PHENIXを使ってみる
PHENIXは様々なプログラムを集めた統合環境ですが、使っている人も多そうなのでちょっとずつ試してみたいと思います。
Atom selectionの文法
精密化を行う原子を指定する際の文法をまとめておきます。
選択の基本
この例では原子名を対象としてみます。
name 対象
対象は原子名(大文字小文字は区別されない)、ワイルドカード(*)が使えます。
- 例
内容 例 注釈 Cαを選択 name ca 中にHを含む原子を選択 name *H* *はファイルの選択などでも使用するワイルドカードとして扱われます *を文字として使用 name o2\* 原子名に*が含まれる場合はバックスラッシュ(円記号)でエスケープします スペースを含む場合 name 'O 1' クォートで囲みます プライム(')を含む場合 name o2' クォートを付けない
ワード
| 対象 | 単語 | 例 |
| 全ての原子 | all | all |
|---|---|---|
| Chain ID | chain | chain a |
| 残基名 | resname | resname ALA |
| 残基番号 | resseq または resid(注) | resid 120 resid 2:10(残基番号2-10) |
| iCode(インサーション) | icode | icode c |
| altConf(コンフォーマー) | altid | altid b |
| 原子名 | name | name ca |
| SEGID(セグメントID) | segid | segid a |
| 元素名 | element | element c |
| 電荷 | charge | charge 2+ |
| 異方性(ANISOU)レコード？ | anisou | anisou |
| (注)residはresseqの別名 | ||
理論演算
and, or, notが使用可能。
おそらく優先順位は一般のプログラミング言語と同じくnot > and > or。曖昧なら括弧を付けましょう。
resname ALA and (name ca or name c or name n or name o)
chain a and not altid b
resid 120 and icode c and model 2
segid a and element c and charge 2+ and anisou
"Smart" selections
resname ALA and backbone
resname ALA and sidechain
peptide backbone
rna backbone or dna backbone
water or nucleotide
dna and not (phosphate or ribose)
within(5, (nucleotide or peptide) backbone)
