プログラムあれこれ
インストールのページでは様々なプログラムのインストール方法を載せていますが、果たしてどのプログラムを使えばいいのでしょうか。ということでこのページでは、行う手法とそのプログラムについて解説します。
![[heart]](image/face/heart.png)
マークは定番だと思われるプログラムです。私の独断なのでどうかはわかりませんが、まあ、スタンダードな選択だと思います。
データ処理
放射光などで回折イメージを収集したらそれを処理します。その時につかうプログラムには以下のようなものがあります。
- HKL2000 -- 積分、スケーリングまで可能なDENZO/SCALEPACKの統合パッケージ
- MOSFLM -- CCP4
- XDS -- ヨーロッパではメジャーらしい
- XIA2 -- MOSFLM/SCALAなどを使って自動で処理してくれるプログラム
分子置換
完全な新規構造ではない場合、分子置換を行います。その時に用いられるプログラムたちです。
- MOLREP -- CCP4
- PHASER -- CCP4
- AMORE -- CCP4, 最近はMOLREPやPHASERなどに取って代わられているという印象です。
- MrBUMP -- MOLREP/PHASERなどを使って自動で分子置換を行うプログラム
- CNS -- 分子置換に使っているという話はあまり聞きませんが、できるみたいです
MAD/SADなど
MADやSADなどで解く場合に使います。私は、あまり詳しくないです・・・
モデルビルディング＆精密化
位相決定後にモデルを修正しつつ最終構造を目指すときに使うプログラムたちです。
- ARP/wARP -- CCP4
- BUCCANER -- CCP4
- REFMAC -- 精密化を行うプログラム(CCP4)
- CNS -- 精密化を行うプログラム
- COOT -- モデリングを行うときに使います。非常にユーザーフレンドリーなインタフェースで使いやすい。頻繁にバージョンアップされています。CCP4パッケージ。
- O -- 古くからあるモデリングプログラム。取っつきにくいですが、なれてしまえばガリガリ使えた、はず。私が最後に使ったバージョンは5.xxなので今はわかりません。
統合パッケージ
分子置換でもMAD/SADでも計算してくれる統合パッケージ
