構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
FASTA v35のインストール -- Vine 4
MrBUMP用にインストールする場合はv34を使用してください。
このプログラムはMakefileが用意されているので適切なMakefileを選択してコンパイルします。
今回はIntel Compilerを使うのでMakefile.linux_icc_sse2を選択しました。CPUがSSE2に対応していない場合(Pentium III以前のプロセッサなど)はMakefile.linux_iccでいいと思います。
% tar zxvf fasta-35.3.6.tar.gz % cd fasta-35.3.6 % cp Makefile.linux_icc_sse2 Makefile % make # mkdir /usr/local/bin/fasta35 # make XDIR=/usr/local/bin/fasta35 install <-- インストールディレクトリを指定します
後は/usr/local/bin/fasta35にパスを通せば使えます。ここでは/usr/local/bin/fasta35にしましたが、/usr/local/binにインストールしても問題ないと思います。
FASTA v34のインストール -- Vine 4
MrBUMPではfasta34が必要と書いてあるのでインストールします。fasta35では代用できませんでした。
EBIのサイトからfasta-34.26.5.shar.Zをダウンロードします。このファイルはCompress圧縮形式+シェルアーカイブ形式でアーカイブされています(シェルアーカイブ形式って知らなかった・・・)。ダウンロードしたら展開します。
ダウンロードした場所の下位にfasta-34ディレクトリを作成します。
% mkdir fasta-34.26.5 % cd fasta-34.26.5 % zcat ../fasta-34.26.5.shar.Z | sh
これでファイルが展開されます。make以降はv35と同じです。このバージョンではIntel Compiler版のMakefileがないのでGCC版でコンパイルしました。さらにSSE2対応コンパイルが通らなかったのでMakefile.linuxを使いました。
% cp Makefile.linux Makefile # mkdir /usr/local/bin/fasta34 # make XDIR=/usr/local/bin/fasta34 install
