BioKids Blog (beta)

休暇で情報が少々遅れましたがCCP4 6.1.2がリリースされています。主な変更点は以下のようです。

• インストール
  • ccp4.setup-distの名前をccp4.setup-cshに変更
  • ccp4i, crank, imosflm起動スクリプトをbinディレクトリにコピー
  • インストール時においてcshを使わない。shに変更されたようです
• プログラム
  • POINTLESS 1.3.9
  • SCALA 3.3.15
  • REFMAC5 5.5.0101 (PHOUTコマンドがBUCCANEER用に追加された)
  • MOLREP 10.2.31
  • SFCHECK 7.3.13
  • SIGMAA Ian Tickle氏による新版
  • OASIS マイナーアップデート
• GUI関係
  • CRUNCH2 実験位相決定の新規インタフェース
  • CRANK 1.3
  • CCP4iデータベースバックエンドを標準でOFF(開発者以外にはたぶん関係なし)
• その他バグフィックス
  • IMOSFLM, POINTLESS, REFMAC5, CTRUNCATE, MOLREP, TLSANL, その他
• 既知の問題
  • IMOSFLM インタフェースのバッチジョブ(?)で起動しない
  • SCALEPACK2MTZ インプットファイルから対象を読み込まない(致命的と違うのか？)
  • DBhandlesはPython 3.0で使用できない(開発者以外関係なし)

使用感などコメントよろしくお願いします。

8/7に東大駒場キャンパスで開催されたPDBj講習会に初めて参加してみました。 正直なところPDBの検索はPDB.org(RCSBサイト)でしか行ったことがなかったので、新しく知ることが多く結構楽しめました。

• PDBjとその利用について
• PDBのデータとその見方・探し方
• EM NavigatorとYorodumiで3次元構造を眺める
• eF-site/eF-surf/sF-seekによるタンパク質分子表面構造の利用
• ProMode/ProMode-Oligomerでタンパク質の揺らぎを観察する
• PDBjにおける構造バイオインフォマティクスのツール

PDBデータの探し方についてはおそらくPDB.orgを普段使っているような人なら問題なく使えると思います。検索条件が一覧になっているのでおそらく好みの問題な気もします。その他、EM Navigator(電子顕微鏡のデータを扱う)、ProMode(分子のダイナミクスを扱う)は視覚的に楽しめるツールで、教育目的にはちょうどいいのかもしれません。そっち方面の専門的なことはよくわからないのでそのデータをどのように役立てるかっていうのまでは理解できずでしたが(^^;。
正直、これまでPDBjはPDBの登録ぐらいにしか使ったことはありませんでしたが、いろいろ楽しめるツールが用意されてるんだなーという印象を受けました。みなさんも積極的に使って見てはどうでしょうか？

• PDBjのホームページ -- http://www.pdbj.org/index_j.html
• PDBj講習会 in 東大駒場 -- http://www.pdbj.org/pdbj_workshop_j.html

最近では使ってる人をあまり見かけなくなりましたがRasMol 2.7.5がリリースされたとCCP4BBに流れました。
2.7.4.2が2.7.4シリーズでは最終リリースらしいです。なお、CCP4 6.1.1に含まれているのは2.7.2.1です。
2.7.5での変更点は以下の通りです。

• SBEVSLムービーコマンドのサポート
• Le-Richards surface approximationってのがpseudo-Gaussian電子密度で作成できるようになった？
• 原子の選択がマップ近傍で行えるようになった
• マップの色分けを近くの原子によって行えるようになった
• GTK版の大幅な性能向上

RasMolのページ -- http://sf.net/projects/openrasmol

久しぶりに試してみようかな？

おかげさまでBioKidsもそれなりにアクセス数が増えてきましたので、告知スペースを作ってみようと画策中。告知スペースといっても有料で掲載するわけではなく、ただ単にこんな情報あるからよろしくー、というようなノリです(たまにJPXTALに流れるような情報を掲載できるといいですね)。
自由に編集ができると管理が大変なので、送信フォームか何かで管理者に連絡してもらい、それを掲載しようかと考えています。現段階での基本姿勢は、

• 情報へのリンク
• 公式公開情報であること(公開されているホームページが存在すること)
• 営利、非営利問わず(掲載は管理人判断)

というようなものです。
情報へのリンク、とは告知したい情報が掲載されているWebページへのリンクという意味で、細かい解説等の掲載ではないということです。つまり、告知タイトル、一行程度の説明、担当者(最低限、所属)を載せようかと思っています。情報へのリンクということなので公式に公開された情報であることが条件です。また、とりあえずは営利、非営利を問わずに載せようと思ってますが、これは例えば新しい便利なキットや有用な講習会などは広く通知された方が構造生物界にとってプラスであると考えるためです。
とりあえずは様子を見ながら徐々に始めると思いますのでご意見よろしくお願いします。あまり需要がなさそうなら無理には続けません(^^;。
もしすでに構造生物業界用のそういうサイトをご存じの方がいれば教えて下さい。すでにあるなら用意する必要もないですし・・・

Project VineよりVine Linuxの最新版に当たる5.0のbeta-1がリリースされましたので、VirtualBox環境にて試してみました(^^)。まあこの期に及んでVineにこだわる必要があるかは議論の余地がありますが・・・
x86版(32bit)のCDイメージでクライアントPCのセットアップでインストール後、構造解析プログラムがインストール可能かを試してみました。
今のところCCP4-6.1.1(Generic x86)およびCoot 0.6pre1-2131(Fedora4,GTK2)をインストールしてみましたがとりあえずは問題なさそうです。なお、Ubuntu版Cootは動作しませんでした。

CCP4
CCP4i起動時にlibstdc++.so.5がないと怒られました。これはCCP4iが使用するPythonプログラムが古いためだと考えられます。この問題を解決するために環境変数PATHの先頭に/usr/binが来るようにして/usr/bin/pythonが使用されるようにしたところ無事に起動しました。なお、CCP4iで使用されるフォントがVine4の時と変わっていました。xorg.confのFontPath設定を行うことで元に戻りました。

Coot
Cootは座標の読み込みとMTZの表示まで確認済みです。ただ、VirtualBoxの3Dアクセラレーションとの相性か、ダイアログボックスの表示でボタンが表示されないなどの不具合が見られました。解決方法は今のところ不明です。

とりあえずVine5はβ版ですので実機でのテストはしないつもりです。今後リリース版に期待です。

発表用のポスターのお絵かきをするために久しぶりにPyMOLをいじっていたら、水素結合ネットワークの図を描くのに楽がしたくなりました。まあ、40個ほどの結合なので自力で描けないことはないのですが、今後のためにもPyMOLのスクリプトをちょっとかじっておこうとポチポチと調べてみました。とりあえずはLIGPLOTのhhb(水素結合リスト)ファイルを読み込んでdistanceコマンドで線を結ぶというような単純なものですが、結構簡単に作れました。私はまだまだPython初心者なのでしょーもないところで時間をとりましたが、Pythonを使える方なら余裕だと思います。
すでにバリバリ使っている方もいらっしゃるかもしれませんが、世の中には便利なPyMOL用Pythonスクリプトも公開されていますし、ちょっとしたルーチンなら簡単に作れると思います。時間があるときにスクリプティングの基本をPyMOLコーナーで解説したいと思いますのでお楽しみに！

Mozilla Firefoxの新版Ver.3.5がリリースされました。
早速ダウンロードして使って見ましたが、3.0よりもサクサク動作するような気がします。何よりも画面描画が速くなっているようです。
その他、Webページの表示などは特に変わってないように見えました。
機会があれば試してみてはどうでしょうか？

ようやく注文していたShuttle SG31G2が届きました。
マザーが死んだとき、CPUとかメモリを道連れにしてないかと心配してましたが、無事に稼働(^^)。
とりあえずは慣らし運転と言うことでシステムバスを300MHzで稼働中。333MHzでは問題なく動いたので慣らしが終わったらそのあたりで。
いやはや、とりあえずめでたしめでたし(実は若干電源容量に不安がありますが)。

• Shuttle SG31G2
• Core2Quad Q6600 (3.0GHz O.C.)
• Trascend TX1066QLU-4GK (2GBx2;DDR2-1066 O.C.)
• HDD HGST Deskstar 500GB x 2
• ASUS EN8400GS SILENT/HTP/512M

解析用PCをいじっていたときにたまたまマザーボードの上にネジを落としてしまいました。
落とした瞬間システム停止・・・
カード類の接触がおかしくなったのかと思いきや、電源が入らなくなりました。ボード上にネジを見つけて取り出すと熱かった上に若干焦げ臭かったので、ショートしたのだと思われます。つまり、敢えなく死亡(XX)。
電源を入れるとファンは回るのですがそれ以上進みません。
ネジ一本でこんな事になったのは初めてです。

みなさんもPCをいじるときは電源をきちんと落としましょう(--;。
しばらく解析できんかも・・・

XIA2の新バージョンが出たとPFのYさんに教えてもらいXIA2のブログをチェック。
今回のメジャーな変更点は並列化と書いてあります。MOSFLMでの処理を並列で行うようになったそうな。試したわけではないので正確なことはいえないのですが、まだ4コアを使い切るようにはなってないようです。ブログでは次期リリースには使用するコア数を指定できるようにしたいと書いてありました。

A common complaint I get is that xia2 does not use e.g. all 4 cores in a 4 core machine. Well, it does if you tell it with -parallel N where N is e.g. 4. So anyway, xia2 should be clever, so the next release will figure out how many cores (if you don't tell it) and use all of them by default.

今後CCP4も並列化に向けて本格的に動き出すかもしれませんね。