp4/xia2-0.2.6.4/setup.sh
以上です。
