EMBOSSのインストール -- Vine 4  

gccでコンパイル  

configureしてmake、make installでインストールできるみたいです。gccを使う場合は、

% ./configure --prefix=/usr/local/emboss-4.0.0
% make; make check
# make install

で多分OKです。あとは.cshrcを編集しましょう。

Intel Compilerを使う場合  

体感できるほどのパフォーマンスの向上があるかわかりませんが、折角なのでIntel Compilerを使ってコンパイルしてみました。configureしたときに勝手に-O2フラグを付けられてしまうのでconfigureスクリプトを修正します。

  3488 if test "`uname`" = "Linux"; then
  3489 CFLAGS="$CFLAGS -O2"
  3490 fi

3488行目の条件を追加して、iccを使うときは-O2フラグを追加しないように修正します。

  3488 if test "`uname`" = "Linux" && test $CC != "icc"; then

修正したらconfigureを実行します。libsvml(Short Vector Math Library)をリンクしないとvmldLn2がなんたらかんたらとエラーが出るので、LIBSの設定も忘れないようにしましょう(参考:Compatibility with GNU Compilers(PDF)の7ページ目)

prefixはお好みでどうぞ。大量に実行ファイルが作成されるのでつけたほうがいいかも。

% ./configure CC=icc CFLAGS="-O3 -tpp7 -xWNB -axWNB -ip" LIBS=-lsvml --prefix=/usr/local/emboss-4.0.0
% make
% make check
# make install

コンパイルには結構時間がかかりますので辛抱強く待ちましょう。

おまけ  

fileEMBOSS-4.0.0-icc91.patch -- パッチを用意しました。

% tar zxvf EMBOSS-4.0.0.tar.gz
% cd EMBOSS-4.0.0
% patch -p0 < ../EMBOSS-4.0.0-icc91.patch

環境設定  

/usr/local/emboss-4.0.0にインストールした場合は.cshrcに環境設定を追加します。

sourceで読み込み直せば準備完了!!

添付ファイル: fileEMBOSS-4.0.0-icc91.patch 896件 [詳細]