CCP4を使ってみる
CCP4を使うとは
CCP4を使うといってもCCP4は一つのプログラムではありません。様々なプログラムが集まったプログラムスイートなので、使い方といってもプログラムそれぞれ。CCP4を使いこなすということは状況に応じたプログラムを選択する、そのように言い換えるのが適切かも。
大量にあるプログラムを使いこなす上での入り口となるのがCCP4iです。
各プログラムの使い方
さまざまなプログラムがパッケージされているCCP4 Program Suite。大きなプログラムは別として、細かなツールもいろいろあります。普段何気なく使っているそんなツールを紹介しましょう。
基本的にはCCP4iを使って実行します。
- PROCHECK -- ラマチャンドランプロットを描く(古い)
- RAMPAGE -- ラマチャンドランプロットを描く(最近はこちらを使う)
- CROSSEC -- 異常散乱因子の計算値を求める
- FFT -- MTZから電子密度マップを作成
- MAKECIF -- PDBファイルからリストレインを含むCIFファイルを作成
- DIFF2JPEG -- 回折イメージをJPEG形式に変換
Reflection Data Utilities
Edit MTZ File (SFTOOLS)
生成済みのMTZファイルを修正したい時などに使います。
- set or change header information
- reduce to asymmetric unit
- expand to lower symmetry
- sort reflections
- reindex reflections
- merge reflections
- delete reflections
- delete columns
- generate Hendrickson-Lattman coeffs
- generate Dano from F(+) and F(-)
といった機能があるようです。
わたしが使ったことがあるのは「set or change header information」で、これで空間群や格子定数を修正することができます。その他、Title information、Column labels and types、Dataset wavelength informationなどのヘッダ情報も修正できるようです。
わたしの場合は、空間群がなぜか「P」になっていて、それを「P1」に修正するのに使いました。ちょっと便利なツールです。
