PDBフォーマット  

2008年9月現在のPDBフォーマットはVer.3.2。以降のPDBデータはこのフォーマットが使用されています。それ以前のデータもPDBから取得した場合は3.2のフォーマットになるようです。
なお、CCP4はPDBフォーマットVer.2.1のサブセットを扱うようにしているそうです(CCP4 PDB format)。フォーマットVer.2.1と2.3以降ではATOM/HETATMレコードの定義に差があります。2.1ではSEGID(Segment ID)が定義されていますが、2.3以降では削除されています。このSEGIDフィールドはXPLORで使用されており、その後継であるCNSでも使用されていますね。

 

なお、詳細なフォーマットはPDBの総本山であるwwPDB(The Worldwide Protein Data Bank)から取得可能ですので興味のある方は参考にしてください。Ver.2.xと3.xの差はほとんどがREMARKレコードのようです。

レコード詳細(PDB v3.2準拠)  

追加結合セクション -- Connectivity Annotation Seciton  

Connectivity AnnotationではSS-bond(ジスルフィド結合)やその他の結合、cis-ペプチド結合を扱うことができます。REFMACで使用されるLINKRについても言及します。

レコード詳細(PDB v2.3)