インストール

Last modified: 2010-03-08 (月) 21:33:29 (5156d)

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構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール

CCP4をインストールする  

• 6.1.1の情報は以下のページです。
  • CCP4/インストール/6.1.1

• 6.0.2の情報は以下のページです。
  • CCP4/インストール/6.0.2
  • CCP4/インストール/6.0.2/CentOS

• CCP4/個別プログラムのビルド -- 自分でCCP4 Coreをビルドしたいとき
• CCP4/Advancedインストール -- ちょっとマニアな環境構築メモ
  • CCP4でIntel MKLを使うときのメモ

aptでインストール  

• python-devel
• xorg-x11-fonts-75dpi

CCP4 6.1.3のインストール  

• 2010-03-08 -- maiyoさんの質問で、6.1.3ではPDBのファイルビュワーとしてPyMOLが使えるはずなのに、Preferenceで変更しても起動せずERROR could not start PyMolとのメッセージが出るという情報が寄せられました。確認したところ、CCP4iのバグのようです。以下のファイルを修正することで改善します。

ccp4-6.1.3/ccp4i/src/fileviewer.tcl

656 #---------------------------------------------------------------------
657 proc RunPyMol { $args } {
658 #---------------------------------------------------------------------

657行目の$argsをfilenameに修正します。PHPあたりの言語と勘違いしたのかな？

656 #---------------------------------------------------------------------
657 proc RunPyMol { filename } {  <-- この行
658 #---------------------------------------------------------------------

修正した後、CCP4iを再起動すればPyMOLでPDBファイルを開けるようになります。

• 2010-02-22 -- 久しぶりに解析をすることになりましたので(^^;、6.1.3をインストールしてみました。CCP4トップページでは6.1.2なのに6.1.3リリースと書いてあるこの不思議。インストールは6.1.2と同様の手順で可能でした。相変わらずGraphviz問題は発生しますので、関連機能である[Graphical View of Project]を使いたい場合はCCP4のgraphviz-2.20.2ディレクトリを削除するか名前を変更して、aptなどでインストールしたGraphvizを使いましょう。
  • 2010-02-22時点の情報
    • XIA2は同梱されていないようです。最新版の0.3.1.0をインストールしましょう
    • COOTは0.6.0が同梱されています。0.6.1へのアップデートをオススメします。
    • BALBESは0.0.1が同梱されています。分子置換の成功率(私の主観 )を考えると1.0.0がいいと思います。
    • Customize downloadの場合、COOT、BALBES、Graphviz、Pythonは不要だと思われます。特にBALBES 1.0.0を持っている場合はBALBESを外した方がダウンロードが早いです(パッケージ容量のほとんどがBALBES DBのため)。

CCP4 6.1.2のインストール  

• 2009-11-27 -- Vine 5.0ではGraphvizの動作に問題がありました。CCP4iの[Graphical View of Project]を実行する際、"Error: Could not find/open font"というメッセージが出力されて描画されません。その際はaptでインストールしたものを使えば問題ありませんでした。GraphvizパッケージもCustomized Installationで除外可能です。
  CCP4BBによると既知の問題のようです。
  • 参考：problem with ccp4 6.1.0 installation -- https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind0902&L=CCP4BB&T=0&O=D&P=38155
• 2009-11-13 -- CCTBXの問題を解決しました。XIA2 0.3.0.0以上を使用する場合はここに示す対策が必要です。ただし0.3.0.3以上を使用する場合はCCTBXを別途インストールする必要があります。
• 2009-09-03 -- Vine 5.0ではxorg-x11-fonts-75dpiパッケージが標準ではインストールされないようでCCP4iのフォントが変わってしまいます。気になる場合はaptでインストールして下さい。
• 2009-08-28 -- Vine 5.0にてインストールを確認。6.1.1と同様ですが、Phaserがあっさり導入されるようになりました。そのため6.1.1までのように2回インストールプロセスを行う必要はないようです。
• 2009-08-24 -- Vine 4.2にてインストールを確認。6.1.1と同様です。

CCP4アーカイブの取得  

• 6.1.2収録のBALBES, COOT, XIA2は旧版なので新バージョンのインストールをおすすめします。Customized Installationで選択解除すると容量を減らせます(特にBALBES)。

CCP4のサイトから取得します。2009年11月現在では以前のように細かく分かれていません。Linux -> generic linux (x86)を取得します。現時点ではBALBES、COOTは新バージョンをインストールする必要があるのでCustomized InstallationでBALBESとCOOTを除いたバイナリパッケージを選択するといいかもしれません(ダウンロード容量が半分以下になります)。選択が面倒ならTypicalで。なお、Typicalでは以下のパッケージがインストールされます。

Typicalパッケージの場合圧縮ファイルで1GB程度になり、CustomでBALBESとCOOTを除いた場合、ダウンロードサイズは400MB程度です。ファイル名はCCP4-Linux.tarになります。

インストール  

6.1.1以前のバージョンよりも格段にインストールしやすくなりました。
最近XIA2の0.3.0.3をインストールしてみて気づいたのですが、CCTBX(Computational Crystallography Toolbox;PHASERなどから利用されているライブラリパッケージ。XIA2も使う)の問題があるのでPythonまわりでちょっとした手順が必要になります。

• ccp4-6.1.2.install.patch -- CCTBX問題回避用インストーラ修正パッチ

# mkdir /usr/local/ccp4-6.1.2
# cd /usr/local/ccp4-6.1.2
# tar xvf CCP4-Linux.tar
# patch -p0 < ccp4-6.1.2.install.patch   <-- CCTBX問題回避用パッチ(install.sh用)
# ./install.sh

出力例：

 #############################
 # INSTALLER FOR CCP4 v6.1.2 #
 #############################

Installing the following packages:
 (選択されたパッケージが表示されます)

Do you want to keep all default parameters for installation (yes/no):
 Currently [yes]
 NB: By default, the crystallographic packages will be extracted and built here.
(通常はこのまま/usr/local/ccp4-6.1.2にインストールするのでEnter)

  We are now ready to install :
  (インストールされるパッケージ)
 NB: The remaining usually does not require your intervention.
If it is your first installation of CCP4 you might be prompted to agree licence first.
Press any key to start.
(Enter)

unpacking program packages...
...各プログラムのインストール表示
Do you want to have your environment set up through
 your terminal resource file, so each time you open a terminal
it is ready to go (y/n):
 Currently [y]
(n; 現在の環境にsourceを追加するかということ。rootユーザーに追加する必要はないので"n"を入力してEnter)

6.1.1以前とは異なり一度だけでPHASERも問題なくインストールされるようです。

undefined symbol: PyUnicodeUCS2_FromUnicode

環境設定  

ユーザーごとの環境設定をすれば完了です。

.cshrcに追加

source /usr/local/ccp4-6.1.2/setup-scripts/csh/ccp4.setup
source /usr/local/ccp4-6.1.2/setup-scripts/csh/ccp4-others.setup

.bashrcに追加

source /usr/local/ccp4-6.1.2/setup-scripts/sh/ccp4.setup
source /usr/local/ccp4-6.1.2/setup-scripts/sh/ccp4-others.setup

最後の処理  

インストール時に使用したファイルを削除します

• /usr/local/ccp4-6.1.2/*.tar.gz <-- アーカイブなのでインストール後は不要

ファイルの所有者をrootにしておきます。

# chown -R root:root /usr/local/ccp4-6.1.2

メジャーなプログラムのインストール  

付属しているプログラムで古いものを新しいバージョンに入れ替えます。

• COOT 0.6pre1 -- COOTのインストール
• XIA2 0.3.0.6 -- XIA2のインストール(XDSを使うならXIA2 0.3.0.0以上が必要)
• BALBES 1.0.0 -- BALBESのインストール(0.0.1は動作しませんでした)
• ARP/wARP 7.0.1 -- ARP/wARPのインストール

インストール時のトラブル  

CCP4を使用する上で気づいたトラブルをメモしておきます

PyMOLのExternal GUIが起動しない  

Vine 4.2ではCCP4 6.1環境ではPyMOLのExternal GUIが起動しなくなりました。これは、PymolのTkインタフェースへのパスの問題のようです。

• 解決方法：TclError: Can't find a usable init.tcl

Tclライブラリの問題 -- Ver.6.1.0、6.1.1共通  

MAPSLICERが起動しませんでした(6.0.2では確認してません)。以下のエラーで停止しました。

Application initialization failed: Can't find a usable init.tcl in the following directories:
    /home/fr45/tcltk++/Linux/lib/tcl8.4 /usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/lib/tcl8.4 /usr/local/ccp4-6.1.1/lib/tcl8.4 /usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/library /usr/local/ccp4-6.1.1/library /usr/local/ccp4-6.1.1/tcl8.4.18/library /usr/local/tcl8.4.18/library /home/fr45/tcltk++/Linux/lib/tcl8.4

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

Error in startup script: invalid command name "wm"
    while executing
"wm withdraw ."
    (file "/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/ccp4i/bin/mapslicer.tcl" line 12)
    invoked from within
"source [file join $env(CCP4I_TOP) bin mapslicer.tcl]"
    (file "/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/ccp4i/bin/mapslicer" line 40)

解決方法

PyMOLと同様にTclライブラリへのパスが通っていません。環境変数TCL_LIBRARYへのパスをセットします。

% setenv TCL_LIBRARY $CCP4I_TCLTK/../lib/tcl8.4

.cshrcにセットする場合はccp4.setupを読み込んだ後の行に追記して下さい。

libccp4mapの問題 -- Ver.6.1.1  

TCL_LIBRARYが適切にセットされていても起動しませんでした。

Couldn't find (or load) the MapSlicer command library ("ccp4map" package)
Error: couldn't load file "/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/lib/libccp4map.so": /usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/lib/libccp4map.so: undefined symbol: ccp4_file_itemsize
This should have been built as part of the main CCP4 installation, however
it is not available on all platforms.
Stopping

解決方法

libccp4map.soでccp4_file_itemsizeが解決されていないようです。$CCP4/ccp4i/bin/mapslicerスクリプトを確認してみるとlibccp4map.soが存在する場合、$CCP4/bin/ccp4mapwishを起動するようになっていますが、この時libccp4map.soを使うために起こっているのだと思われます。CCP4のProblemsに解決方法がありました。

1. CCP4 Problems -- MAPSLICER libccp4map.so: undefined symbol: ccp4_file_itemsize
   ここにあるlibccp4map.soを適用します。またはlibccp4map.soを削除します。
2. リビルドしたlibccp4map.soを使う
   Problemsにあると気づかなかったので自分でビルドしました 。一応残しておきます。
   シンボルの問題を解決したlibccp4map.soを作成します。私の環境でビルド時にlibccp4cをリンクしたlibccp4map.soを作成しましたのでよかったらどうぞ。以下のファイルを$CCP4/lib/libccp4map.soに上書きコピーします。ccp4mapwishをビルドし直してもいいと思いますが。
   • &ref(): File not found: "libccp4map.so" at page "CCP4/インストール"; -- Vine 4.2(GCC 3.3.6)でコンパイル
     $CCP4/src/ccp4mapwish_以下のMakefileを以下のように修正してビルドしました。

     60 MAPSLICER_SHARE = gcc -fPIC -shared -Wl,-h -Wl,libccp4map.so -Wl,--whole-archive -o libccp4map.so libccp4map.a ../../lib/libccp4c.a -Wl,--no-whole-archive

     他のプログラムへの影響は不明です 。

添付ファイル: ccp4-6.1.2.install.patch 2841件 [詳細]