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XIA2 0.3.0.0

XIA2の新バージョンが出たとPFのYさんに教えてもらいXIA2のブログをチェック。
今回のメジャーな変更点は並列化と書いてあります。MOSFLMでの処理を並列で行うようになったそうな。試したわけではないので正確なことはいえないのですが、まだ4コアを使い切るようにはなってないようです。ブログでは次期リリースには使用するコア数を指定できるようにしたいと書いてありました。
A common complaint I get is that xia2 does not use e.g. all 4 cores in a 4 core machine. Well, it does if you tell it with -parallel N where N is e.g. 4. So anyway, xia2 should be clever, so the next release will figure out how many cores (if you don't tell it) and use all of them by default.
今後CCP4も並列化に向けて本格的に動き出すかもしれませんね。

MOLREPのバグフィックス

CCP4BBにMOLREPのバグフィックスのアナウンスが流れてました。
Rotation functionを固定したときにエラーが出てプログラムが停止するというものです。2008年11月に紛れ込んだそうな。
作者のAlexeiさんのホームページから取得してくれとのこと。

オリジナルメッセージは以下のアーカイブをどうぞ。
Re: [ccp4bb] Error with molrep when using locked srf.

なお、作者のAlexeiさんのホームページは以下です。
http://www.ysbl.york.ac.uk/~alexei/

CCP4 6.1.1

気がつけば23日にCCP4 6.1.1がリリースされているようですね。(http://www.ccp4.ac.uk/)
相変わらずのダウンロードサイズ1Gbytes。ダウンロード予測時間が1時間ってことで現在ダウンロードしています。
ドキュメントによると今回の変更点は
  • ビルド
    • Intel Compiler 11 -- ほぼサポート(mostlyって何だ・・・)
  • プログラム変更
    • PDB_EXTRACT -- 3.004
    • REFMAC5 -- 5.5.0071
    • POINTLESS -- 1.3.1
    • MMDB -- 1.19
    • Monomer dictionariesのアップデート
    • REFMAC55 -- SAD精密化のよりよい統合環境
    • BP3 -- インタフェース追加
その他、バグ修正などです。
原文 -- http://www.ccp4.ac.uk/html/CHANGESinV6_1.html
インストールなどで変更点があればまたWikiのほうにまとめようと思います。

CCP4 6.1.0降臨

そんなわけでCCP4 6.1.0がCCP4サイトから取得できるようになったようです。
FTPサイトからは少し前からダウンロードできましたが、ファイルなどを選択しながらダウンロードできるようになりました。正式リリースってことでしょうか。(現時点ではCCP4BBにはリリース情報が流れてませんが・・・)
今回はTypical Installationでも1GBのファイルというボリューム(分子置換プログラムBALBESのデータベースを省略すれば400MBぐらいになります)！！　現在ダウンロードしてますが1時間ぐらいはかかりそうです。
Typicalな内容は、

Database for Balbes (Data Files) -- 1653.2 MB
CCP4 Program Suite v6.1 (Executables) -- 942.5 MB
Phaser v2.1.4 and CCTBX (Executables) -- 236.7 MB
COOT v0.5 (Executables) -- 290.8 MB
CHOOCH v5.02 (Executables) -- 15.8 MB
TclTk v8.4.14 + blt-itcl-itk-tkimg-tdom-treectrl (Executables) -- 20.7 MB
Python scripting language v2.4.2 (Executables) -- 44.5 MB
Clustalw v2.0.9 (Executables) -- 10.5 MB
Fasta v35.4.1 (Executables) -- 13.9 MB
Graphviz v2.20.2 (Executables) -- 11.9 MB

となっています(RedHat8->9用パッケージ)。しかし、COOT 0.5が収録されていますがすでに0.5.2が出てるという・・・
興味のある方は試してみてください。
しかし、こんなに巨大化したら小さいシステム組めないなぁ・・・

Atomプロセッサで構造解析？

最近、Intel Atomプロセッサが流行です。
安くて消費電力も小さいモバイル向けという触れ込みですが、デスクトップとしても一応使えます。うまくすれば3万円程度でもそれなりのPCが組めるでしょう。そんなわけで、研究室用に導入したAtom330(デュアルコアAtom 1.6GHz) / RAM 2GBを使って解析能力を試してみました。マルチスレッド対応なので4コアのように動きます。

測定条件：
　プログラム：CNS 1.21 with OpenMP (Intel Compiler 11.0.074)
　精密化用データ：750残基 x2 / 3.2A

結果
Atomにも対応している方がいいだろうということでこのPC上でCNSをビルド。速いPCでも結構時間がかかるのにAtomだと相当かかりました。30分ぐらい？ま、それはいいとして。
もとになるデータをいつものPentium Dual Core 1.8GHzで処理してみるとだいたい10分。同様にAtomで処理してみると約25分でした。Atom330では4スレッドで処理できますが、そこは廉価版CPUの悲しさでやはり全然かないませんでした。まあ、それなりには使えるかなレベルでしょうね。

PyMOLチュートリアル

手がけていた精密化が一段落したのでチームミーティングで使う資料を作成するためにお絵かきをすることにしました。そんなわけで久しぶりにPyMOLを使うことにしたのですが、久しぶりに使うとなるとすぐには使い方がわからない・・・
PyMOLって慣れてしまうと使いやすいのですが、ちょっと癖があるので思い出すまでが少し大変です。そんなプログラムなので一通り手順を追いかけられるように、気合いを入れてチュートリアルを作ってみました。
お役に立てばいいな。

OpenMP版CNS

すでにCNS/インストールにまとめてありますが、OpenMP版CNS 1.21を試してみました。
OpenMPとは並列コンピューティング環境を利用するための標準化された基盤らしいのですが、もちろんIntel Compilerでも使用することができます。ただ、コンパイル時にOpenMPオプションを付けないとOpenMPタグが有効にならないようなので、そのままでは効果は得られません。

その他、使用時に重要だと思われるのはスタックサイズ(まあ、プログラム実行時に必要なメモリ領域だと考えて下さい)の設定。この設定が小さいままだとSegmentation faultまたはエラーでの停止を引き起こすようです。私は4コアの時は32MBにしてますが、果たしてそれが正しいかもよくわかりません・・・
まあ、とりあえず速く動いているからよしとしています(^^;。

MOLREP 10.2

最近、分子置換をしていたのですが、MOLREPについて調べてみると新しいバージョンがあることに気がつきました。REFMACもこまめにバージョンアップしてますし、CCP4に収録されているプログラムって各自で結構進化してるんですね。
CCP4 6.0.2のパッケージではバージョン9.2ですが本家にあるプログラムのバージョン10.2になってます。INSTALLATIONの説明を読むと「自動メモリ割り当てを使うことでバージョン9に比べて動作速度が約2倍になった」と書いてあります。バージョン10はFortran 90で書かれているようなのでFORTRAN 77との違いによるのだと思います。
ソースからビルドする方法をWikiにまとめましたが、実際に使ってみたところ20分ほどかかっていた計算が7分ぐらいになったので確かに効果はあるようです。興味のある方は試してみてはいかがでしょうか？

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