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Archive[2008/12/15]
Atomプロセッサで構造解析？
- 2008.12.15 Monday
- by どぶお
- 構造解析 > プログラム
最近、Intel Atomプロセッサが流行です。
安くて消費電力も小さいモバイル向けという触れ込みですが、デスクトップとしても一応使えます。うまくすれば3万円程度でもそれなりのPCが組めるでしょう。そんなわけで、研究室用に導入したAtom330(デュアルコアAtom 1.6GHz) / RAM 2GBを使って解析能力を試してみました。マルチスレッド対応なので4コアのように動きます。
測定条件：
プログラム：CNS 1.21 with OpenMP (Intel Compiler 11.0.074)
精密化用データ：750残基 x2 / 3.2A
結果
Atomにも対応している方がいいだろうということでこのPC上でCNSをビルド。速いPCでも結構時間がかかるのにAtomだと相当かかりました。30分ぐらい？ま、それはいいとして。
もとになるデータをいつものPentium Dual Core 1.8GHzで処理してみるとだいたい10分。同様にAtomで処理してみると約25分でした。Atom330では4スレッドで処理できますが、そこは廉価版CPUの悲しさでやはり全然かないませんでした。まあ、それなりには使えるかなレベルでしょうね。
安くて消費電力も小さいモバイル向けという触れ込みですが、デスクトップとしても一応使えます。うまくすれば3万円程度でもそれなりのPCが組めるでしょう。そんなわけで、研究室用に導入したAtom330(デュアルコアAtom 1.6GHz) / RAM 2GBを使って解析能力を試してみました。マルチスレッド対応なので4コアのように動きます。
測定条件：
プログラム：CNS 1.21 with OpenMP (Intel Compiler 11.0.074)
精密化用データ：750残基 x2 / 3.2A
結果
Atomにも対応している方がいいだろうということでこのPC上でCNSをビルド。速いPCでも結構時間がかかるのにAtomだと相当かかりました。30分ぐらい？ま、それはいいとして。
もとになるデータをいつものPentium Dual Core 1.8GHzで処理してみるとだいたい10分。同様にAtomで処理してみると約25分でした。Atom330では4スレッドで処理できますが、そこは廉価版CPUの悲しさでやはり全然かないませんでした。まあ、それなりには使えるかなレベルでしょうね。
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