BioKids Blog (beta)
SP8ロボットを使おう！(3)
さて、全ての準備が整ったらいよいよビームラインでの測定を行います。
サンプルチェンジャーロボットSPACEやサンプルトレイのセットアップなどはビームラインスタッフが行ってくれますので、当日、ユーザーが特別に準備することはありません。最近はゴニオメーターヘッドの改良などにより従来の測定とロボットによる測定の切換が容易に行えるようになっていますので、例えば午前中に従来の測定、午後からロボットによる測定などと併用することも可能です。今回の測定では、午前中に数個の結晶を従来の方法による測定、午後からロボットによる測定、というように行ってみました。測定方法の切り替えは5分もかからないぐらいで完了します。
ロボットを使用した測定の詳細は構造生物学ビームラインの説明書に書かれていますので詳しくは述べませんが、D-ChaおよびBSSを併用した測定になります。
推奨される測定方法は2-mode測定であり、先に結晶のスクリーニングを行い、その後、無人の自動運転でデータ測定を行うという方法です。実際に行う作業としては、あらかじめD-Chaに登録しておいた測定条件をBSSで読み込み、1つずつ回折チェックを行います。現在のところ各結晶のセンタリングは通常通りBSSで行います。なお、ここでセットしたセンタリング座標はデータベースに登録されるため、2度目以降はセンタリング位置が再現されるため、再度行う必要はありません。
スクリーニングで測定に適した結晶があった場合、ImgViewで出力される測定条件を使うか、またはスクリーニング条件を追加して測定条件を決定し、データ測定をD-Chaで追加していきます。全ての結晶のスクリーニングが終了し、データ測定条件を追加したらいよいよ無人測定に入ります。BSSで自動測定を開始し、ビームラインインターロックのグラフィックパネルでMBSのモードをLOCALからLOCAL+REMOTEにセットすれば後は測定終了を待つだけです。
BLスタッフからの説明があると思いますが、インターロックのMBSモードをLOCAL+REMOTEにしておかないと、万一途中でビームアボートが起こった場合、測定が再開されないので気をつけて下さい。
サンプルチェンジャーロボットSPACEやサンプルトレイのセットアップなどはビームラインスタッフが行ってくれますので、当日、ユーザーが特別に準備することはありません。最近はゴニオメーターヘッドの改良などにより従来の測定とロボットによる測定の切換が容易に行えるようになっていますので、例えば午前中に従来の測定、午後からロボットによる測定などと併用することも可能です。今回の測定では、午前中に数個の結晶を従来の方法による測定、午後からロボットによる測定、というように行ってみました。測定方法の切り替えは5分もかからないぐらいで完了します。
ロボットを使用した測定の詳細は構造生物学ビームラインの説明書に書かれていますので詳しくは述べませんが、D-ChaおよびBSSを併用した測定になります。
推奨される測定方法は2-mode測定であり、先に結晶のスクリーニングを行い、その後、無人の自動運転でデータ測定を行うという方法です。実際に行う作業としては、あらかじめD-Chaに登録しておいた測定条件をBSSで読み込み、1つずつ回折チェックを行います。現在のところ各結晶のセンタリングは通常通りBSSで行います。なお、ここでセットしたセンタリング座標はデータベースに登録されるため、2度目以降はセンタリング位置が再現されるため、再度行う必要はありません。
スクリーニングで測定に適した結晶があった場合、ImgViewで出力される測定条件を使うか、またはスクリーニング条件を追加して測定条件を決定し、データ測定をD-Chaで追加していきます。全ての結晶のスクリーニングが終了し、データ測定条件を追加したらいよいよ無人測定に入ります。BSSで自動測定を開始し、ビームラインインターロックのグラフィックパネルでMBSのモードをLOCALからLOCAL+REMOTEにセットすれば後は測定終了を待つだけです。
BLスタッフからの説明があると思いますが、インターロックのMBSモードをLOCAL+REMOTEにしておかないと、万一途中でビームアボートが起こった場合、測定が再開されないので気をつけて下さい。
Core2Quadへ換装
いまさらながらという感もありますが、私の解析用PCのCPUをPentium Dual-Core 1.8GHz(E2160)からCore2Quad 2.4GHz(Q6600)に交換しました(^^)。私が使っているEZ965はFSB 1333MHzのにもBIOSレベルで対応しているということなのですが、無難なところにしておきました。
早速CNSでベンチマークをしてみたところE2160で6分ほどかかっていた処理がQ6600では3分15秒だったので効果はありそうです。ただし、マルチスレッド対応ではないREFMACなどではどのぐらいの効果があるかはわかりませんが・・・マザーが45nmに対応していないようなので(さすがに買ってみて動かないとショックなので)これ以上のアップグレードは望めません。
以上、あまり解析には関係ないネタでした。
早速CNSでベンチマークをしてみたところE2160で6分ほどかかっていた処理がQ6600では3分15秒だったので効果はありそうです。ただし、マルチスレッド対応ではないREFMACなどではどのぐらいの効果があるかはわかりませんが・・・マザーが45nmに対応していないようなので(さすがに買ってみて動かないとショックなので)これ以上のアップグレードは望めません。
以上、あまり解析には関係ないネタでした。
SP8ロボットを使おう！(2)
SPACEを使うためのツール群が揃ったところでサンプルを凍結させてSPring-8に発送します。
サンプルを凍結しながら測定用のWebインタフェースであるD-Chaにデータを入力するので結晶を詰める作業スペースの近くにネットワークにつながったPCがあった方が便利でしょう。また、D-ChaをSPring-8外から使うためには接続用ユーザーアカウントとクライアント証明書が必要なのでスタッフに申請して取得しておきます。
その他必要なものとして、SPACE専用ピンを作成するためのサンプルループ、凍結用の液体窒素などが必要になります。また、凍結作業前日にドライシッパーへの液体窒素吸着作業が必要になります。作業といっても液体窒素をドライシッパーに満たしておくだけですが、ドライシッパーの吸着材に液体窒素が染み込むのに半日〜1日の余裕をみた方がいいでしょう。冷えていない状態ではまず10Lほど液体窒素をいれておきます。
以上の準備が整ったらいよいよサンプルを凍結させ、SPACE専用トレイに詰めます。
詰めるための手順はここ(http://bioxtal.spring8.or.jp/manuals/preparation_sp_ja.html)にあるので参考にしてください。新型治具(いわゆる液体窒素ジャボ漬け)を使えば慣れれば1個あたり1-2分で可能だと思います。トレイには結晶を51個詰めることが可能です。
なお、液体窒素は結構必要ですのですぐに汲めない環境の場合は余裕を持って用意しておくことをおすすめします。ドライシッパー用に10-15L、凍結作業用にも同じぐらいの量は最低限用意しておきたいところです。
以上の準備が全て整ったらSPring-8に送付します。送付する場合、気を付けることは宅配便の宛先に担当者の内線番号を書いておいた方がよいということです。また、到着時間は午後にしておくとよいでしょう(午前中はスタッフの方がビームタイム切り替えですぐ受け取れない場合があるため)。
サンプルを凍結しながら測定用のWebインタフェースであるD-Chaにデータを入力するので結晶を詰める作業スペースの近くにネットワークにつながったPCがあった方が便利でしょう。また、D-ChaをSPring-8外から使うためには接続用ユーザーアカウントとクライアント証明書が必要なのでスタッフに申請して取得しておきます。
その他必要なものとして、SPACE専用ピンを作成するためのサンプルループ、凍結用の液体窒素などが必要になります。また、凍結作業前日にドライシッパーへの液体窒素吸着作業が必要になります。作業といっても液体窒素をドライシッパーに満たしておくだけですが、ドライシッパーの吸着材に液体窒素が染み込むのに半日〜1日の余裕をみた方がいいでしょう。冷えていない状態ではまず10Lほど液体窒素をいれておきます。
以上の準備が整ったらいよいよサンプルを凍結させ、SPACE専用トレイに詰めます。
詰めるための手順はここ(http://bioxtal.spring8.or.jp/manuals/preparation_sp_ja.html)にあるので参考にしてください。新型治具(いわゆる液体窒素ジャボ漬け)を使えば慣れれば1個あたり1-2分で可能だと思います。トレイには結晶を51個詰めることが可能です。
なお、液体窒素は結構必要ですのですぐに汲めない環境の場合は余裕を持って用意しておくことをおすすめします。ドライシッパー用に10-15L、凍結作業用にも同じぐらいの量は最低限用意しておきたいところです。
以上の準備が全て整ったらSPring-8に送付します。送付する場合、気を付けることは宅配便の宛先に担当者の内線番号を書いておいた方がよいということです。また、到着時間は午後にしておくとよいでしょう(午前中はスタッフの方がビームタイム切り替えですぐ受け取れない場合があるため)。
SP8ロボットを使おう！(1)
前回のエントリでSPring-8のロボットを使用した測定について書いてみようと思っていたのですが、結局中途半端な記事になってしまったので再度書いてみます。
SPring-8のロボット(SPACE)は現在はBL38B1で使用可能で、近いうちに(2009Bぐらい？)BL41XUでも使用できるようになるようです。
ロボットを使うためにはロボット用の専用ピンやトレイが必要になるのでビームラインから借りることになります。従ってあらかじめビームラインスタッフと相談しておくとスムーズに事が進むと思います。私たちは今回BL38B1での測定でしたのでBL38B1スタッフに連絡をしました。
測定を行う前の作業としては、あらかじめトレイに結晶を凍結して詰め、測定前日までにSPring-8に到着するように送付するということがあります。
まずは、専用トレイやピンをSPring-8から送ってもらいます。ビームラインではいくつかセットが用意されていますのでリクエストすれば日程に合わせて送付してもらえると思います。今回、私たちのビームタイムは20日(月曜日)でしたので17日(金曜日)に到着するように送付すると安心です。土日でもあらかじめ連絡しておけば受け取ってくれると思いますが、ビームラインスタッフの負担もありますので可能な限り平日にしておく方が無難だと思います。で、私たちの研究室からSPring-8までの日数を約2日とすると15日(水曜日)発送がよさそうです。で、前日に結晶を準備するとして・・・ということで余裕を持って6日の週に到着するようにお願いしました。余裕を持たせすぎてごめんなさい＞スタッフ様
以上のように大体、測定日の一週間前には手元にロボット用ツールが届いているようにすれば大丈夫だと思います。
届いたドライシッパーとツール一式
続いて、届いたツールを使って準備を行います。まだ、準備してないのでまた次回・・・
p.s.
内容におかしな事があれば補足説明など下さい＞SP8 BLスタッフ様
SPring-8のロボット(SPACE)は現在はBL38B1で使用可能で、近いうちに(2009Bぐらい？)BL41XUでも使用できるようになるようです。
ロボットを使うためにはロボット用の専用ピンやトレイが必要になるのでビームラインから借りることになります。従ってあらかじめビームラインスタッフと相談しておくとスムーズに事が進むと思います。私たちは今回BL38B1での測定でしたのでBL38B1スタッフに連絡をしました。
測定を行う前の作業としては、あらかじめトレイに結晶を凍結して詰め、測定前日までにSPring-8に到着するように送付するということがあります。
まずは、専用トレイやピンをSPring-8から送ってもらいます。ビームラインではいくつかセットが用意されていますのでリクエストすれば日程に合わせて送付してもらえると思います。今回、私たちのビームタイムは20日(月曜日)でしたので17日(金曜日)に到着するように送付すると安心です。土日でもあらかじめ連絡しておけば受け取ってくれると思いますが、ビームラインスタッフの負担もありますので可能な限り平日にしておく方が無難だと思います。で、私たちの研究室からSPring-8までの日数を約2日とすると15日(水曜日)発送がよさそうです。で、前日に結晶を準備するとして・・・ということで余裕を持って6日の週に到着するようにお願いしました。余裕を持たせすぎてごめんなさい＞スタッフ様
以上のように大体、測定日の一週間前には手元にロボット用ツールが届いているようにすれば大丈夫だと思います。
届いたドライシッパーとツール一式
続いて、届いたツールを使って準備を行います。まだ、準備してないのでまた次回・・・
p.s.
内容におかしな事があれば補足説明など下さい＞SP8 BLスタッフ様
J. Failed Crystallization Experiments
CCP4BBによるとついに"Journal of Failed Crystallization Experiments"が創刊されるそうです。
隔月刊で失敗した結晶化プロジェクトやトライアルというエキサイティングな分野を取り上げます。
[ccp4bb] [ANNOUNCE] Journal of Failed Crystallization Experiments
長いので文章は読んでませんが・・・こういうのがさらりと流れるところがいーですねCCP4BB(^^)。懐の深さを感じます。
隔月刊で失敗した結晶化プロジェクトやトライアルというエキサイティングな分野を取り上げます。
[ccp4bb] [ANNOUNCE] Journal of Failed Crystallization Experiments
長いので文章は読んでませんが・・・こういうのがさらりと流れるところがいーですねCCP4BB(^^)。懐の深さを感じます。
MOLREPのバグフィックス
- 2009.04.01 Wednesday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
CCP4BBにMOLREPのバグフィックスのアナウンスが流れてました。
Rotation functionを固定したときにエラーが出てプログラムが停止するというものです。2008年11月に紛れ込んだそうな。
作者のAlexeiさんのホームページから取得してくれとのこと。
オリジナルメッセージは以下のアーカイブをどうぞ。
Re: [ccp4bb] Error with molrep when using locked srf.
なお、作者のAlexeiさんのホームページは以下です。
http://www.ysbl.york.ac.uk/~alexei/
Rotation functionを固定したときにエラーが出てプログラムが停止するというものです。2008年11月に紛れ込んだそうな。
作者のAlexeiさんのホームページから取得してくれとのこと。
オリジナルメッセージは以下のアーカイブをどうぞ。
Re: [ccp4bb] Error with molrep when using locked srf.
なお、作者のAlexeiさんのホームページは以下です。
http://www.ysbl.york.ac.uk/~alexei/
CCP4 6.1.1
- 2009.02.27 Friday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
気がつけば23日にCCP4 6.1.1がリリースされているようですね。(http://www.ccp4.ac.uk/)
相変わらずのダウンロードサイズ1Gbytes。ダウンロード予測時間が1時間ってことで現在ダウンロードしています。
ドキュメントによると今回の変更点は
原文 -- http://www.ccp4.ac.uk/html/CHANGESinV6_1.html
インストールなどで変更点があればまたWikiのほうにまとめようと思います。
相変わらずのダウンロードサイズ1Gbytes。ダウンロード予測時間が1時間ってことで現在ダウンロードしています。
ドキュメントによると今回の変更点は
- ビルド
- Intel Compiler 11 -- ほぼサポート(mostlyって何だ・・・)
- プログラム変更
- PDB_EXTRACT -- 3.004
- REFMAC5 -- 5.5.0071
- POINTLESS -- 1.3.1
- MMDB -- 1.19
- Monomer dictionariesのアップデート
- REFMAC55 -- SAD精密化のよりよい統合環境
- BP3 -- インタフェース追加
原文 -- http://www.ccp4.ac.uk/html/CHANGESinV6_1.html
インストールなどで変更点があればまたWikiのほうにまとめようと思います。
Core i7を試す
隣のチームにIntel Core i7のサーバ(Core i7 940 2.93GHz + DX58SOマザー)が入ったので少々遊ばせてもらってます。
今回のインストールディストリビューションはCentOS 5.2(i386)です。64ビットにしなかったのは古い解析プログラムなどを動作させるのに苦労するのを避けたかったからです(^^;。
Wikiにも書きましたが、ネットワーク以外はすんなりとインストールできました。そんなわけで早速CNSで簡単なベンチマークをしてみましたが、Core2 Quad 2.4GHzよりも30%程度速度が向上し、Pentium Dual-Core 1.8GHzよりも50%程度速度が向上したようです。
まあ、本体の価格も20-25万円程度なのでバリバリ解析用PCとしてはほどよいのではないかと思いました。
今回のインストールディストリビューションはCentOS 5.2(i386)です。64ビットにしなかったのは古い解析プログラムなどを動作させるのに苦労するのを避けたかったからです(^^;。
Wikiにも書きましたが、ネットワーク以外はすんなりとインストールできました。そんなわけで早速CNSで簡単なベンチマークをしてみましたが、Core2 Quad 2.4GHzよりも30%程度速度が向上し、Pentium Dual-Core 1.8GHzよりも50%程度速度が向上したようです。
まあ、本体の価格も20-25万円程度なのでバリバリ解析用PCとしてはほどよいのではないかと思いました。
本年もよろしく
2009年が始まりました。
私は元日早々食中毒にヒットしてしまい、今日はまだ自宅療養中です。
いきなり波乱の年になりそうな予感がします。
そんなわけでWikiのほうの更新はもう少し後になると思いますが、今年もよろしくお願いします。
今年はプログラムの使い方やもう少し実践的な内容が充実させて行ければなーと思ってます。
みなさんの構造解析が実りある年になりますよーに。
私は元日早々食中毒にヒットしてしまい、今日はまだ自宅療養中です。
いきなり波乱の年になりそうな予感がします。
そんなわけでWikiのほうの更新はもう少し後になると思いますが、今年もよろしくお願いします。
今年はプログラムの使い方やもう少し実践的な内容が充実させて行ければなーと思ってます。
みなさんの構造解析が実りある年になりますよーに。
今年もあとわずか
年末なのに私のいる地方ではなんだか寒くなく、あまり年末という感じがしませんがともかく2008年も残すところあとわずかとなりました。
BiokidsBlogがどこまで有用な情報を提供できたかは甚だ疑問ですが、今年はこれにて更新を終了します。
2009年も皆様の構造解析ライフが満ち足りたもの(そしてハッピーになれますよう)であることを祈りつつ・・・
BiokidsBlogがどこまで有用な情報を提供できたかは甚だ疑問ですが、今年はこれにて更新を終了します。
2009年も皆様の構造解析ライフが満ち足りたもの(そしてハッピーになれますよう)であることを祈りつつ・・・