構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール

CCP4をインストールする  

6.0.2の情報は以下のページです。

CCP4 6.1.2のインストール -- Vine 5Vine 4  

CCP4 6.1.1のインストール -- Vine 4  

2年ぶりのメジャーバージョンアップであるCCP4 6.1.0をインストールしてみます。
このバージョンでは様々なプログラムが追加されていますが、中でも自動分子置換プログラムであるBALBESが使用するデータベースファイルが最大です。圧縮状態でも600MBほどあり、CCP4パッケージと併せて1GBになってしまいます。そのためBALBESを使用しないならDBファイルなしでもいいかもしれません(Typicalを選択すると入っています)。

注意点  

CCP4の取得  

いつものようにCCP4のサイトから取得します。Vine 4.2ではRedHat8->9を選択します。6.0よりもパッケージの選択が細かくなりましたので通常はTypical Installationでいいと思います。前述のようにBALBES DBをインストールしないならCustomized Installationを選択するとよいでしょう。
Typicalでは以下の通り。

プログラム名展開後ファイルサイズ
Database for Balbes (Data Files)1653.2MB
CCP4 Program Suite v6.1 (Executables)942.5MB
Phaser v2.1.4 and CCTBX (Executables)236.7MB
COOT v0.5 (Executables)290.8MB
CHOOCH v5.02 (Executables)15.8MB
TclTk v8.4.14 + blt-itcl-itk-tkimg-tdom-treectrl (Executables)20.7MB
Python scripting language v2.4.2 (Executables)44.5MB
Clustalw v2.0.9 (Executables)10.5MB
Fasta v35.4.1 (Executables)13.9MB
Graphviz v2.20.2 (Executables)11.9MB
Total estimated unpacked size3240.6MB
Estimated size of compressed download file1053.1MB

こんな感じです。でかい!ファイル名はCCP4-Lin.tarになるはずです。

インストール  

Typicalなパッケージを使うとBLTなどのインストールが不要なのでインストールは簡単です。ただ、ファイルサイズが大きいので意外なほど時間がかかります・・・
さらに、私の環境ではPHASERがすんなり入らず、一度CCP4の環境をセットアップした後、再度インストールする必要がありました。
CCP4 6.0.2を念のため置いておく場合は別ディレクトリにインストールしましょう。6.0.2からのアップグレードも可能なようですので置き換えてしまいたい場合は展開された際にできるREADMEファイルを確認してください。

# mkdir /usr/local/ccp4-6.1.1
# cd /usr/local/ccp4-6.1.1
# tar xvf CCP4-Lin.tar
# ./install.sh

 #############################
 # INSTALLER FOR CCP4 v6.1.0 #
 #############################

Installing the following packages:
 (選択されたパッケージが表示されます)

Do you want to keep all default parameters for installation (yes/no):
 Currently [yes]
 NB: By default, the crystallographic packages will be extracted and built here.
(通常はこのまま/usr/local/ccp4-6.1.1にインストールするのでEnter)

  We are now ready to install :
  (インストールされるパッケージ)
 NB: The remaining usually does not require your intervention.
If it is your first installation of CCP4 you might be prompted to agree licence first.
Press any key to start.
(Enter)

unpacking program packages... (3GBほど展開するので相当時間がかかります)
...各プログラムのインストール表示
Do you want to have your environment set up through
 your terminal resource file, so each time you open a terminal
it is ready to go (y/n):
 Currently [y]
(現在の環境にsourceを追加するかということ。rootユーザーに追加する必要はないので"n"を入力してEnter)

これで完了と思いきや、PHASERがまだインストールされていませんので注意!CCP4-6.1.2ではインストールされるようなので2度目は不要のようです。
どうやらPHASERのインストールはCCP4の設定がないとうまくインストールされないようです。そのため、インストールされたCCP4を使って再度インストールしてみます。上のまま続けてください。

# source setup-scripts/sh/ccp4.setup
# source setup-scripts/sh/ccp4-others.setup
# ./install.sh

We have detected an existing installation at /usr/local/ccp4-6.1
Would you like to use install there? (yes/no):
 Currently [yes]
 (Enter)
Do you want to keep all default parameters for installation (yes/no):
 Currently [yes]
 NB: By default, the crystallographic packages will be extracted and built here.
  We are now ready to install :
   (プログラム一覧)
 NB: The remaining usually does not require your intervention.
If it is your first installation of CCP4 you might be prompted to agree licence first.
Press any key to start.
(Enter)
unpacking program packages...
  Warning: Program package seems to be already unzipped! extracting them...
(1度目と同様に時間がかかります・・・)

Do you want to have your environment set up through
 your terminal resource file, so each time you open a terminal
it is ready to go (y/n):
 Currently [y]
(n)

以上で本体のインストールは完了です。

アップデートパッチの導入 -- 6.1.1  

Ver.6.1.1ではREFMACのGUIおよびccp4map.soなどの不具合修正済みアップデートが公開されていますので、インストール後に導入します。

# cd /usr/local/ccp4-6.1.1 <-- 環境に合わせます
# tar zxvf ccp4-6.1.1-linux-i386-patch-04_03_09.tar.gz

これで/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1以下のファイルが更新されます。

環境設定  

ユーザーごとの環境設定をすれば完了します。

.cshrc
source /usr/local/ccp4-6.1/setup-scripts/csh/ccp4.setup
source /usr/local/ccp4-6.1/setup-scripts/csh/ccp4-others.setup
その他、6.1.0から収録されたプログラムと競合するプログラムの設定を変更または削除します。

最後の処理  

インストール時に使用したファイルを削除します。

辺りは大きな容量を占めている上、インストール後は不要です。

 

ファイルの所有者をrootにしておきます。

# chown -R root:root /usr/local/ccp4-6.1

CCP4インストール後、余裕があればCOOTの新しいバージョンを入れることをおすすめします。

インストール時のトラブル  

CCP4を使用する上でのトラブルをメモしておきます

PyMOLのExternal GUIが起動しない  

Vine 4.2ではCCP4 6.1環境ではPyMOLのExternal GUIが起動しなくなりました。これは、PymolのTkインタフェースへのパスの問題のようです。

MAPSLICERが起動しない  

MAPSLICERが起動しない原因は以下の2種類が確認されました。

  1. Tclライブラリの場所が不適切(Ver.6.1.0、6.1.1共通)
  2. libccp4map.soの問題(Ver.6.1.1)

Tclライブラリの問題 -- Ver.6.1.0、6.1.1共通(Vine 4.2)  

MAPSLICERが起動しませんでした(6.0.2では確認してません)。以下のエラーで停止しました。

Application initialization failed: Can't find a usable init.tcl in the following directories:
    /home/fr45/tcltk++/Linux/lib/tcl8.4 /usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/lib/tcl8.4 /usr/local/ccp4-6.1.1/lib/tcl8.4 /usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/library /usr/local/ccp4-6.1.1/library /usr/local/ccp4-6.1.1/tcl8.4.18/library /usr/local/tcl8.4.18/library /home/fr45/tcltk++/Linux/lib/tcl8.4

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

Error in startup script: invalid command name "wm"
    while executing
"wm withdraw ."
    (file "/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/ccp4i/bin/mapslicer.tcl" line 12)
    invoked from within
"source [file join $env(CCP4I_TOP) bin mapslicer.tcl]"
    (file "/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/ccp4i/bin/mapslicer" line 40)
解決方法
PyMOLと同様にTclライブラリへのパスが通っていません。環境変数TCL_LIBRARYへのパスをセットします。
% setenv TCL_LIBRARY $CCP4I_TCLTK/../lib/tcl8.4
.cshrcにセットする場合はccp4.setupを読み込んだ後の行に追記して下さい。

libccp4mapの問題 -- Ver.6.1.1(Vine 4.2)  

TCL_LIBRARYが適切にセットされていても起動しませんでした。

Couldn't find (or load) the MapSlicer command library ("ccp4map" package)
Error: couldn't load file "/usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/lib/libccp4map.so": /usr/local/ccp4-6.1.1/ccp4-6.1.1/lib/libccp4map.so: undefined symbol: ccp4_file_itemsize
This should have been built as part of the main CCP4 installation, however
it is not available on all platforms.
Stopping
解決方法
libccp4map.soでccp4_file_itemsizeが解決されていないようです。$CCP4/ccp4i/bin/mapslicerスクリプトを確認してみるとlibccp4map.soが存在する場合、$CCP4/bin/ccp4mapwishを起動するようになっていますが、この時libccp4map.soを使うために起こっているのだと思われます。CCP4のProblemsに解決方法がありました。
  1. CCP4 Problems -- MAPSLICER libccp4map.so: undefined symbol: ccp4_file_itemsize
    ここにあるlibccp4map.soを適用します。またはlibccp4map.soを削除します。
  2. リビルドしたlibccp4map.soを使う
    Problemsにあると気づかなかったので自分でビルドしました [huh]。一応残しておきます。
    シンボルの問題を解決したlibccp4map.soを作成します。私の環境でビルド時にlibccp4cをリンクしたlibccp4map.soを作成しましたのでよかったらどうぞ。以下のファイルを$CCP4/lib/libccp4map.soに上書きコピーします。ccp4mapwishをビルドし直してもいいと思いますが。
    • filelibccp4map.so -- Vine 4.2(GCC 3.3.6)でコンパイル
      $CCP4/src/ccp4mapwish_以下のMakefileを以下のように修正してビルドしました。
      60 MAPSLICER_SHARE = gcc -fPIC -shared -Wl,-h -Wl,libccp4map.so -Wl,--whole-archive -o libccp4map.so libccp4map.a ../../lib/libccp4c.a -Wl,--no-whole-archive
      他のプログラムへの影響は不明です [huh]

SFTOOLSのGUIのオープンに失敗する  

Ver.6.1.0で発生する問題です。
解決方法:バグフィックス

COOTが起動しない -- Vine 4.2  

前述の通りCCP4 6.1.0および6.1.1に収録されているCOOT 0.5はVine 4.2では使用できなかったのでCOOTを使う場合は再度COOTをインストールしてください。

添付ファイル: filelibccp4map.so 1110件 [詳細]