BioKids Blog (beta)
久しぶりにセットアップ
課室の人のPC環境が古かったので再セットアップ。例によってVine5.2でセットアップしました(^^;。
自分の書いた記事とはいえ、BioKidsのインストール記録はなかなか役に立つ、と自画自賛。ついでだったので、内容的に古くなったところや不足している部分を補完しました。今回はIntel Compiler 12(Parallel Studio XE 2011)を使ってみましたが特に問題はなさそうでした。
今回は時間の都合で追究できませんでしたが、NumPyで最近のIntel MKL使えるのかな？
インストール等で不足などありましたらご指摘お願いしますね。
自分の書いた記事とはいえ、BioKidsのインストール記録はなかなか役に立つ、と自画自賛。ついでだったので、内容的に古くなったところや不足している部分を補完しました。今回はIntel Compiler 12(Parallel Studio XE 2011)を使ってみましたが特に問題はなさそうでした。
今回は時間の都合で追究できませんでしたが、NumPyで最近のIntel MKL使えるのかな？
インストール等で不足などありましたらご指摘お願いしますね。
結晶学会2010！
すっかりこちらの更新を忘れてました・・・
そんなわけで2010年度結晶学会年会が終わりました。今回は60周年記念大会ということで要旨集の表紙が金色でした。それはともかく、スタッフの皆様および参加者の皆様お疲れ様でした。私は講演よりもいろんな人と話すことばかりでしたが(^^;、楽しめました。
今回は若手の会にも参加させていただき、若くもない私のお相手をしてくれた学生のみなさんもありがとうございました。いや〜、若いっていいですな。今後の活躍を期待しています。
BioKidsも結構な知名度になってきたということもわかり、私もさらに頑張ろうと思います。「そろそろ詳しい人に原稿頼んでもいいかも」というような話もでてきたりしましたので、いろんな人から原稿を集めたり、各研究室で眠っているマニュアル、保存しておきたいけど公開しておくWebスペースがないというような情報なども収集していこうかと思っています。その時はぜひご協力ください。
そんなわけで2010年度結晶学会年会が終わりました。今回は60周年記念大会ということで要旨集の表紙が金色でした。それはともかく、スタッフの皆様および参加者の皆様お疲れ様でした。私は講演よりもいろんな人と話すことばかりでしたが(^^;、楽しめました。
今回は若手の会にも参加させていただき、若くもない私のお相手をしてくれた学生のみなさんもありがとうございました。いや〜、若いっていいですな。今後の活躍を期待しています。
BioKidsも結構な知名度になってきたということもわかり、私もさらに頑張ろうと思います。「そろそろ詳しい人に原稿頼んでもいいかも」というような話もでてきたりしましたので、いろんな人から原稿を集めたり、各研究室で眠っているマニュアル、保存しておきたいけど公開しておくWebスペースがないというような情報なども収集していこうかと思っています。その時はぜひご協力ください。
Preタグ内の処理
BioKids WikiのPreタグ内のPukiWki記法も解釈されるようにしてみました。
影響が広範なのでページによってはおかしな事になってるかもしれません。何か発見したら「みんなのひろば」で教えて下さい(^^)。
影響が広範なのでページによってはおかしな事になってるかもしれません。何か発見したら「みんなのひろば」で教えて下さい(^^)。
短縮URLプラグイン
いよいよ今日から新学期ということで、心機一転頑張ろうと思う今日この頃(^^;。
Twitterに流すときなどにWikiページのURLを直接貼り付けるとそれだけで文字数を超えてしまうのでURLのパス部分を短縮するためのプラグインを作ってみました。
URLを短縮してくれるサービスはいくつかありますが、ドメインが別のものになってしまう上、リンクスパムと怪しまれるのも何なのでPukiWiki用のプラグインとして作成してみました。原理は単純で内部DBにページと短縮IDを結びつけているだけです。数字とアルファベットを組み合わせれば2桁でも十分なのでhttp://biokids.org/??の形式でアクセスできるようになります。例えばhttp://bit.ly/??????と比較してもbiokids.orgの場合、一文字多いだけ！
今のところプラグイン自体を一般公開するレベルではありませんがご要望があれば頑張るかも。
Twitterに流すときなどにWikiページのURLを直接貼り付けるとそれだけで文字数を超えてしまうのでURLのパス部分を短縮するためのプラグインを作ってみました。
URLを短縮してくれるサービスはいくつかありますが、ドメインが別のものになってしまう上、リンクスパムと怪しまれるのも何なのでPukiWiki用のプラグインとして作成してみました。原理は単純で内部DBにページと短縮IDを結びつけているだけです。数字とアルファベットを組み合わせれば2桁でも十分なのでhttp://biokids.org/??の形式でアクセスできるようになります。例えばhttp://bit.ly/??????と比較してもbiokids.orgの場合、一文字多いだけ！
今のところプラグイン自体を一般公開するレベルではありませんがご要望があれば頑張るかも。
Intel64版Intel Compiler on Vine
みんなのひろばで質問のあったIntel64版のIntel CompilerをVine5にインストールしてみました。
世界的に見ると、もちろんVineはローカルなディストリビューションなわけで、Intel Compilerは正式対応はしてません。そんな理由もあり、インストーラではRPMパッケージの検索で引っかかり、標準状態ではうまくインストールできなかったようです。
しかも、さすがに製品だけあってインストールスクリプトはバイナリなので中身の変更などはできず、インストール時のログとその時に作成されるスクリプトを頼りに引っかかってる点を特定し何とか解決することができました。
i386とx86_64アーキテクチャでプログラムの挙動が変わらないことが確かめられたらx86_64に移行してもいいと思うのですが、ちょうどよい実機が余ってなくてなかなか・・・
x86_64でバリバリ使ってる人、情報をお寄せ下さいm(__)m。
世界的に見ると、もちろんVineはローカルなディストリビューションなわけで、Intel Compilerは正式対応はしてません。そんな理由もあり、インストーラではRPMパッケージの検索で引っかかり、標準状態ではうまくインストールできなかったようです。
しかも、さすがに製品だけあってインストールスクリプトはバイナリなので中身の変更などはできず、インストール時のログとその時に作成されるスクリプトを頼りに引っかかってる点を特定し何とか解決することができました。
i386とx86_64アーキテクチャでプログラムの挙動が変わらないことが確かめられたらx86_64に移行してもいいと思うのですが、ちょうどよい実機が余ってなくてなかなか・・・
x86_64でバリバリ使ってる人、情報をお寄せ下さいm(__)m。
CCP4 6.1.3
- 2010.02.22 Monday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
みんなのひろばにも情報が寄せられましたが、CCP4の6.1.3がリリースされています。
何となく、6.1.2のマイナーアップデートな感じがしますのでどの辺が変わったのかはよくわかりません・・・オススメ事項は以下です。
何となく、6.1.2のマイナーアップデートな感じがしますのでどの辺が変わったのかはよくわかりません・・・オススメ事項は以下です。
- 2010-02-22時点の情報
- XIA2は同梱されていないようです。最新版の0.3.1.0をインストールしましょう
- COOTは0.6.0が同梱されています。0.6.1へのアップデートをオススメします
- BALBESは0.0.1が同梱されています。分子置換の成功率(私の主観 [huh])を考えると1.0.0がいいと思います
- Customize downloadの場合、COOT、BALBES、Graphvizは不要だと思われます。特にBALBES 1.0.0を持っている場合はBALBESを外した方がダウンロードが早いです(パッケージ容量のほとんどがBALBES DBのため)
CCP4 Study Weekend Live!!
CCP4BBによるとCCP4 Study Weekendをストリーム映像で配信するそうです。
ライブなので時差があると眠いかもzzz。
セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。 興味のある方は覗いてみてはどうでしょうか。ついでに新しいことを報告していただけるとうれしいです(^^;。
ライブなので時差があると眠いかもzzz。
セッションが始まる15分前からライブが始まるようです。リンクは以下。 興味のある方は覗いてみてはどうでしょうか。ついでに新しいことを報告していただけるとうれしいです(^^;。
LafireとXDS
- 2010.01.04 Monday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
新年あけましておめでとうございます。今年もBioKidsをよろしくお願いいたします。
早速ですが、Lafire 3.02およびXDSの2010年版がリリースされたようです。
共に年末で利用可能期限が切れていると思いますので使っている方はアップデートが必要になります。
早速ですが、Lafire 3.02およびXDSの2010年版がリリースされたようです。
共に年末で利用可能期限が切れていると思いますので使っている方はアップデートが必要になります。
ARP/wARP 7.1
- 2009.12.25 Friday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
ARP/wARP 7.1がリリースされたようです。主なCCP4BBによると変更点は以下の通り。
Merry Xmas!!
- A prototype of the molecular graphics ARP/wARP front-end, allowing the display of molecules and electron densities.
- A prototype version of the new module for building poly-nucleotides (DNA or RNA).
- Improved and faster protein chain tracing with higher performance at lower resolution.
- The loop building as well as helix/strand building are now also inherent parts of protein model building, resulting in enhanced model completeness.
- Refinement procedures during automated model building have been enhanced in the new versions of our preferred refinement engine, REFMAC, notably including the implementation of 'conditional restraints'.
- Direct use of experimental single-wavelength anomalous diffraction data (SAD) during model building is now also possible.
- Improved performance of automated ligand building.
- Supported computer platforms are Mac powerpc, Mac Intel and Linux (including 32 and 64-bit versions and itanium).
Merry Xmas!!
- ARP/wARP -- http://www.arp-warp.org/
SheevaPlugであそぶ
最近話題のGlobalScale社SheevaPlugを買ってみました。11/16に注文して12/9発送だったのでちょうど3週間かかりました(サイトには"Orders for this product will be delivered 2-3 weeks from the date of order."って書いてあります)。本体が$99で送料が$43.53の合計$142.53。1ドル=90円としたら12800円ってとこですね。
Development Kitの割には箱もなかなかいい感じで、普通に売ってそうな状態です(^^)。付属品はデバッグポート用USBケーブル(mini-B)、LANケーブル、電源ケーブル、ユーティリティCD、保証書です。紙のドキュメントがないところがDevKitっぽい。
写真は内容物を並べてみた物です。右のハードディスクは大きさ比較のため並べてみた2.5インチUSBハードディスク。
とりあえず、U-Bootとカーネルをアップデートしたところです。まだパワーは未知数ですがCPUが1.2GHzなのでいろいろ遊べるかも。浮動小数点演算ユニットがないらしいので計算は遅いと思いますが、恒例のCNSベンチぐらいしてみたいところです(^^;。
何かあればWikiにまとめるかも。役に立つ内容ではないと思いますが・・・
Development Kitの割には箱もなかなかいい感じで、普通に売ってそうな状態です(^^)。付属品はデバッグポート用USBケーブル(mini-B)、LANケーブル、電源ケーブル、ユーティリティCD、保証書です。紙のドキュメントがないところがDevKitっぽい。
写真は内容物を並べてみた物です。右のハードディスクは大きさ比較のため並べてみた2.5インチUSBハードディスク。
とりあえず、U-Bootとカーネルをアップデートしたところです。まだパワーは未知数ですがCPUが1.2GHzなのでいろいろ遊べるかも。浮動小数点演算ユニットがないらしいので計算は遅いと思いますが、恒例のCNSベンチぐらいしてみたいところです(^^;。
何かあればWikiにまとめるかも。役に立つ内容ではないと思いますが・・・
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