SSBONDレコード
2010-01-08 : ここにはSSBONDレコードををREFMACで使うための情報が記述されています
SSBONDレコードはタンパク質やポリペプチド構造内で関連する2つの残基からジスルフィド結合を認識するためのものです。また、SSBOND末尾で結合距離を定義しています。
フォーマット
COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION -------------------------------------------------------------------------------- 1 - 6 Record name "SSBOND" 8 - 10 Integer serNum Serial number. 12 - 14 LString(3) "CYS" Residue name. 16 Character chainID1 Chain identifier. 18 - 21 Integer seqNum1 Residue sequence number. 22 AChar icode1 Insertion code. 26 - 28 LString(3) "CYS" Residue name. 30 Character chainID2 Chain identifier. 32 - 35 Integer seqNum2 Residue sequence number. 36 AChar icode2 Insertion code. 60 - 65 SymOP sym1 Symmetry operator for residue 1. 67 - 72 SymOP sym2 Symmetry operator for residue 2. 74 - 78 Real(5.2) Length Disulfide bond distance
例
1 2 3 4 5 6 7 8 12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 SSBOND 1 CYS A 6 CYS A 127 1555 1555 2.03 SSBOND 2 CYS A 94 CYS A 94 1555 4555 2.04 <-- 対称分子間の結合
Known Problems
If SG of cysteine is disordered then there are possible alternate linkages. wwPDB practice is to put together all possible SSBOND records. This is problematic because the alternate location identifier is not specified in the SSBOND record.
REFMACでの扱い
通常、REFMACではS-S結合を原子間の距離より自動認識して出力PDBにSSBONDレコードを含めますが、自動で認識されないときはCCP4iの[Refinement] -> [Restraint Preparation] -> [Edit Restraints in PDB File]で編集することができます。特に、対称分子間の結合の場合SymOPを指定するので[Edit Restraints in PDB File]を使用するのが無難だと思います。SymOPを間違って指定するとREFMAC時に構造が崩れるようです(私の場合はRとFreeRの差がめちゃくちゃに・・・)。
なお、REFMACで処理する場合、結合距離を空白にしていても問題ありませんでした(多分)。
