EMBOSSのインストール -- Vine 4
gccでコンパイル
configureしてmake、make installでインストールできるみたいです。gccを使う場合は、
% ./configure --prefix=/usr/local/emboss-4.0.0 % make; make check # make install
で多分OKです。あとは.cshrcを編集しましょう。
Intel Compilerを使う場合
体感できるほどのパフォーマンスの向上があるかわかりませんが、折角なのでIntel Compilerを使ってコンパイルしてみました。configureしたときに勝手に-O2フラグを付けられてしまうのでconfigureスクリプトを修正します。
3488 if test "`uname`" = "Linux"; then 3489 CFLAGS="$CFLAGS -O2" 3490 fi
3488行目の条件を追加して、iccを使うときは-O2フラグを追加しないように修正します。
3488 if test "`uname`" = "Linux" && test $CC != "icc"; then
修正したらconfigureを実行します。libsvml(Short Vector Math Library)をリンクしないとvmldLn2がなんたらかんたらとエラーが出るので、LIBSの設定も忘れないようにしましょう（参考：Compatibility with GNU Compilers(PDF)の7ページ目）
prefixはお好みでどうぞ。大量に実行ファイルが作成されるのでつけたほうがいいかも。
% ./configure CC=icc CFLAGS="-O3 -tpp7 -xWNB -axWNB -ip" LIBS=-lsvml --prefix=/usr/local/emboss-4.0.0 % make % make check # make install
コンパイルには結構時間がかかりますので辛抱強く待ちましょう。
おまけ
EMBOSS-4.0.0-icc91.patch -- パッチを用意しました。
% tar zxvf EMBOSS-4.0.0.tar.gz % cd EMBOSS-4.0.0 % patch -p0 < ../EMBOSS-4.0.0-icc91.patch
環境設定
/usr/local/emboss-4.0.0にインストールした場合は.cshrcに環境設定を追加します。
- .cshrc
# EMBOSS set EMBOSS_DIR=/usr/local/emboss-4.0.0 setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:${EMBOSS_DIR}/lib setenv PATH ${PATH}:${EMBOSS_DIR}/bin
sourceで読み込み直せば準備完了！！
