CIFフォーマットを確認した  

VALの場合 (冒頭から一部を省略して抜粋)  

data_VAL
# 
_chem_comp.id                                    VAL 
_chem_comp.name                                  VALINE 
_chem_comp.type                                  "L-PEPTIDE LINKING" 
_chem_comp.pdbx_type                             ATOMP 
_chem_comp.formula                               "C5 H11 N O2" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     1999-07-08 
(略)
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
VAL N    N    N 0 1 N N N 11.009 2.661 48.464 1.564  -0.642 0.454  N    VAL 1  
VAL CA   CA   C 0 1 N N S 10.415 3.985 48.550 0.145  -0.698 0.079  CA   VAL 2  
VAL C    C    C 0 1 N N N 10.002 4.429 49.975 -0.037 -0.093 -1.288 C    VAL 3  
VAL O    O    O 0 1 N N N 9.312  3.707 50.680 0.703  0.784  -1.664 O    VAL 4  
VAL CB   CB   C 0 1 N N N 9.230  4.107 47.566 -0.682 0.086  1.098  CB   VAL 5  
VAL CG1  CG1  C 0 1 N N N 8.585  5.457 47.708 -0.497 -0.528 2.487  CG1  VAL 6  
VAL CG2  CG2  C 0 1 N N N 9.689  3.877 46.132 -0.218 1.543  1.119  CG2  VAL 7  
VAL OXT  OXT  O 0 1 N Y N 10.377 5.639 50.362 -1.022 -0.529 -2.089 OXT  VAL 8  
VAL H    H    H 0 1 N N N 11.281 2.368 47.525 1.825  0.332  0.455  H    VAL 9  
VAL H2   HN2  H 0 1 N Y N 10.386 1.968 48.881 1.624  -0.959 1.410  H2   VAL 10 
VAL HA   HA   H 0 1 N N N 11.226 4.692 48.259 -0.186 -1.736 0.064  HA   VAL 11 
VAL HB   HB   H 0 1 N N N 8.478  3.321 47.813 -1.736 0.044  0.820  HB   VAL 12 
VAL HG11 1HG1 H 0 0 N N N 7.729  5.545 46.997 -1.087 0.031  3.214  HG11 VAL 13 
VAL HG12 2HG1 H 0 0 N N N 8.279  5.666 48.759 -0.828 -1.566 2.472  HG12 VAL 14 
VAL HG13 3HG1 H 0 0 N N N 9.319  6.287 47.584 0.555  -0.486 2.765  HG13 VAL 15 
VAL HG21 1HG2 H 0 0 N N N 8.833  3.965 45.421 0.835  1.585  1.397  HG21 VAL 16 
VAL HG22 2HG2 H 0 0 N N N 10.527 4.557 45.853 -0.350 1.981  0.130  HG22 VAL 17 
VAL HG23 3HG2 H 0 0 N N N 10.218 2.902 46.020 -0.808 2.103  1.845  HG23 VAL 18 
VAL HXT  HXT  H 0 1 N Y N 10.123 5.911 51.236 -1.139 -0.140 -2.967 HXT  VAL 19 
# 

こんな感じ。
CIF (Crystallographic Information Framework)を基に拡張されたmmCIF (macromolecular CIF)は、ファイルの冒頭が data_xxxxx で始まる。記述される項目名は _カテゴリ名.アイテム名 として定義されている。該当する項目のデータ数が1の場合は、"項目名 値" の形式で記述する (例: _chem_comp.*)。データ数が複数である場合は、まとめて記述したい項目名一式 (例: _chem_comp_atom.*) に続いてデータを空白や改行で区切って記述する。さらに、これらの項目名一式を適用する範囲を定義するため、項目名一式の前に loop_ を記述する。各カテゴリの末尾には # を記述する。

以上のルールに従って上記のデータを読むと、HG11と1HG1の違いについては

となる。

参考: chem_comp_atomカテゴリの解説

_chem_comp_atom.atom_id  

The value of _chem_comp_atom.atom_id must uniquely identify each atom in each monomer in the CHEM_COMP_ATOM list.
The atom identifiers need not be unique over all atoms in the data block; they need only be unique for each atom in a component.
Note that this item need not be a number; it can be any unique identifier.

_chem_comp_atom.alt_atom_id  

An alternative identifier for the atom. This data item would be used in cases where alternative nomenclatures exist for labelling atoms in a group.

ちなみに、_chem_comp_atom.atom_idは、PDB format Ver.3以降で使用されている原子名, alt_atom_idはPDB format Ver. 2.3以前で使用されていた原子名である。