構造解析全般
結晶構造解析の一般的な流れを知りたい
- 問題
- X線結晶構造解析の流れがイマイチ理解できない。
- 解法
- 「はいぱ〜構造解析チャート」を作ってみました。このチャートは、慣れるまでは複雑と感じられるプログラム同士の関係をまとめてあるものです。全体の流れを掴むのにどうぞ。なお、私の経験を基に作成してあるので、実際にはもっといろいろなプログラムや手順があると思いますので慣れてきたらいろいろ試してみて下さい。
どうでしょう？ 合ってるかな〜？ ![[huh]](image/face/huh.png)
Hyper2.pdf -- PDF版- Hyper.pdf -- とりあえず作った初版
その他の流れ
おすすめのやり方があれば教えてください。
結晶構造解析のファイル
2010-01-14追加
- 問題
- いろいろなファイル形式がありすぎてよくわからない。
- 解法
- 構造解析で使われるファイルにはいろいろなものがありますが、慣れるまでなかなかわかりにくいものです。そこで、メジャーなものをまとめてみました。間違っている点などありましたら教えて下さい
![[smile]](image/face/smile.png)
座標情報など
| 拡張子 | 説明 |
| pdb | PDB(Protein Data Bank)形式ファイル。タンパク質の立体構造の原子座標が記述されている。「座標」とか「モデル」とかいうとこれを指す。単純なテキストファイルなので通常のテキストエディタで編集可能。フォーマットのバージョンが複数あり、微妙に異なる。またプログラムによっては独自に拡張されている場合がある。 - http://www.wwpdb.org/docs.html |
| cif | mmCIF(MacroMolecular Crystallographic Information File)形式。結合情報などが格納されるファイル。奥が深く、自分で扱うには敷居が高い。ややこしいリガンドの複合体を精密化する際に悩まされるファイルNo.1。 - http://www.ccp4.ac.uk/html/mmcifformat.html |
構造因子、その他
| 拡張子 | 説明 |
| mtz | CCP4の構造因子、その他もろもろが記述されているMTZ形式反射ファイル。「カラム」と呼ばれる単位でデータが管理されるためファイル内容の概略がつかみにくい。バイナリファイルなので編集する際はCCP4のプログラムを使う。私が学生の頃は、まつぞーという先輩がいたので、その人が勝手に付けた拡張子だと思ってた(matsuzo -> mtz) - http://www.ccp4.ac.uk/html/mtzformat.html |
| cv | CNSのCross Validationファイル。CNSで精密化する際に使われる構造因子ファイル |
| sca | HKL2000のSCALEPACKでスケーリングした際に出力される構造因子ファイル |
| phs | SHELXで位相を付けた際の位相情報ファイル |
| img,osc | 測定した回折イメージファイル。検出器ごとに少しずつフォーマットが異なることもある |
Hyper2.png
Hyper.png
